Хімія і хімічна технологія
Ці Карти часто називають картами Рамачандран. а - карта гліцину, що не має бічного ланцюга. з використанням моделі жорстких сфер з нормальними і з нижніми граничними (---) контактними відстанями. пріведеінимн в табл. 2.1. У деяких областях вказані заборонені контакти. Позначення атомів дані на рис. 2.2. б - карта амінокислот. містять -атоми, побудована з використанням тієї ж моделі жорстких сфер. Вказані конформації правої а-спіралн, Р-складчастого листа н колагену. Відзначено стерические труднощі. викликані -атомом, які зводять велику область глнціна до зазначеної иа малюнку меншою області. Три дозволені області іноді позначають як - права а-спіраль, область навколо значка а, aL - Ліва а-спіраль, область (0, 1))) (-l-60 -1-60), е - витягнута ланцюг. область навколо значка р. У припущенні моделі жорстких сфер (- - - нормальні радіуси --- радіуси, що відповідають нижніх меж) вказані області, дозволені для полі-Ь-чис-алаііна. Конформація, наведена на рис. 2.6, позначена х, а конформація, що відповідає полі-Ь-пролііу I (повністю цис), позначена як х, обведений кружком. [C.31]
Двогранні кути основному ланцюзі для приблизно 2500 залишків 13 білків [30]. Цю карту іноді називають картою Рамачандран. [C.32]
Графічно конформаційні параметри поліпептидного ланцюг зручно зображувати за допомогою карт, запропонованих Г. Рамачаідра-ном в 1963 р (карти Рамачандран) і відображають залежність енергії залишку від параметрів і (рис. 36). Значення кутів ((і відкладаються по осях координат від -180 до +180. У силу взаємодії між заступниками в пептидного ланцюга кути і не можуть приймати будь-які значення - для них дозволеними виявляються лише деякі дискретні області (виділені на карті темним кольором), які відповідають енергетично вигідним конформації пептидного ланцюга. т. е. по суті, є областями мінімуму енергії. Їх досить компактна локалізація свідчить про те, що кути і I- взаємопов'язані, зміна одного з них тягне за собою зміну другого. Напр имер, якщо кут ip набуває значення в інтервалі 60 - I20, то для кута енергетично вигідним виявляється значення, що не перевищує - 60 ". [c.87]
Реалізована в даних умовах конформація білка і пептиду визначається сумою всіх перерахованих взаємодій і є енергетично найбільш вигідною. що і відбивається попаданням відповідних кутів в дозволені області коіформа-ціоіних карт Рамачандран. [C.91]
I5 0 ° відповідає енергії трохи вище 1 ккал / моль і, отже, цілком допустима (на карті Рамачандран ця область заборонена, однак в ній знаходяться деякі експериментальні точки). Простір, обмежений контуром в 1 ккал / моль, займає 60% карти, тоді як область, укладена в екстремальних межах, охоплює 61% всього простору (ф, я]). Найменшу енергію мають згорнуті форми, які для даного [c.372]
Межі конформационной рухливості пептидів відносно невеликі - вони можливі в рамках енергетично дозволених областей, показаних на картах Рамачандран (див. Разд.1.4.2). Конформаційні зміни в активних цент- [c.285]
Конформації лигандов відповідають дозволеним областям для кутів ф і ф на картах Рамачандран (пор. Табл.70 і рис.7). Помітні відмінності в. конформаціях можуть спостерігатися для бічних ланцюгів. але різниця в енергіях таких конформацій зазвичай мала. Так, ароматичне кільце формілтріптофана при зв'язуванні повертається приблизно на 60 ° по відношенню до оптимальної кон- [c.286]