Субстанцію як Єдине, яка розумілася в епоху Відродження органічною і гармонійною єдністю духовного і природного, філософи Нового часу намагаються переосмислити та конкретизувати через призму нових досягнень наукового пізнання, одним з перших таку спробу зробив Р. Декарт, роз'єднавши Єдине на дві самостійні субстанції: природу, матерію, способом буття якої є механічний рух, а атрибутом - протяжність і мислення. Для Декарта природа - це величезний механізм, вся якісна розмаїтість якого зведена ним до кількісно певним механічним відносин, а всі закономірності - до законів механіки. Друга самостійна субстанція - особлива, духовна - мислення. Декарт вважає, що матерія мислити не може, а між тим, мислення існує без сумніву і з самоочевидністю, отже, повинні існувати і відповідна субстанція. У підході до проблеми субстанції філософія Декарта має дуалістичний характер, складається з матеріалістичної фізики як вчення про матеріальну протяжної субстанції і ідеалістичної психології як вчення про духовну мислячої субстанції. Ланкою між цими двома незалежними самостійними субстанціями є Бог, який вносить в природу рух і забезпечує інваріантність усіх її законів.
Важливе місце займає вчення про субстанції також у творчості Б. Спінози, яке має пантеистический характер. Субстанція, на його думку, єдина, вона є Бог, який збігається з Природою, а атрибутами її є протяжність та мислення. Субстанція - це єдність Бога і Природи, єдність природи, яка створює, і природи створеної. Бог - це універсальна причина світу, завдяки його нерозривній єдності з Природою. Природа є причиною самої себе. Визначивши як основну властивість субстанції-природи. Спіноза на цій основі виводить усі інші її властивості: вічність, нескінченність, неподільність, єдність і т.д. Субстанція єдина, проте вона виявляє свою єдність через атрибути, тобто необхідні прояви, яких, на думку Спінози, безкінечна кількість, але ми знаємо самоочевидне два - протяжність і мислення. Крім атрибутів, субстанція має також модуси. які, на відміну від атрибутів, характеризуються не необхідністю, а тільки можливістю існування. Той або інший модус субстанції може існувати, а може і не існувати. Основними модусами субстанції, на його думку, є рух і спокій, які визначають світу.
Субстанцію та її атрибути Спіноза називає природою, яка створює, природою творчою, продуктивною, а модуси - природою створеною. Продуктивна природа є причиною окремих речей, джерелом нескінченного дії і творчості, виражає єдність речей, а створена - джерелом світу. Але і єдність, і є невід'ємними характеристиками єдиної природи - субстанції, тотожної Бог.
У природі все суворо детерміновано, все підпорядковано необхідності внаслідок того, що єдина природа є причиною самої себе. Спіноза переконаний, що випадковості не існує, схиляється до фаталізму, проте намагається подолати, пом'якшити останній своїм вченням про свободу. На його думку, необхідність не виключає свободи, а навпаки, передбачає її. Коли б у природі панував хаос, і коли б людина як частина природи не підкорялася необхідності, вона не могла б пізнавати ні природу, ні власні вчинки. А чи не пізнаючи, не могла б керувати ними, була б рабом своїх вчинків і пристрастей. Завдяки ж пізнання природи світу і своєї власної природи людина стає вільною, має свободу. Свободу Сіпнаса розуміє як дію лише за необхідності власної природи, без будь-якого примусу ззовні. Свобода протиставляється НЕ необхідності, а примусу. Сама ж необхідність може бути як примусовою, так і вільною. Природа в цілому як субстанція Бог, як причина самої себе є свободою. Людина ж лише в тому випадку має свободу, коли діє за необхідністю своєї власної природи, без примусу, коли навчається підкоряти свої пристрасті розуму. А для цього необхідно пізнати свою природу. Свобода збігається з пізнанням необхідного в своїй природі. Свобода - це пізнана необхідність.
Ще одну концепцію субстанції розробляє відомий, один з найвідоміших філософів Європи кінця XVII - початку XVIII ст. Готфорд Лейбніц (1646-1716). Свою плюралістичну концепцію субстанції він розкриває в роботах: "Міркування про метафізику" (1686), "Нові досліди про людське розуміння" (1705), "Теодіцея" (1710), "Монадологія" (1714).
Центром філософії Г. Лейбніца є вчення про монади як прості неподільні субстанції - монадологія. Лейбніц наголошує, що субстанцій монада нескінченну кількість, вони є носіями сили та активності і мають духовну природу. Кожна монада є самостійною одиницею буття, здатною до активної діяльності. Монада є духовною, оскільки матерія (в філософії XVII ст.) - пасивна, не здатна до саморуху та активної діяльності. Монада вічні, вони не виникають і не зникають природним шляхом, а є породженням безперервних "випромінювань божества". Монада є індивідуальними і неповторними, незалежними одна від одної, вони не можуть впливати на внутрішнє буття одна одній. Єдність і узгодженість монад є результатом передбаченої Бог гармонії, яка перетворює кожну монаду в "живе дзеркало Всесвіту". Всі монади об'єднані Творцем. Кожна монада є певним "світлом в собі" і в той же час відображає і містить в собі весь світовий порядок. Єдине відношення, яке існує між Монада - це гармонія. Завдяки внутрішній активній діяльності кожна монада зберігає свою самобутність, індивідуальність у світі мінливих явищ, має власну якісну визначеність і в той же час, завдяки наперед встановленої гармонії, органічно поєднана з універсамом, має своє місце в ньому.
Лейбніц розрізняє три види монад, залежно від їхньої досконалості, запрограмованої Бог: 1) найнижчі, що характеризуються "перцепцією", тобто пасивної здатністю до сприйняття; 2) монади-душі, які можуть мати відчуття і більш яскраві вистави; 3) монади-духи. які характеризуються високим ступенем розвитку, мають свідомість, "алерцепцю", здатність до міркування і рефлексії. Кожна монада, завдяки внутрішній активної діяльності прагне вдосконалення та містить в собі своє минуле, сучасне і майбутнє.