Органічні сполуки в земній корі можуть виникати з різних джерел і різними шляхами. В даний час можна вказати наступні достовірні і ймовірні джерела освіти каустобиолитов.
Залишки відмерлих рослинних і тваринних організмів і органічних продуктів їх життєдіяльності.
Абіогенні реакції в літосфері, що дають продукти органічного складу.
Переважним є перший із зазначених джерел. Основна маса каустобиолитов (у всякому разі, всі копалини вугілля і, цілком ймовірно, основна маса нафти) мають своїм вихідним матеріалом відмерлі організми. В даний час відомі лише поодинокі випадки знаходження органічних продуктів абіогенних реакцій в літосфері. Немає підстав заперечувати широке поширення таких реакцій, проте можливо, що продукти їх недостатньо стійкі в земній корі.
Біосфера, тобто оболонка Землі, населена організмами, охоплює частину атмосфери, гідросферу і поверхневі шари літосфери. Верхня межа біосфери обмежений тропосферой; в гідросфері організми поширені до найбільших океанічних глибин. Нижня межа існування організмів в літосфері оцінюється по-різному, але, у всякому разі, не глибше 3000 м, причому вже на невеликих порівняно глибинах стає можливим існування тільки анаеробних організмів. За Вернадським, загальна вага біомаси досягає 1014 т. Найбільшу кількісну роль в біомасі грають найпростіші, наділені колосальною швидкістю розмноження. Переважна частина живих організмів мешкає у водному середовищі. Так як частка тваринних організмів в біомасі в порівнянні з рослинними незначна, то останні є найголовніший вихідним матеріалом каустобиолитов. Головними компонентами, з яких складаються живі рослинні організми, є: клітковина (целюлоза), легнін, білки, жнри, воски, кутин, споронін, полленіни, суберин, смоли. За ступенем хімічної стійкості їх можна розбити на дві групи: щодо малостійкі (целюлоза, лігнін, білки, жири) і високостійкі.