Встановлення етіології кон'юнктивіту передбачає збір анамнезу (скарги і суб'єктивні відчуття хворого, початок захворювання, час звернення до лікаря, вид і тривалість самостійного лікування до звернення до фахівця), офтальмологічне обстеження хворого (огляд передніх відділів ока при бічному освітленні, біомікроскопія обох очей за допомогою стаціонарної або ручної щілинної лампи в прямому, що проходить і відбитому світлі), мікробіологічні, цитологічні дослідження, метод флуоресціюючих антитіл (МФА), вірусологи еский і імунологічний методи дослідження.
Мікробіологічні дослідження включають в себе бактеріоскопію мазка з кон'юнктиви і бактеріологічне дослідження посіву вмісту кон'юнктивальної порожнини. Бактеріоскопічне дослідження мазка з кон'юнктиви - простий і доступний метод, але через малу достовірності і більш рідкісного виявлення бактерій в мазку, ніж в посіві [Вайнштейн Б. І. Плошінская Н. В. 1972], в даний час перевага віддається бактеріологічному дослідженню вмісту кон'юнктивальної порожнини.
Методика взяття вмісту кон'юнктивальної порожнини. Матеріал для дослідження беруть в очному кабінеті поліклінік. Червоного прокаленная на спиртівці і охолоджені платинова петля проводиться легкими, ковзаючими рухами по кон'юнктиві нижньої повіки, нижній перехідній складці і в області слізного м'ясця. Вміст петлі поміщають в стерильну пробірку з м'ясо-пептони або цукровим бульйоном. Пробірки відправляють в бактеріологічну лабораторію районної СЕС. Результати отримують на 6-й день після взяття матеріалу.
З метою швидкої орієнтовною етіологічної діагностики кон'юнктивітів рекомендують цитологічні дослідження зіскрібків з кон'юнктиви. До теперішнього часу цей метод дослідження не знаходив досить широкого застосування в районних поліклініках, незважаючи на його високу специфічність і загальнодоступність. Разом з тим в поєднанні з біомікроскопію і мікробіологічними дослідженнями він дозволяє встановити етіологію гострих бактеріальних кон'юнктивітів в 80% випадків. Перевага цього методу полягає в простоті взяття матеріалу, в можливості багаторазових повторних досліджень і, що особливо важливо, отриманні результатів через 2 ч від початку дослідження. Дослідження може проводити лікар-лаборант клінічної лабораторії районної поліклініки.
Зішкріб беруть з кон'юнктиви повік і перехідних складок обох очей після одноразової інстиляції 0,5-1,0% розчину дикаїну або 5% розчину новокаїну. Зішкріб краще здійснювати скальпелем, так як на його широкому лезі повніше і краще зберігаються зняті шари епітелію. Скальпель повинен бути з закругленими кутами, з помірно затупленим лезом. Це дозволяє двома-трьома легкими рухами зняти поверхневі шари епітелію. Швидкість взяття зіскрібка особливо важлива у дітей, поки вони не заплакали, бо сльози значно ускладнюють або унеможливлюють взяття зіскрібка. Стерилізація скальпеля здійснюється в суміші спирту з ефіром (1: 1) не менше 15 хв. Зішкріб беруть при вивернутих і з'єднаних століттях, що прикривають рогівку. У разі необхідності додатковими легкими рухами епітелій зіскоблюється з верхньої перехідної складки при подвійному вивороті верхньої повіки. Вміст зіскрібка наносять на знежирене предметне скло легкими рухами, що розтирають так, щоб вийшов мазок. Його висушують на повітрі, а потім фіксують в метиловий або абсолютному етиловому спирті протягом 15-20 хв. Після підсихання зішкріб відсилають в клінічну лабораторію поліклініки, де його забарвлюють за методом Романовського - Гимзе і проводять мікроскопію з иммерсией під звичайним світловим мікроскопом.
Більш специфічна діагностика окремих видів вірусних кон'юнктивітів можлива при застосуванні вірусологічних і серологічних методів, включаючи метод імунофлюоресценції. Ці дослідження можливі в даний час лише в великих клінічних лікарнях і НДІ очних хвороб.
В поліклінічних умовах можливо і необхідно застосування цитологічного методу діагностики вірусних уражень кон'юнктиви.