Ледве Ізабелла формально вступила на трон і помірні знову опинилися при владі, її властолюбна мати, интриговавшая проти прогресистів з Франції, повернулася до Іспанії і домоглася зведення Ізабеллою свого другого чоловіка в дворянське звання з дарування йому титулу герцога Раісареса, надавши тим самим офіційний характер свого шлюбу . Відтепер її головною турботою стали пошуки «підходящої» партії для своєї дочки - клопоти, що викликали чимале занепокоєння в європейських політичних кулуарах.
У підготовці королівського весілля брали участь, крім самої кандидатки, всі, хто тільки міг. Помірні і прогресисти почали гонку за звання майбутнього чоловіка Ізабелли з власних фаворитів: перші - з молодшого брата Марії Христини, неаполітанського принца Франческо, графа Трапані, другі - з кузена Ізабелли, інфанта з лівими симпатіями, Енріке, герцога Севільського. Частина правих, підтримувана впливовим католицьким публіцистом Хайме Балмесом, мріяла про примирення противників по громадянській війні шляхом шлюбу з юною королевою сина Дона Карлоса, графа Монтемолін, який носив те ж ім'я.
Матримоніальний питання породив внутрішньопартійні чвари, викликав кілька змін кабінетів і навіть створив делікатну ситуацію в європейській політиці, що загрожувала затьмарити взаєморозуміння з партнерами по союзу, Англією і Францією. Англія, з недовірою спостерігала зростаючий вплив Франції на південну сусідку з моменту приходу до влади помірних, рішуче заперечила проти плану, що передбачав шлюб іспанської королеви з сином французького короля Луї Філіпа. герцогом Монпансьє, тоді як Франція відкинула підтримувану Марією Крістіною кандидатуру Леопольда Саксонсько-Кобургского, кузена англійського принца-консорт Альберта, племінника короля Бельгії і брата короля Фердинанда Португальського.
Франсиско був геть позбавлений як фізичної, так і духовної привабливості. Британський міністр закордонних справ Пальмерстон в листі до свого мадридському послу назвав Франсіско Асісского «повним ідіотом». Для Карла Шутц, який представляв в Мадриді на початку шістдесятих років Вашингтон, він був «жалюгідним доном Франсиско з півнячим голосом», єдина політична функція якого полягала в тому, щоб «демонструвати себе світові як офіційного батька дітей Ізабелли». Політичної опори у нього зовсім не було: помірні підозріло ставилися до нього за ліві нахили його батька і брата; прогресисти вбачали недобре в його надто серйозне ставлення до католицизму і заохочення клерикальної камарильї. У плітках ж і памфлетах ставилися під сумнів його чоловічі гідності. Ізабеллі він став противний з першого побачення; згоду на укладення шлюбу довелося виривати у неї прямо-таки силою, переконливо вказавши на державні інтереси. Його особисті якості і поведінка, безцеремонно осміювали сатирою і критиками, могли лише надовго підірвати престиж монархії.
Заміж за свого кузена (колишнього на вісім років її старше), який отримав почесний титул короля і величності, а також генерал-капітана іспанської армії, Ізабелла вийшла на своє шістнадцятиріччя, об'єднавши своє весілля з весіллям своєї сестри Луїзи. Останньою, згідно з домовленістю з Англією, Луї Філіп віддавав в подружжя свого сина, герцога Монпансьє, в слабкій надії, що, в разі відсутності потомства від шлюбу Ізабелли і Франсіско, представнику Орлеанського будинку відкриється шлях на іспанський престол. Франсиска Асісского, мабуть, не дуже радував новознайдений титул і багатства. Хоча його юна дружина смиренно скорилася політичному шлюбу, вона не проявляла ніякої стриманості і відкрито демонструвала свої почуття.
Вже через кілька місяців після урочистого одруження не тільки у дворі, а й за його стінами пліткували про те, що королева віддавала перевагу перед своїм законним чоловіком-молодятами юному генералу Серрано, якого називала «прекрасним генералом» і який, на превеликий занепокоєння уряду, демонстрував явні симпатії по відношенню до прогресистів. Уже навесні 1847 p року з'явився скандал, коли Франсиско відмовився супроводжувати свою дружину в Аранхуесского резиденцію і, «надувшись», пішов у замок Ель-Пардо. Але в сказ його привело не та обставина, що Ізабелла вибрала собі фаворита. У цьому сенсі він виявляв повне розуміння, тим більше що сам претендував на подібне право. Нестерпне приниження чоловік королеви вбачав швидше в тій безтурботної відвертості, з якою його дружина все це робила.
Однак королева була абсолютно не готова поступатися примусу двору і державного апарату в справах серцевих так, як робила це в справах політичних. Вона і надалі показувалася на банкетах, балах та інших охоче відвідуваних нею громадських заходах зі своїми коханцями - звичка, якої Ізабелла залишалася вірною до похилого віку, незважаючи на те, що з життєрадісною і велелюбний юної королеви поступово перетворилася в пишну матрону з дедалі більшою зграєю дітей . Спочатку монархиня благоволила до ставним молодим офіцерам і придворним, які зі свого становища коханця могли витягти значні матеріальні та політичні вигоди. Після випадку з Серрано стриманість вона проявляла лише з політичних міркувань, та й то лише в тому, що при виборі фаворитів відтепер перевагу віддавала помірним. Тліючий шлюбний криза постійно створював передумови для пристрастей і конфліктів як в особистому, так і в політичному житті. Однак фривольний поведінку королеви анітрохи не шкодило її популярності серед широких народних мас, хоча і стало улюбленою темою опозиційної преси, а також грубих памфлетів, глузливих віршиків і карикатур.
В ту епоху, коли навіть іспанська монархія під тиском все більш могутньої громадськості змушена була виставляти себе на суд преси, партій і парламенту, а монархія обмежувалася Конституцією (але саме в силу цього набувала нову ключову роль в політичній грі), життя, по суті, «аполітичною» Ізабелли, - про що особливо наочно свідчить сам її шлюб і шлюбні кризи, - навіть в глибоко особистісних аспектах несла на собі відбиток боротьби і зигзагів в національній політиці. Тому також є всі підстави розглядати її життя паралельно цезурам і розвитку політичної історії «ізабеллінского часу», ні в якій мірі не визначається нею.