Однак ідеї реформатора науки не були зрозумілі королем. Перегорнувши якось один з творів Бекона, Яків помітив, що воно, як Священне писання, перевершує всі доступне розумінню.
У першому парламенті Якова, скликаному 1604 р ім'я Бекона називалося в числі імен можливих кандидатів на пост спікера палати громад. За давньою традицією на цей пост обиралося особа, запропоноване короною, але в парламенті 1604 р налагоджений механізм забуксував. Депутати зустріли в штики кандидатуру двору і назвали власних кандидатів, серед яких Бекон представлявся фігурою компромісною, здатної задовольнити і палату, і королівський двір.
Порівняння тексту "Апології" з парламентськими промовами, листами і політичними трактатами Бекона цих років дозволяє припустити, що його ідеї знайшли відображення головним чином в тій частині, де йдеться про усунення розбіжностей у питаннях релігії, а також в окремих положеннях, що стосуються скасування найбільш одіозних феодальних повинностей.
Під час обговорення в палаті питання про англо-шотландської унії, якої домагався король, Бекон виступив як переконаний прихильник об'єднання двох королівств. Він бачив в англо-шотландської унії єдину реальну гарантію проти багатовікової ворожнечі і кривавих міжусобиць двох країн. До того ж, вважав Бекон, Англія, об'єднавшись з Шотландією і підпорядкувавши Ірландію, перетворилася б в одну з найсильніших монархій світу. На його думку, до початку XVII ст. вже можна було говорити про єдність території двох сусідніх країн, що не були розділені природними межами, про близькість мови і спільності релігійної доктрини (при розбіжностях в церковній організації); з царювання Якова Стюарта на англійському престолі обидві країни мали до того ж одного суверена.
Бекон включається і в обговорення проблем, пов'язаних з релігійними чварами між офіційною англіканської церквою і пуританами. Зберігся його трактат 1603 г. "Про умиротворення та із знанням церкви", пройнятий духом неприйняття релігійного фанатизму. Бекон-політик вважав, що в справах релігії слід різко відрізняти розбіжності в питаннях догматики від розбіжностей в питаннях ритуалу, церковної ієрархії. Якщо в першому випадку слід керуватися принципом: "Хто не з нами, той проти нас", то в другому більш доречний принцип: "Хто не проти нас, той з нами". Відзначаючи, що в області цивільних справ парламент регулярно приймає закони, покликані коригувати різні політичні норми, він висловлює здивування, чому ця практика не поширюється на церковні справи.
Політичної концепції Бекона, що склалася в основному в кінці епохи Тюдорів, близька і органічна відома формула англійського державного права - "король в парламенті". Досить ємна і еластична сама по собі, здатна при необхідності задовольнити і апологетів крайнього абсолютизму, і прихильників монархії конституційного типу, ця формула, вживається кількома поколіннями англійських юристів і політичних мислителів, знайшла до кінця XVI ст. цілком певний сенс, ставши літературною виразом практики тюдоровского абсолютизму, який використав для посилення своєї влади парламент.
"Король в парламенті" - це те, що, на думку теоретиків англійського абсолютизму, відрізняло їх країну від Франції та інших країн континенту, становило її винятковість, служило гарантією від внутрішніх негараздів і смут. Дядько Бекона лорд Берлі вигукував: "Чого тільки не в силах зробити король в парламенті - хіба що дива!", А його сучасник лондонський єпископ Джон Еймлер, під час перебування свою архідияконом Стау, розмірковував так: "Правління Англії - це не просто монархія, як деякі з недостатнього міркування вважають, і не просто олігархія або демократія, але правління, що представляє суміш всього цього. виразом, більш того, істотою чого є парламент, в якому ви можете виявити три ці стани: короля або королеву, які предста вляют монархію, знати, т. е. аристократію, городян і лицарів - демократію ". Так політична практика тюдоровской Англії підводилася під положення популярної в епоху Відродження теорії "змішаного правління".
Бекон вважав англійське законодавство, що стосувалося взаємин государя і народу, "кращим, найсправедливішим у світі". "Суверенітет і свободи парламенту, - зазначав він в парламентській промові 1610 року - суть два основних елементи цієї держави, які, хоча один з них більш активний, а інший більш пасивний, що не перекреслюють і не знищують, а підсилюють і підтримують один одного" .
Вихідним теоретичним імпульсом беконовской концепції державної влади стала гуманістична ідея могутнього і освіченого правителя як гаранта підтримки здоров'я в політичному тілі, яким уявлялося Бекону держава. Перекладена на мову політичних трактатів, ця ідея перетворювалася в ідею співпраці королівської влади з радою. "Хоча всі королі іменуються земними богами, - зауважував Бекон, - вони тлінні, як і люди, вони можуть бути дітьми, людьми похилого віку, хворими, розсіяними". Добродії не можуть бачити все своїми очима, чути все на власні вуха і, отже, повинні вдаватися до сприяння ради.
Як і все в навчанні Бекона, ця ідея наділена кров'ю і плоттю історичної реальності, вона позбавлена абстрактного філософствування. Бекон міркував про сильну державу і сильному правителя, маючи на увазі не якесь абстрактне держава, а свою країну - Англію свого часу. У філософських трактатах, літературних вазі, парламентських промовах і листах королю з різним ступенем конкретності, але завжди мова йде про долі англійської держави, так само як в працях Макіавеллі - про долю його Італії.
Ідея сильної влади - наскрізна у всій соціологічної концепції Бекона. Все, що суперечить цій ідеї, що здатна загрожувати державному могутності, викликає його різко негативне ставлення, будь то сепаратизм феодальної знаті, народні повстання або релігійні чвари. І навпаки, сили, здатні, на його думку, це могутність зміцнити (а саме такою силою вважав він парламент), знаходять в його особі рішучого прихильника.