Мікрофлора шкіри риб залежить від води, в якій вони живуть.
Скидання неочищених стоків у воду призводить до того, що поряд з бактеріями групи кишкових паличок і ентерококами в водойми можуть потрапляти також сальмонели і шигели. З інших патогенних мікробів у воді може знаходитися Closlridium botulinum. Морський осад, взятий в якості проби з північноамериканських прибережних морських вод, також містила C. botulinum типів С, D і Е.
Ступінь обсіменіння бактеріями залежить, по-перше, від навколишнього середовища і, по-друге, від способу лову. У свіжій рибі, виловленої тралом, міститься в 10 ... 100 разів більше бактерій, ніж в свіжозловленої на вудку. Причиною того є завихрення морського грунту (мулу, мулисте наносу) при буксируванні трала.
Хоча мікрофлора риб і знаходиться в прямому взаємозв'язку з мікрофлорою навколишнього її води, існують відмінності в змісті окремих бактерій у різних видів риб одного і того ж району лову. Пояснюється це явище різним складом покривної (шкірної) слизової оболонки у окремих видів риб.
Мікрофлора кишечника є приблизно постійною і менш залежною від навколишнього середовища. З проб шкіри і зовнішніх зябер виловлених в Північному морі риб виділені бактерії родів Pseudomonas, Achromobacter, Vibriо і Corynebactеrium. Анаеробні бактерії були відсутні на поверхні риби. Бактерії роду Achroinobacter в міру зберігання риби поступово відмирають, хоча окремі вила бактерій цього роду беруть участь в гнильному розкладанні риби.
До мікрофлорі риби відносяться ще окремі мешкають в морській воді пигментообразующих представники роду Sarcina. а також бактерії з сімейства Enterobacteriaceaе пологів Klebsiella, Escherichia, Entcrobacter, Citrobacter.
При лові риб в шотландських прибережних водах і в промислових ділянках поблизу Ісландії виділили 189 штамів дріжджів. Вони були віднесені до пологів Debaryomyccs, Torulopsis, Candida, Rbodotorula, Pichia, Cryptococcus. Більшість штамів дріжджів ндентіфіціровано як Debaryonyces kloeckcri (47,7%), Torulopsis inconspicua (12,8%) і Candid aparapsilosis (10,1%).
У шлунково-кишковому тракті знаходяться також мікроорганізми тих же пологів, які виявляють в покривної слизовій оболонці і відповідно на зовнішніх зябрах. Крім того, зустрічаються представники родів Psеudomonas, Micrococcus.
Мікрофлора прісноводних риб складається також в першу чергу з Психрофільні мікробів. Основна мікрофлора складається в значній мірі з представників наступних пологів: Pseudomonas. Aeromonas. Alcaligenes, Achromobacter, Micrococcus. До цього слід додати ще коринебактерии і Serratien. З м'язів прісноводних риб були виділені різні мікроорганізми, які відповідають мікрофлорі середовища проживання риб.
Оскільки внутрішні води часто забруднюються стічними водами, прісноводні риби можуть бути носіями патогенних для людини бактерій. Особливу роль при цьому відіграють сальмонели і ентеротоксигенні штами стафілококи.
Нерідкі випадки захворювання людини, що живиться рибою, бешихове запалення. Збудник цієї хвороби Erysipеlothrix rhusiopalhiae мається на слизу багатьох видів риб.
До теперішнього часу ці мікроби були виявлені у наступних видів риб: червоний окунь, тригли (морський півень), оселедець, пікша, камбала Білого моря, морський лосось, оселедцева акула, червоний язик, зубатка смугаста, тріска. Неясно, яким чином відбувається інфікування риб цими збудниками. Можна стверджувати, що мова йде про вторинному обсеменении на борту рибальського судна або в процесі переробки риби на землі. Обсіменіння риби збудниками бешихи знаходиться в безпосередньому зв'язку з зовнішньою температурою.
Інтенсивність обсіменіння зростає в тому випадку, якщо середня температура повітря перевищує 11,5 ° С Свіжа риба може бути обсемінено сальмонелами і шигеллами. Так 11% риби, що надходить па ринки Каїра, було обсемінено сальмонелами і шігеллампі Найчастіше засіяний ой буває риба з Нілу.
Прісноводні риби можуть тривалий час зберігати сальмонели в своєму організмі. Якщо риба поміщена в невеликому просторі, можливий перенос сальмонел від однієї риби до іншої. Масове ендогенне обсіменіння S. cntcritidis або S. typhimurium викликає у риб псевдомембранозні запалення кишечника.
У стравоході або на зябрах риби, крім зазвичай зустрічаються там сапрофітних анаеробних спороутворюючих бактерій, є суперечки C. tetani і C. botulinum.
C. botulinum типу Е. був виділений у морських і прісноводних риб Америки, Азії та Європи. У басейні Балтійського моря особливо в прибережних водах Швеції і Данії, його знаходять в стравоході камбали і наваги західнонімецьких берегів. Спори типу Е володіють лише незначною стійкістю до нагрівання: при 80 ° С більше половини суперечка відмирає протягом 1,78 ... 3,3 хв.
Крім типу Е, у риб можуть міститися спори типів А. В, С і D. Проте вони зустрічаються рідко. Освіта токсину у типу Е починається при 5 ° С і у типів А, В, С, D-починаючи з 10 ° С.
У 1951 р вперше в Японії були описані випадки обсіменіння харчових продуктів V. parahaemolyticus. Дослідження, проведені в європейських водах, дозволили виявити присутність цих вібріонів у риб Балтійського, Північного, Чорного і Середземного морів. Більшість їх знаходиться в співжитті з апатогеннимі V. algsnolyticus так що останні можна розглядати в якості мікробів-індикаторів.
Цікавим є V. caspii, що викликає хвороби окуня і коропа в Каспійському морі. Так як V. caspii при проведенні досліджень виявився патогенним також для теплокровних (тюлені і білі миші), перед вживанням риби необхідно провести знищення мікробів у вареному або смаження.
Розкладання морської риби може протікати в результаті розкладання білка, жиру і вуглеводів під впливом власних ферментів (автолиз). Особливо помітно це проявляється у риб, у яких в результаті переїдання в кишечнику утворюються травні ферменти. Завдяки дії власних ферментів розкладається риба має м'яку розсипчасту консистенцію без неприємних запахів і відхилень від смакових стандартів.
Автолиз сприяє проникненню мікробів з стравоходу або зі шкіри та зябра в м'язову тканину. Найбільш протеолітичних активні бактерії роду Achronmbacter інтенсивно розмножуються під час процесу розкладання.
Бактеріальне обсіменіння м'яса риби відбувається в результаті проникнення бактерій з поверхні через лускаті карагани зябер, через систему кровоносних судин або через стінки кишечника і черевну порожнину в мускулатуру.
Таким чином, визначення кількості мікробів в м'ясі риби не є єдиного методу для судження про ступінь свіжості риби. Кількість мікробів 8-10 5 в 1г м'язової тканини розглядається як кордони придатності риби для харчування. Іншим методом, призначеним для оцінки ступеня обсіменіння бактеріями, є тест на редуктазу. До теперішнього часу цю пробу застосовують при дослідженні прісноводних риб.
При розкладанні білка в м'язах утворюється цілий ряд речовин, таких, як сірководень, індол, мурашина, щавлева, масляна кислоти і т. Д. За рахунок ферментативного розкладання протеїнів утворюються вільні амінокислоти і вільний гистидин. В результаті бактеріального розкладання білка гистидин може бути декарбоксилировать до гістаміну. До великої групи мікробів як мезофільних, так і Психрофільні бактерій, що утворюють гістамін, відносяться представники роду Proteus (Proteus morganii), а також Escherichia coli, Е. Freundii, Acrobacter aerogenes і види роду Hafnia.
Гавелко (B .Hvelka., 1974) при проведенні досліджень мікрофлори м'яса тунцових риб виявив, що з 173 виділених штамів, з яких 84,4% були псіхротолерантни, тільки 12 могли декарбоксилировать гистидин. Звідси випливає, що далеко не завжди можна пояснити причини гистаминовой інтоксикації.
Щодо кількості гістаміну, необхідного для виникнення захворювання, є суперечливі дані. Вважають, що захворювання може наступити при концентрації в м'ясі порядку 600-900 мг / кг. Харчові продукти з концентрацією понад 300 мг / кг гістаміну вважаються непридатними в їжу. Крім того, в м'язовому екстракті різних типів міститься описаний біогенний амін - Саурін. Він надає сильну стимулюючу дію на Nеrvus vagus.