Шлунково-кишковий тракт здорового новонародженого стерильний.
Вид пологів має вплив на розвиток кишкової мікрофлори:
Кишечник немовлят, народжених вагінально, колонізований бактеріями своєї матері.
Кишечник немовлят, народжених за допомогою кесаревого розтину, більш схильний до впливу мікробів з навколишнього середовища - повітря, інші діти, і медсестри, які можуть бути передавачами інфекції.
Немовлята з найвищим ризиком колонізації небажаними мікробами - кесарята, недоношені, доношені діти, яким потрібна інтенсивна терапія або діти, відокремлені від матері.
Годуються грудьми і харчуються сумішшю немовлята мають різну флору кишечника.
Годуються грудьми немовлята мають більш низьку середу pH (кисле довкілля) в кишечнику приблизно 5.1-5.4 pH протягом перших шести тижнів, представлену в основному біфідобактеріями з невеликою кількістю патогенної флори - мікроби типу E coli. bacteroides. clostridia. і streptococci. А немовлята, які харчуються сумішшю мають високу pH в кишечнику приблизно 5.9-7.3 з різноманітною гнильної бактеріальною флорою.
У дітей, що годуються грудьми, яких догодовують сумішшю - середня pH - приблизно 5.7-6.0 протягом перших чотирьох тижнів, і зменшується до 5.45 на шостому тижні.
Коли догодовування сумішшю дається годуються грудьми дітям протягом перших семи днів життя, виробництво необхідної кислої кишкової середовища відстрочено, і потім ніколи не може бути досягнуто.
У дітей, що годуються грудьми, яких догодовують сумішшю, розвивається кишкова флора подібно дітям на повному штучному вигодовуванні.
Шлунково-кишковий тракт новонародженого піддається швидкому зростанню і заміні на більш зрілий після народження.
Немовлята при народженні мають функціонально незрілий і проникний кишечник.
Непроникним перегородок слизової оболонки шлунково-кишкового тракту потрібно кілька місяців, щоб дозріти і захищати кишечник від цілих білків і патогенної флори.
Відкриті перегородки слизової і незрілість грають роль в придбанні NEC. діареї, і алергії.
Захисні фактори молозива і грудного молока захищають кишечник, пасивно забезпечуючи стійкість протягом деякого часу, поки ЖКТ дитини не запрацює сам в повну силу.
Захисні фактори материнського молока особливі. Антитіла виробляються проти патогенних факторів в безпосередній навколишньому середовищу дитини.
Мати синтезує антитіла, коли вона ковтає, вдихає, або інакше входить в контакт з патогенним мікробом.
Ці антитіла не заважають корисним бактеріям, зазвичай знаходяться в кишечнику, і запобігають хвороба до початку запалення.
Дитячу суміш не можна дати годується грудьми дитині перш, ніж виникне непроникність кишечника.
Навіть маленькі кількості догодовування сумішшю (одне годування о 24 годині) приведуть до змін мікрофлори в кишечнику у дитини. (Bullen. Tearle. Stewart. 1977)
Введення суміші годувати грудьми немовляті призводить до порушення в екосистемі кишечника з швидким підвищенням числа ентеробактерій і ентерококів, супроводжуваного швидкої колонізацією бактріодамі, клостридії, і анаеробними стрептококами. (Stark Lee. 1982)
З введенням суміші, кишкова флора немовляти стає майже нерозрізненої від нормальної дорослої флори в межах 24 годин. (Gerstley. Howell. Nagel. 1982)
Підвищення чутливості може відбуватися дуже рано, якщо перегородки слизової кишечника не закрилися, і дитина отримала білок коров'ячого молока.
Підвищення чутливості до білка коров'ячого молока може відбуватися під час викликаних інфекцією шлунково-кишкових змін, коли слизовийбар'єр оголений, дозволяючи антигенів перетнути його і почати імунні реакції.
Підвищення чутливості може відбуватися, якщо присутність білка молока корови пошкоджує слизову, призводить до запалення кишечника і знищення сполучних компонентів клітинних перегородок.