Виник в 1237 році в результаті приєднання до Тевтонського ордену залишків мечоносців ордена, розгромленого в битві при Саулі (нині Шяуляй) 22.9.1236 року. Створення Лівонського орді на забезпечило німцям успіх в боротьбі за військово-колонізаційний освоєння Лівонії, яку вони вели з Данією, Швецією, Литвою, Новгородом і Псковом.
Ливонское «орденську державу» (Ordensstaat), остаточно оформилася до початку XIV століття, охоплювало близько 2/3 території Лівонії і представляло собою унікальну форму середньовічної державності, що поєднувала елементи сеньориального (феодального) і інституційного (державного) правління. В основу адміністративно-господарської системи Ордена був покладений принцип конвенту, або братства, лицарів-ченців. проживали в одному з орденських замків (Konventenhaus). Кожен замок утворював центр підконтрольного даному братству округу (Gebiet), на чолі якого стояв «окружний начальник» (гебітігер) - комтур (командор) або фогт. До XV століття в межах Лівонії існувало 9 комтурств і 11 фогтств. Округу Венден (Цесис) і Тукум (Тукумс), а також орденські володіння в Ризі знаходилися в прямому підпорядкуванні глави Ордена, а округу Ашераден (Айзкраукле), Дюнамюнде (Даугавгріва), Зегевольд (Сигулда) і Мітава (Єлгава) передавалися його заступнику - ландмаршалу . Кожен округ був замкнутий адміністративно-господарське утворення, у веденні гебітігера перебували керівництво військами, судочинство і організація домениального господарства.
На чолі Лівонського ордену стояв магістр, який визначав основні напрямки його внутрішньої та зовнішньої політики, був верховним головнокомандувачем і гарантом дотримання законів, виробляв призначення на державні посади, розпоряджався фінансами Ордена і ін. Спочатку ливонские магістри призначалися верховними магістрами Тевтонського ордена, але з 1413 року стали обиратися капітулом, т. е. зборами представників орденських конвентів Лівонії. Резиденція магістра перебувала в Ризі або Вендені. Капітул зазвичай скликався магістром двічі на рік; в ході його роботи заслуховувалися звіти гебітігеров, приймалися постанови з управління «орденським державою» і його зовнішній політиці, проводилися лені пожалування, розслідувалися тяжби і посадові порушення. Як совещат Єльня органу при магістрі діяв рада, куди входили найбільш впливові гебітігери - ландмаршал, комтури Фелліні (Вільянді), Гольдінгена (Кулдига), Мариенбурга (Алуксне), Ревеля (Таллінн) і фогт Йервена (Ярвере).
Орденська адміністрація передбачала існування великого числа посад середнього і нижчого ланки, які розподілялися серед братів-лицарів, які становлять правлячу еліту Лівонського ордену, їх високе положення підкреслювалося зверненням «пан». Членами Лівонського ордену були також брати-священики, які займалися організацією богослужіння і канцелярською роботою, і брати-сержанти, або «сірі плащі», які несли службу в якості слуг або гарнізонних солдатів. Привілеї інших членів Лівонського ордену на них не поширювалися.
Спочатку Лівонський орден знаходився у васальній залежності від архієпископа Ризького, що збереглася від Ордена мечоносців, але після перемоги в тривалій боротьбі за гегемонію в Лівонії (1330) Орден став феодальним сеньйором міста Рига. У 1346 році за керування Лівонського ордену перейшла Північна Естляндія, куплена Тевтонським орденом у датського короля Вальдемара IV Аттердаг. До кінця XIV століття, добившись успіхів в боротьбі з архієпископом Ризьким і єпископами Дерптського, Курляндським і Езельском, Орден досяг свого розквіту. Однак процес етатізаціі орденських структур, що сприяв перетворенню братів-лицарів в якийсь різновид бюрократії, визначив трансформацію Лівонського ордену: його соціальне і регіональне замикання, підвищення значущості сімейних зв'язків при розподілі посад, обмирщение життя лицарів, ослаблення їх військової підготовки, відокремлення від інших політично активних сил Лівонії (станів городян і «васалів»). У XV столітті Лівонський орден вступив в смугу криз. В результаті перемоги всередині Ордена партії «вестфальцев» (прихильників самостійної політики) над «рейнцамі» (прихильниками тісних зв'язків з Пруссією) були ослаблені зв'язку Лівонського ордену з прусської гілкою Тевтонського ордена. Членство в Ордені було закріплено за вихідцями з Нижньої Німеччини. Активізація опозиції Ордену в Лівонії привела в 1-й чверті XV століття до виникнення ливонського ландтагу, 1452 року Орден був змушений погодитися з подвійним сюзеренітетом (разом з архієпископом) над Ригою. Положення Лівонського ордену істотно підірвала серія невдалих воєн з Великим князівством Литовським (ВКЛ, 1431-1435 роки), Новгородом (1443-1448 роки) і Російською державою (1480-1481 роки), а також громадянська війна 1479-1491 років.
З кінця XV століття все більш важливе місце у зовнішній політиці Лівонського ордену стали займати відносини з Російською державою. У 1501 році, уклавши союз з ВКЛ, Лівонський орден почав війну з Російською державою, що завершився підписанням перемир'я на колишніх умовах (1503). Серія військових і адміністративних реформ, проведених магістром Вольтером фон Плеттенберг (1494-1535 роки), на час зміцнила становище Ордена, але поширення ідей Реформації в Лівонії в 1520-1530-і роки завдало йому непоправного удару. Поразка, яке Орден зазнав на початковому етапі Лівонської війни 1558-1583 років, завершилося його секуляризацією: 28.11.1561 року останній великий магістр Готхард Кетлер перейшов в лютеранство і прийняв титул герцога Курляндського (дивись Курляндское герцогство). Лівонський орден офіційно скасований 5.3.1562 року.