Спочатку очищається решітка клітки, потім висувається піддон і накопичився в ньому гній витрушує в тару або через спеціальний люк в стіні крільчатника прямо в компостну яму, влаштовану зовні. Два рази на рік, особливо в сиру пору (весна і осінь), клітини треба дезінфікувати. Дезінфекція проводиться різними методами. В особистому господарстві найбільш простим і ефективним способом є обробка крільчатника, клітин, інвентарю вогнем. Для цього застосовується звичайна паяльна лампа або газовий пальник. Добре вичищені дерев'яні частини клітини обробляються вогнем до легкого побуріння. При цьому треба дотримуватися виняткову обережність, в іншому випадку можна спалити не тільки свій крільчатник і будинок, але і споруди сусідів. Ніколи не паліть у крільчатнику. З хімічних речовин найбільшого поширення набула хлорне вапно, яке застосовується у вигляді 10% розчину, яким за допомогою мочальной або інший широкої кисті обробляють стіни крільчатника, клітини та інвентар. Клітини, інвентар, годівниці і поїлки можна обробляти і зольним лугом, який добре вбиває хвороботворні мікроби, але абсолютно нешкідливий для кроликів. Готується наступним способом.
У киплячу воду додається чиста деревна зола (1/3 частина обсягу води) і кип'ятити 20-30 хвилин. Потім розчин потрібно процідити через 2-3 шари марлі, проціджений луг знову довести до кипіння і гарячим відразу ж обробити клітини та інвентар. Є багато інших дезінфекційних речовин, які можна придбати у ветеринарній аптеці. Стіни крільчатника, зовнішні частини клітин корисно покрити розчином гашеного вапна. Дерев'яні годівниці обробляйте за допомогою вогню паяльної лампи, а металеві, скляні та керамічні частини автокормушек і автопоилок краще вимити і прокип'ятити. Особливо ретельно очищаються і дезінфікуються клітини перед посадкою в них новопридбаних кроликів і при кожній пересадці, перед масовими окролах і при інфекційних захворюваннях кроликів.
Нехтувати санітарною обробкою крільчатника, клітин та інвентарю ні в якому разі не можна. Інакше це може обернутися великою бідою. Завжди треба пам'ятати, що запобігти хворобі кролів легше, ніж їх лікувати. Вже краще витратити кілька годин на обробку, ніж витрачати місяці на лікування. Багато заразні і хвороботворні мікроби, що викликають хвороби і падіж кроликів, зберігають свою життєздатність протягом кількох місяців. Занесена в крільчатник хвороба може повторитися, виникнути навіть після повної зміни поголів'я. Не допускайте вогкості в клітинах і в крільчатнику. Брудні і мокрі підлоги і решітки клітин сприяють виникненню таких небезпечних захворювань, як інфекційний стоматит ( «мокра мордочка»), пастерельоз, стафилококкоз, кокцидіоз та інші. Кролики охайні тварини. Згодом у них стійко виробляється звичка спорожняти шлунок і сечовий міхур в строго визначеному місці клітини. Особливо дотримуються вони чистоту в темному відділенні, де відпочивають. Зазвичай кролики вибирають місце для туалету в одному з кутів біля задньої стінки клітини. При цьому обирають найвище місце. Знаючи все це, можна легко привчити кроликів до місця, яке ви самі їм виберете. Для цього грати в потрібному кутку, краще біля дверцят, кілька підніміть, підставивши під неї дерев'яний брусок необхідного перетину, а на саму решітку покладіть трохи калу кроликів, що спонукатиме їх відходити саме в цьому місці. Це буде сприяти чистоті в клітці і полегшить її прибирання. Чистота в клітинах і в крільчатнику, нормальна вологість, хороша освітленість і вентиляція приміщення - запорука здоров'я ваших кроликів, хорошого їх розвитку і розмноження.