У 1885 А. Ф. Коні призначається обер-прокурором кримінального касаційного департаменту Урядового Сенату. Він пробув на цій посаді до 1897 (в 1891-1892 тимчасово був сенатором). За цей час Коні дано майже 700 висновків по різних справах, а в ролі обвинувача виступив в безлічі процесів (у справах князів Щербатова і Мещерського, земського начальника Протопопова та ін.). У 1888 за височайшим повелінням А. Ф. Коні був відряджений до Харкова для розслідування причин катастрофи царського поїзда.
У 1898-1907 Коні складався сенатором, а потім аж до травня 1917 - членом Державної ради. У 1901-1917 знову на педагогічній ниві, але вже в Імператорському Олександрівському ліцеї.
Початок міністерської діяльності графа Палена збіглося з підйомом нової хвилі революційного руху. Невідворотно наростав стихійний протест нижчих шарів суспільства, посилився бродіння серед робітників, що підштовхнуло російську інтелігенцію до більш активної участі в ньому. У 1870-х роках вона, за висловом В. І. Леніна, «відсунувши політику, йшла в народ». Відомий народник П. Л. Лавров називав таких людей «хрестоносцями соціалізму».
За Судовим статутам справи про державні злочини повинні були проводитися «загальним порядком кримінального судочинства». Зокрема, судове переслідування покладалося на прокурорів, а досудове слідство - на членів судових палат. Однак вже перші політичні процеси, проведені за цими нормами, не задовольнили влади. Тому терміново готувалися зміни в законах. Активну роль тут грав міністр юстиції і генерал-прокурор граф Пален. Саме з його ініціативи дошкульних ударів були нанесені спочатку по дізнанню, яке відібрали у поліції, а потім по попередньому слідству, яке ставало необов'язковим, і по суду.
19 травня 1871 року набули чинності височайше затверджені «Правила про порядок дій чинів корпусу жандармів по дослідженню злочинів», підготовлені в надрах Міністерства юстиції та узгоджені з шефом жандармів. Відповідно до них, дізнання у політичних справах стало проводитися жандармськими офіцерами під наглядом прокурорів. Поліція і місцева влада зобов'язувалися «надавати жандармам всіляке сприяння». Кубки, що справи надходили до прокурора судової палати, а від нього до міністра юстиції, який або давав розпорядження про початок попереднього слідства, або просив Найвище веління про дозвіл справи в адміністративному порядку. Отже, політичні злочинці могли потрапити до Сибіру, минаючи судові перепони, що найчастіше практикувалося при відсутності щодо них достатніх доказів.
У 1878 році і це положення здалося уряду не зовсім зручним, так як розгляд всіх політичних справ зосереджувалася в столиці. Тому 9 травня 1878 був найвищий затверджений законопроект, згідно з яким судовий розгляд політичних справ покладалося також і на місцеві судові палати з становими представниками.
30 травня 1878 року міністр юстиції і генерал-прокурор граф К. І. Пален був звільнений від займаної посади. Підштовхнуло уряд до цього кроку те, що він не зумів провести в С.-Петербурзькому окружному суді «потрібний» вирок у справі Віри Засулич. Підсудна була виправдана присяжними засідателями. На місце графа Палена був поставлений Д. Н. Набоков.