Для того щоб визначити причини провалу місії «Фобос-Грунт», була створена спеціальна комісія, що розслідувала всі можливі причини і обставини події
Згідно з деякими версіями, російський апарат був виведений з ладу радаром НАСА на Маршаллових островах; деякі навіть звинувачували китайський мікросупутник «Інхо-1», закріплений на ракеті, переноситься «Фобос-Грунт»; але на даний момент основною причиною поломки апарату вважається аномальна сонячна активність. Однак не можна виключати також технічні недосконалості станції і її неостаточним підготовленість до запуску.
Відомо, що в цьому році сонячна активність досягає свого максимуму. На сьогоднішній день виявлено сім плям на Сонці, площа найбільшого з яких в 17 разів більша за площу нашої планети. Сонячні плями - це і є області виходу в фотосфери сильних магнітних полів. Таким чином, вчені припускають, що «Фобос-Грунт» якраз потрапив під вплив одного з таких полів, що, звичайно, порушило роботу всіх систем.
Деякі експерти, наприклад завідувач лабораторією динаміки іоносфери Інституту земного магнетизму, іоносфери і поширення радіохвиль Марат Демінов, кажуть, що це фізично неможливо, щоб природні плазмові освіти були здатні надати такий масштабний вплив на космічний апарат. Вчений говорить, що фактів, що підтверджують таку ймовірність, не існує.
Залишки апарату «Фобос-Грунт» впали в Тихий океан, але вони до сих пір не знайдені
Поповкін сказав, що можливий вплив радара на долю космічного апарату в даний момент перевіряється. Роскосмос може залучити співробітників НАСА до проведення експерименту, в ході якого можна буде точно з'ясувати, як радар впливає на автоматизовані апарати.
До сих пір не названий конкретний вид радара, який міг стати причиною провалу місії «Фобос-Грунт». Проте, Міжвідомча комісія детально розглядає цей сценарій. У зв'язку з цим, експерти звернулися до Теду мовчання, який сказав, що навіть якщо будь-який з радарів випробувального полігону Рейгана на атолі Кваджалейн виконував спостереження за астероїдом, то за інформацією Стратегічного командування збройних сил США і за даними системи обчислення ефемерид JPL HORIZONS, астероїд перебував поза траєкторії «Фобос-Грунт».
Глава російського космічного агентства говорив про те, що спочатку потрібно відновити картину зсередини: ніхто не заперечує, що проект не був ідеальний - були допущені помилки в процесі розробки. Помилки в проектній розробці або конструкції апарату, помилки в процесі виробництва, помилки по організації і проведенню тестувань перед запуском - все це зараз розслідується комісією щодо з'ясування причин аварії «Фобос-Грунт».
На даний момент вчені губляться в здогадах про те, що ж стало справжньою причиною трагічного результату місії «Фобос-Грунт», вартістю приблизно в 5 мільярдів рублів. Як завжди в історії, зараз складно зробити якісь висновки, час відкриє всі таємниці і вкаже на дійсні причини того, чому апарат «Фобос-Грунт» не потрапив на марсіанську місяць.
Відзначимо також, що нещодавно міжвідомча комісія на чолі з головою науково-технічної ради держкорпорації "Ростехнології" Юрієм Коптєва, проаналізувавши можливі версії падіння станції «Фобос-Грунт», прийшла до висновку, що причиною аварії на станції, яка не вийшла на задану орбіту і рухнула в океан, стали помилки в програмуванні. В результаті цього стався «одночасний перезапуск двох працюючих каналів бортового обчислювального комплексу», що не дозволило станції правильно зорієнтуватися на Сонце. Ця доповідь був представлений керівнику Роскосмосу Володимир Поповкін.