Медичне обслуговування Нафтоюганська, а в первісності селища Усть-Балик почалося в 1961 році з невеликого вагончика. Прийоми пацієнтів вели фельдшер Ганна Йосипівна Тонких і медична сестра Анна Олексіївна Іглін. Саме вони надавали медичну допомогу першопрохідникам Усть-Баликское геолого-розвідувальної експедиції.
Перший медичний пункт в Усть-Балик розмістився в вагончику, де проживала сім'я Іглін. А в 1964 році вагончик був переданий у відання органів охорони здоров'я. Тоді ж була організована і дільнична лікарня. Перше медичний заклад переїхало в барачного будівлю, де розмістився стаціонар на 16 ліжок і два кабінети для прийому хворих. Головним лікарем дільничної лікарні був призначений лікар-хірург В'ячеслав Іванович Красильников.
Слідом за фельдшерами А.І. Тонких, А.А. Іглін і першим лікарем-педіатром В.Я. Васькова-Градецький в північний селище приїхали лікарі В.М. Філіппова, А.В. Єфремова і В.І. Тунік.
У 1965 році було започатковано породіллі, перші пологи в селищі прийняла Ганна Йосипівна Тонких.
У 1966 році в Усть-Балик відкрилося інфекційне відділення. Першим лікарем-інфекціоністом в селищі була призначена Галина Іванівна Лисухіна-Рикова.
У 1967 році селище Усть-Балик отримав статус міста і нову назву - Нефтеюганськ, лікарня стала міської.
У 1968 році головним лікарем лікарні призначена вікторія Іванівна Яцкіев. 29 років вона очолювала міську лікарню. Вікторія Іванівна поклала початок будівництва нових лікувальних корпусів стаціонарного профілю і трьох поліклінік. За час її роботи маленька дільнична лікарня на 110 ліжок, перетворилася на велике багатопрофільне підприємство, яке має 20 спеціалізованих стаціонарних і 4 поліклінічних відділень і надають медичну допомогу по 46 спеціальностями. Вікторія Іванівна вклала багато енергії і праці в розвиток закладів охорони здоров'я, комплектацію їх сучасним обладнанням, впровадження в лікувально-діагностичну практику сучасних технологій.
У 1970 році запрацювало дитяче інфекційне відділення. У Нефтеюганске відкрилася нова поліклініка. У двоповерховому дерев'яному будинку розмістився шкірно-венерологічний кабінет, протитуберкульозний кабінет, фізіотерапевтичний кабінет з трьома апаратами.
У 1971 році введено в експлуатацію єдиний триповерховий корпус на 110 ліжок. Тут розмістилися пологове, хірургічне, травматологічні та дитячі відділення.
Нефтеюганск міська лікарня була перетворена в Медико-санітарну частину ордена Трудового Червоного Прапора нафтогазовидобувного управління «Юганскнефть».