Була мить в історії Росії, коли гостро стояло питання не тільки про престолонаслідування, але і про долю держави. Або йти їй на шляху розвитку, або залишатися в старозавітній дрімоті.
Правителька Софія Олексіївна зі стрілецьким військом була в Москві, а 17-річний цар Петро I з потішними полками в Преображенському. Софія вирішила зібрати найвірніших людей, йти на Преображенское і побити всіх прихильників Петра. Але серед стрільців були люди, вірні царю.
Після прийняття Боярської думою історичного рішення «Морським судам бути» і початку будівництва регулярного флоту Петро робить термінові заходи по підготовці кадрів. Особливо велика в цьому питанні була роль Москви. Саме звідси вперше вирушили для «навчання морської справи» за кордон знатні молоді люди: 39 осіб в Італію і 22 - в Голландії і Англії. Вони повинні були «знати креслення і карти морські, компас, також і інша ознаки морські», а також вивчити вітрильне озброєння кораблів, пристрій бегучего і стоячого такелажу і вітрил, способи управління вітрилами, як в звичайному плаванні, так і під час бою. Однак посилка на навчання за кордон дворянських дітей не могла задовольнити зростаючу потребу Російського флоту в офіцерських кадрах, та й дорого обходилося казні.
Разом зі знавцем математичних наук і теорії морської справи Генрі Фарварсон ще два англійці - Стефан (Степан) Гвін і Річард Грейс стали навчати «добровільно бажаючих паче же з примусом набираються» молодих людей «математичним і Навігацкой, т. Е. Морехідним, хітростно мистецтвам» .
Станових обмежень при прийомі в школу не було, брали юнаків від 12 до 17 років. Але оскільки набір йшов з працею, то брали і 20-річних. У школі вчили грамоті, арифметиці, геометрії, тригонометрії, географії, геодезії, навігації та астрономії. Навчання складалося в проходженні учнями трьох ступенів або відділень: «Російської школи» (елементарне відділення), «Цифровий школи» (арифметичне відділення), «Спеціальних класів» (Навігацкой або морське відділення). Неписьменні новобранці навчалися в школі першого ступеня, де освоювали читання, письмо і основи граматики. У школі другого ступеня вивчали арифметику, геометрію і тригонометрію. Багато учнів з нижчих станів на цьому навчання закінчували. Вони призначалися писарями до наказів, на нижчі посади в Адміралтейство, учнями аптекарів і лікарів, а також на інші подібні посади в інших департаментах. Діти «шляхетські», тобто дворянські, і найбільш успішних учні з нижчих станів після здачі проміжних іспитів продовжували навчання, здобуваючи знання з географії, астрономії, геодезії і навігації.
Сухарева вежа - чотириярусна будова цілком відповідало призначенню школи. Воно розміщувалося на «пристойному» і високому місці. Останнє, а також наявність вежі, «де можна вільно горизонт бачити», дозволяло учням робити обсервації (т. Е. Визначати своє місце по виміряним висот світил), спостерігати за небесною сферою по всьому горизонту. Високі стелі і світлі приміщення створювали сприятливі умови для роботи з картами та кресленнями. Сама будівля як би нагадувало якийсь корабель, в якому галереї 2-го ярусу, опоясували будівлю, грали роль шканцев - самого почесного місця на вітрильному кораблі (частина верхньої палуби в його кормі).
Східний край будинку могла «бути побаченої» як ніс корабля, західна частина - як його корму.
У третьому ярусі розташовувалися класні кімнати і «рапірний зал», призначений для проведення уроків фехтування і гімнастичних вправ. Із західного ( «кормової») частини будівлі був побудований амфітеатр-сховище «машкерадного кораблика», тобто моделі парусного корабля, який використовувався «для потіхи».
В особливо урочисті дні, наприклад, в день святкування укладення Ніштадської зі Швецією в 1721 р той кораблик з поставленими вітрилами, розцвічений днем сигнальними прапорами, а вночі ліхтарями, возили по вулицях Москви, прославляючи Російський флот, чиї перемоги були істотним внеском у справу успішного завершення багаторічної війни. Кількість тих, що навчаються не перевищувало 300-350 чоловік.
Учні проходили всі науки послідовно. Певного часу для іспитів, перекладів, випусків не було, і учнів передавали з одного відділення в інше, або по-тодішньому «з однієї руки в іншу», у міру вишколу; випускали з школи в міру готовності до справи і на вимогу різних відомств. На звільнені місця зараз же брали або набирали нових учнів.
Умови навчання в школі були в дусі тієї епохи - досить суворі. За ходом занять стежив не тільки викладач, але і присутній в класній кімнаті «дядько» з батогом. Він карав за сторонні розмови на уроці, за «чинення незручності сусідові на лаві», причому карав не розбираючи чинів і звань батьків провинилися. Але, мабуть, рівність учнів на цьому закінчувалося. Не тільки призначення випускника школи багато в чому залежало від становища батьків, але навіть місце на лавці в класі і за обіднім столом. За будь-яке порушення учнів карали різками, зазвичай по суботах після лазні. Учні з «благородного» стану могли відкупитися від прочуханки, виставити заміну або, на худий кінець, прийняти покарання одягненими. Учнів «худого роду» пороли «снем штани».
Незалежно від стану існувала градація між учнями: перволітки іменувалися «рябчиками» і повинні були беззаперечно виконувати вимоги і бажання старших, які посилали їх за покупками, змушували чистити свій одяг і т. П. Але до рукоприкладства справа не доходила. Дворянських дітей для продовження навчання посилали за кордон, де вони плавали волонтерами на військових кораблях, а після повернення на батьківщину здавали іспити і проводилися в перший офіцерський чин. Бували випадки, коли разом з дворянами за кордон посилали і вихованців з різночинців. Освоїли штурманське справу після повернення в Росію призначали штурманом на бойові кораблі.
Перший випуск Навигацкой школи відбувся в 1705 році в кількості 64 чоловік, серед яких були майбутні герої Північної війни (1700-1721 рр.), Битв при Гангуте, Езель і адмірали: Н. Сенявін, П. Чихачев, В. Ларіонов; найближчі соратники Петра I: H. Головін, С. Лопухін і Ф. Соймонов; мореплавці і відкривачі нових земель: С. Малигін, А. Скуратов і Г. Золотарьов.
З вчителів в Петербург були переведені Г. Фарварсон і Степан Гвін. На чолі вчителів московської школи залишився Л. Ф. Магніцький з декількома помічниками з кращих учнів, які закінчили повний курс наук. У Сухарева вежі були залишені «російська» і «арифметична» школи. Керівником навчального закладу в Москві, яке проіснувало до 1752 р залишився Л. Ф. Магніцький. За успіхи в науках він був нагороджений Петром I селами в Тамбовській і Володимирській губерніях і будинком на Луб'янці. Помер Леонтій Пилипович в 1739 р
Найстаріше військово-морське училище закінчили багато видатні радянські і російські флотоводці і діячі флоту, герої громадянської і Великої Вітчизняної війни, командувачі флотами і флотилії, адмірали і офіцери. В училище готується гідна зміна продовжувачів справи старших поколінь моряків Російського флоту.
Велика роль Московської навігацкой школи в становленні регулярного Російського флоту. Крім того, що вона дала державі власних вітчизняних будівельників, архітекторів, геодезистів, школа готувала перших російських морських фахівців. Її перші випускники несли службу на кораблях флоту, брали участь в боях і походах.