Походив зі стародавнього баскського роду. За недокументованим даними, був молодшим з 13 дітей. У 14 років Иньиго залишився круглим сиротою, і старший брат відправив його в Аревалло, до Івана Веласкесу, скарбника Кастильского двору. Там Иньиго служив пажем. Досягнувши повноліття, перейшов на військову службу. Згодом, розповідаючи про свою молодість о. Гонзалесу де Камара, він описував себе в той період наступними словами: «Уважний до своєї зовнішності, ласий на успіх у жінок, сміливий в своїх залицяння, прискіпливий в питаннях честі, нічого не боявся, дешево цінував життя свою та інших, я віддавався розкоші ... »
В 1521 Иньиго де Лойола брав участь в обороні Памплони, яку облягали французькі і наваррський війська під керівництвом Андре де Фуа. У місті проживало багато наваррцев, які перейшли на бік противника, і міська влада вирішила здатися. 20 травня 1521 року Андре де Фуа увійшов в місто. Иньиго, що зберіг вірність своєму королю, з жменькою солдатів відступив до фортеці. Облога почалася 21 травня. «Напад тривав уже порядне час, коли я був зачеплений снарядом, який проскочив між моїми ногами і поранив одну і зламав іншу», - розповідав він через багато років о. Гонзалесу де Камара. Після цього битва завершилася досить скоро. Протягом наступних десяти днів він перебував у Памплоні. Французи з повагою поставилися до його хоробрості, Иньиго лікували французькі лікарі, а потім його на носилках перенесли в батьківський замок, в Лойолу.
Зі сходом сонця він спустився з Монсеррат і зупинився в невеликому містечку Манреса (Manresa). Там він знайшов відокремлений грот на березі річки Карденер (Cardener), близько римського акведука, і вирішив кілька днів провести в молитві в цьому відокремленому місці. Він жив на подаяння, дотримувався строгого посту, вранці ходив до церкви, доглядав за хворими в місцевій лікарні, ввечері молився в соборі. Незабаром він захворів, і його поселили в домініканському монастирі. Тут він пережив духовну кризу: спочатку виникли сумніви в тому, що на сповіді в Монсеррате він дійсно розкаявся у всіх колишніх гріхах, і він знову спробував згадати всі гріхи, вчинені ним у житті. Чим більше він згадував, тим більше нікчемним і негідним себе здавався. Исповедь не допомагала. Виникла спокуса покінчити самогубством.
У якийсь момент Ігнатій задумався про те, звідки приходять ці сумніви і яку дію вони роблять в його душі, і тоді свідомо вирішив не сповідатися більше в минулих гріхах: «Я зрозумів, - говорив він згодом, - що в такому визнанні укладено дію злого духа ». Незабаром після цього, коли Ігнатій йшов уздовж берега річки Карденер в далеку церкву, він зупинився, вдивляючись у воду. «Очі мого розуміння почали відкриватися. Це не було видіння, але мені було дано розуміння багатьох речей, як духовних, так і стосуються віри, а так само і людських наук, і з такою великою ясністю ... Досить сказати, що я отримав велике світло розуміння, так що, якщо скласти всю допомогу , протягом усього життя отриману мною від Бога, і все придбані мною знання, то мені здається, що це було б менше, ніж те, що я отримав в цьому єдиному випадку. Мені здалося, що я став іншою людиною ... Все це тривало щонайбільше три хвилини ». Зиму 1522 р яка виявилася для нього дуже важкою, він провів у Манресі.
Він зрозумів, що для апостольської діяльності необхідні знання. Тому в 33 роки почав вивчати в початковій школі, разом з дітьми, латинську мову. Жером Ардевол, викладач латини, безкоштовно давав йому додаткові уроки, і через два роки оголосив своєму учневі, що тепер той знає достатньо, щоб слухати лекції в університеті. У травні 1526 р Ігнатій пішки вирушив до Алькале (там знаходився університет), розташовану в п'ятистах кілометрах від Барселони.
У Алькале, як і в Барселоні, він, крім занять в університеті, вчив дітей катехизму і наставляв усіх, хто звертався до нього за допомогою. У зв'язку з цим на Ігнатія поступив донос, він був заарештований, і після 42 днів тюремного ув'язнення було оголошено вирок, який забороняє йому наставляти і проповідувати під страхом відлучення від Церкви і вічного вигнання з королівства. Після трьох років заборону могли б зняти, якщо на це дадуть дозвіл суддя або генеральний вікарій. Архієпископ Толедский порекомендував Ігнатію не залишатися Алькале і продовжити навчання в Саламанці. Однак і в Саламанці майже відразу після прибуття Ігнатія запросили на співбесіду в домініканський монастир і стали розпитувати про Духовних Вправах, які він давав в Алькале. Справу передали на розгляд церковного суду. Судді не виявили в його вченні ніякої єресі, і ще 22 дні потому він був звільнений. Після цього Ігнатій прийняв рішення залишити Іспанію і вирушив у Париж.
У роки навчання в Парижі Ігнатій познайомився з Петром Фавром, Франциском Ксаверієм, Дієго Лаінесом, Альфонсо Салмероном, Ніколасом Бобаділья та Симоном Родрігесом. Кожному з них він дав Духовні Вправи. Всіх їх об'єднувало бажання створити групу, присвячену служінню Христу.
На Різдво 1538 року в церкві Святої Марії Великої у Римі Ігнатій відслужив свою першу месу.
На Великий піст 1541 р Ігнатій Лойола був обраний першим генеральним настоятелем ордена (скорочено - «генералом»).
У ці роки Ігнатій займався координацією діяльності ордена, створював «Конституції», диктував «Автобіографію».
Улюблена молитва Ігнатія Лойоли:
Anima Christi, sanctifica me. Corpus Christi, salva me. Sanguis Christi, inebria me. Aqua lateris Christi, lava me. Passio Christi. conforta me. Про bone lesu, exaudi me. Intra tua vulnera absconde me. Ne permittas me separari a te. Ab hoste maligno defende me. In hora mortis meae voca me. Et iube me venire ad te, ut cum Sanctis tuis laudem te in saecula saeculorum. Amen.
Душа Христового, освяти мене.
Тіло Христове, спаси мене.
Кров Христову, напій мене.
Вода боку Христа, обмий мене,
Пристрасті Христові, зміцніть мене.
Про благий Ісусове, вислухай мене:
У виразках Твоїх заховай мене.
Не дай мені відлучитися від Тебе.
Від лукавого захисти мене.
О першій годині смерті моєї приклич мене,
І то звели, щоб прийти до Тебе,
Щоб зі святими Твоїми
вихваляти Тебе
на віки вічні.
Амінь.