Іноді при протезуванні зубів виникають ті чи інші небажані ефекти, так зване побічне дію протеза.
Для знімного протезу побічна дія виражається в передачі жувального руху на слизову оболонку протезного ложа, яка не призначена для цього, в результаті порушується кровообіг ділянки слизової оболонки, її самоочищення, порушується температурна, смакова та інші види чутливості.
До побічної дії протеза слід віднести тимчасове порушення мови, а також функціональне перевантаження зубів кламерами.
Побічна дія незнімного протеза (мостовидного) виражається в роздратуванні краями коронок оточуючих протез м'яких тканин, функціонального перевантаження опорних зубів, порушення гігієни порожнини рота.
Побічна дія протеза завжди пов'язано з принциповою схемою його конструкції і не може бути повністю усунуто, але вдосконалення конструкції (наприклад, заміна пластиночного протеза дуговим) може його зменшити.
Як наслідок побічної дії знімних і незнімних протезів іноді виникають запальні процеси слизової оболонки порожнини рота, пов'язані з токсичним або травматичним дією протеза (пролежні, гінгівіти, стоматити). Так, іноді з'являється запалення ясенного краю. При знімних протезах це є наслідком обмеження ясна між базисом протеза і природним зубом, при незнімних - ясна дратується краєм коронки або, якщо протез занадто довгий, він завдає грубу травму ясен.
Іноді при використанні протезів у пацієнтів виникають алергічні реакції на матеріали, з яких вони виготовлені. Всі ці матеріали не мають білкової природи і тому самі по собі не можуть викликати алергію, але, з'єднуючись з білками тканин організму, можуть стати причиною алергічних реакцій.
Такі реакції відомі в стоматології дуже давно, ще з тих пір, як базисним матеріалом для протезів служив каучук. У наш час для протезів широко використовуються різні види пластмас, в зв'язку з чим кількість алергічних реакцій збільшилася.
При появі алергії на протези необхідно терміново зняти протез і провести повторне протезування із застосуванням іншого матеріалу.