Найпростіші відносяться до числа нетрадиційних об'єктів біотехнології. До недавнього часу вони використовувалися лише як компонент активного мулу при біологічному очищенні стічних вод. В даний час вони привернули увагу дослідників як продуценти біологічно активних речовин.
На цій посаді раціональніше використовувати вільноживучих найпростіших, що володіють різноманітними Біосинтетичними можливостями і тому широко поширеними в природі.
Інший групою біологічно активних речовин найпростіших є полісахариди.
Різноманітність полісахаридів, синтезованих найпростішими, досить велике. Особливий інтерес представляє парамілон, характерний для евгленоідних жгутіконосцев. Представники пологів Astasia і Euglena здатні до сверхсинтезу парамілона. Цей полісахарид вивчається як стимулятор імунної системи ссавців.
В даний час в світі надається велике значення виробництва глюканов не тільки для медичних цілей, але і для харчової та текстильної промисловості. Великий інтерес представляє з'ясування антигенної взаємозв'язку між непатогенних і патогенними для людини видами тріпаносомід. Встановлено, що при введенні мишам полісахаридів з культур непатогенних для людини найпростіших - Herpetomonas sp. і Crithidia fasciculata - підвищувалася резистентність тварин до Т. cruzi, збудника хвороби Чагаса у людини. Наявність перехресних імунологічних реакцій між полісахаридами різних типів послужило підставою для висновку про те, що антигенна спільність між цими речовинами обумовлена не структурою полімеру, а окремими мономерами або олигомерами однакового хімічної будови.