Етап прийому, реєстрації та обліку митних декларацій на контейнери. На цьому етапі працівники митниці приймають від відповідальної особи митні декларації та супровідні документи на контейнер, перевіряють правильність їх заповнення згідно з діючими правилами і звіряють електронні копії документів з паперовими оригіналами.
Етап контролю кодування товарів. Відповідно до товарної номенклатури зовнішньоекономічної діяльності, до законодавства країни походження та угодами і нетарифне регулювання всім контейнерів і товарів в них присвоюються відповідні коди. Митники на цьому етапі визначають правильність визначення кодів, перевіряють документацію за походженням товарів і в зв'язку з цим надають тарифні пільги і преференції.
На етапі валютного контролю та контролю митної вартості перевіряються відомості з митної декларації і з супровідних документів. Коригується митна вартість і, відповідно, митні платежі. При необхідності проводиться умовна оцінка товарів, що містяться в контейнері.
Наступний етап включає в себе перевірку правильності нарахування митних платежів, обгрунтованість використовуваних тарифів, податкових пільг і преференцій. Також перевіряється терміни подачі митних декларацій, наявність заборгованості по сплаті митних платежів, в тому числі і фактичне надходження грошей на рахунок митниці. Нараховуються пені і штрафи за прострочення при сплаті платежів.
На заключному етапі після перевірки проходження попередніх етапів контейнера оглядають за допомогою спеціальних сканерів, службових собак та інших засобів і методів. Результати огляду фіксуються, і приймається рішення або про більш ретельному огляді з розкриттям контейнера, або про випуск його відповідно до митного режиму, або про затримання контейнера і транспортного засобу.