Історія петрографічних досліджень в Інституті починається з 1930 р коли був створений Петрографічний інститут АН СРСР, який згодом став однією з основних структур ІГЕМ.
За багато десятиліть колектив петрографів, в якому в різні роки працювали такі відомі вчені як П.І. Лебедєв, В.С. Коптеев-Дворніков, Є.К. Устіев, Г.Д. Афанасьєв, О.А. Воробйова та ін. Отримав багатющі матеріали про загальну і регіональної петрографії і природним асоціаціям магматичних порід; великий внесок був внесений в теоретичні основи петрогенезису, класифікацію та систематику петрографічних порід, в вчення про петрографічних провінціях і магматичних формаціях, комплексах малих інтрузій, зв'язку магматизму і рудної мінералізації, про еволюцію магматизму в історії Землі.
Лабораторії присвоєно ім'я академіка А.Н. Заварицкого.
Дослідження співробітників проводяться спільно зі студентами МДУ, МГГРУ і аспірантами ІГЕМ і підтримані програмою «Наукова школа», грантами РФФД, програмами Президії та Відділення наук про Землю РАН та ін.
Традиційно тісно пов'язаний з лабораторією Міжвідомчий Петрографічний Комітет. створений в 1962 р з ініціативи петрологію ІГЕМ. Він координує та спрямовує роботу петрографів країни і є організатором регулярних Всеросійських петрографічних нарад.