єдиний і позашлюбний син герцога Немурского Джуліано Медічі, внук Лоренцо Прекрасного
Його батько помер в 1516 році, коли хлопчикові було 5 років, і його ростили його дядько понтифік Лев X і кузен Джуліо, в майбутньому папа Клемент VII. Лев Х навіть замовив Рафаелю написати маленького Іпполіто граючим біля його ніг на стіні ватиканського палацу ..
Після обрання Джуліо наступним папою, в 1524 року 14-річний Іпполіто був посланий дядьком разом з кузеном Алессандро до Флоренції, щоб стати членом уряду і через деякий час керувати містом від його особи; регентський нагляд над ним поки здійснював кардинал Сільвіо Пассеріні. Через три роки, в 1527 році республіканське повстання скинуло Пассеріні і Медічі, вигнавши їх з міста, і татові разом з імператором довелося застосувати силу, щоб відновити існуючий порядок.
Особисте життя
Був прихильником і, можливо, коханим Джулії Гонзага. другої дружини Веспасіано Колона і мачухи Ізабелли. До прийняття ним релігійних обітниць передбачалося, що він одружується на Ізабеллі Колона, дочки Веспасіано Колона, що спеціально було обумовлено в заповіті майбутнього тестя, але цей шлюб не відбувся.
Після повстання в місті 1527 року Ипполито на час оселився в Лукка, де він продовжив своє навчання, на наступний рік був відкликаний татом в Рим. Папа збирався влаштувати своєму 18-річному племінникові вдалий шлюб, і практично домовився з Веспасіано Колона про руку його дочки Ізабелли. Іпполіто поки не хотів одружуватися. Деякі з його біографів припускають, що до цього часу він вже познайомився з Джулією Гонзага і зробив її своїм платонічним ідеалом. Він присвятив їй свій «Переклад 2-й книги Енеїди на італійський білим віршем»
Батько позашлюбного сина Асдрубале Медічі (ум.1565), мальтійського лицаря, ім'я матері якого невідомо (згідно з легендою, їм була Джулія Гонзага).
Флорентійський історик Сципіон Аммірато повідомляє, що він жив в чудовому палаці на Кампо Марція, де він тримав блискучий двір, який налічував три сотні представників різних національностей. У нього була колекція звірів і рідкісних птахів, яких раніше ніколи не бачили в Італії. У їх числі був ручний лев, подарований йому Франциском I і величезний, подарований йому Катериною Чібо, герцогинею Камеріно. Сансовино повідомляє, що «завдяки розкоші свого життя він заслужив славне ім'я по всій Італії». Він заснував клуб для вивчення Вітрувія, який збирався двічі на тиждень в Римі і називався La Virtu.