Філогенетична близькість найпростіших до багатоклітинних тварин і рослин є теоретичним обгрунтуванням для вивчення цих організмів як можливих продуцентів біологічно активних речовин (БАР), властивих природі людини і тварин.
Як продуцентів БАР раціональніше використовувати свободноживущие форми найпростіших, що володіють різноманітними Біосинтетичними можливостями і тому широко поширені в природі. Вони є важливою складовою частиною геологічних порід, грунтів, прісних і морських водойм. Особливу екологічну нішу займають найпростіші, що мешкають в рубці жуйних. Вони володіють ферментом целюлазою, що сприяє розкладанню клітковини (целюлози) в преджелудке (рубці) жуйних. Найпростіші рубця можуть бути джерелом цього ферменту.
Серед Protozoa багато паразитичних форм. Розробка методів боротьби з ними (створення вакцин, діагностикумів, фармацевтичних препаратів) вимагає можливостей для всебічного вивчення цих найпростіших, для чого вони повинні відтворюватися і існувати в умовах лабораторії.
Деякі патогенні Protozoa (наприклад, збудник південно-американського тріпаномоза) стали першими продуцентами протипухлинних препаратів (круцина або тріпаноз). У багатьох інших жгутіконосцев також виявлені біологічно активні речовини, що володіють протипухлинною дією.
Найпростіші є продуцентами поліненасичених жирних кислот - важливого лікарської сировини, яка не утворюється у мікроорганізмів - класичного об'єкта біотехнології.
Інший групою біологічно активних речовин найпростіших є полісахариди. Деякі з вивчених полісахаридів є стимуляторами імунної системи ссавців (парамілон). В даний час в світі велике значення надається глюканів, які використовуються для медичних цілей, а також в харчовій і текстильній промисловості. До сих пір їх отримували з культур бактерій або морських водоростей. У той же час евгленіди є одним з найбільш перспективних джерел цієї речовини.
Рішення поставлених завдань вимагає масштабного отримання культур вільноживучих і паразитичних найпростіших для виділення біологічно активних речовин, що можливо тільки на основі методів біотехнології. У зв'язку з цим перед дослідниками стоїть проблема розробки біотехнологічної системи отримання метаболітів протозойного походження.