Витрати, пов'язані із здійсненням капітального будівництва у формі нового будівництва, є довгостроковими інвестиціями (п.1.2 Положення з бухгалтерського обліку довгострокових інвестицій). Згідно п.п.2.1, 2.3 Положення з бухгалтерського обліку довгострокових інвестицій, а також Плану рахунків облік довгострокових інвестицій ведеться на рахунку 08 "Вкладення у необоротні активи" за фактичними витратами. На цьому рахунку відображаються інвестиції за їх видами на спеціально відкритих субрахунках відповідного найменування. Витрати на будівництво (без урахування сум ПДВ) враховуються на субрахунку 08-3 "Будівництво об'єктів основних засобів" незалежно від того, здійснюється це будівництво підрядним або господарським способом.
При підрядному способі будівництва виконані і оформлені в установленому порядку будівельні роботи та роботи по монтажу обладнання відображаються у забудовника-замовника на рахунку 08, субрахунок 08-3, за договірною вартістю (без урахування ПДВ) згідно оплаченим або прийнятим до оплати рахунків підрядних організацій в кореспонденції з рахунком 60 "Розрахунки з постачальниками та підрядниками" (п.3.1.2 Положення з бухгалтерського обліку довгострокових інвестицій, Інструкція про застосування Плану рахунків).
Сума ПДВ, що підлягає сплаті підрядної організації при будівництві житлового будинку, відображається за дебетом рахунка 19 "ПДВ по придбаних цінностях" і кредиту рахунку 60.
Житловий будинок приймається до обліку за первісною вартістю, якою є сума фактичних витрат на його будівництво (в даному випадку - сума, що сплачується підрядної організації), за винятком податку на додану вартість (п.п.7, 8 ПБУ 6/01). Первісна вартість завершеного будівництвом будинку відображається за дебетом рахунка 01 "Основні засоби" в кореспонденції з кредитом рахунка 08, субрахунок 08-3.
Згідно п.17 ПБО 6/01 по об'єктах житлового фонду (житлові будинки, гуртожитки, квартири та ін.) Амортизація не нараховується. За зазначених об'єктів основних засобів організацій проводиться нарахування зносу в кінці звітного року за встановленими нормами амортизаційних відрахувань. Рух сум зносу по вказаних об'єктах відбивається на позабалансовому рахунку 010 "Знос основних засобів".
Порядок відображення в бухгалтерському обліку продажу окремих квартир в які перебувають на балансі організацій житлових будинках ПБО 6/01 не встановлено.
Згідно п.6 зазначеного Листа Мінфіну Росії облік вибуття окремих об'єктів житлового фонду (окремих їх частин) і об'єктів зовнішнього благоустрою (продаж, безоплатна передача тощо) проводиться у загальновстановленому порядку.
Відповідно до Плану рахунків надходження, пов'язані з продажем квартир, відображаються за кредитом рахунка 91 "Інші доходи і витрати", субрахунок 91-1 "Інші доходи", в кореспонденції в даному випадку з рахунком 73 "Розрахунки з персоналом за іншими операціями" - при продажу квартир працівникам організації, і з рахунком 62 "Розрахунки з покупцями і замовниками" - при продажу квартир стороннім покупцям. Балансова вартість проданих квартир (що розраховується виходячи з площі проданої квартири і собівартості 1 кв. М площі житла) списується з рахунку 01 "Основні засоби" в дебет рахунку 91 "Інші доходи і витрати", субрахунок 91-2 "Інші витрати".
Операції з реалізації квартир є об'єктом оподаткування з ПДВ (пп.1 п.1 ст.146 НК РФ). Податковою базою на підставі п.1 ст.154 НК РФ є вартість квартир відповідно до укладених з покупцями договорами купівлі-продажу квартир. Сума нарахованого ПДВ відображається за кредитом рахунка 68 "Розрахунки по податках і зборах" в кореспонденції з дебетом рахунка 91, субрахунок 91-2.
У ситуації, що розглядається частина квартир організація продає своїм працівникам, а частина - стороннім покупцям, при цьому ціна продажу квартир працівникам менше, ніж ціна їх продажу стороннім покупцям.
Перелік випадків, в яких податковим органам надано право при здійсненні контролю за повнотою обчислення податків перевіряти правильність застосування цін по операціях, наведено в п.2 ст.40 НК РФ. В даному випадку ціна продажу квартир працівникам не відхиляється більш ніж на 20% від ціни продажу квартир стороннім покупцям (6900 руб. - 6600 руб.) / 6900 руб. х 100% = 4,35%). Отже, право у податкових органів розраховувати суми податків виходячи з ринкових цін відповідно до п.3 ст.40 НК РФ відсутня.
Згідно пп.2 п.1 ст.212 НК РФ доходом платника податків, отриманих у вигляді матеріальної вигоди, є матеріальна вигода, отримана від придбання товарів (робіт, послуг) відповідно до цивільно-правовим договором у осіб, які є взаємозалежними по відношенню до платника податків . Підстави для визнання осіб взаємозалежними наведені в п.1 ст.20 НК РФ, відповідно до якого працівник і організація взаємозалежними особами не визнаються. При цьому слід мати на увазі, що відповідно до п.2 зазначеної статті суд може визнати особи взаємозалежними з інших підстав, якщо відносини між цими особами можуть вплинути на результати операцій з реалізації товарів (робіт, послуг).
Таким чином, в разі якщо за рішенням суду організація і працівники - покупці квартир будуть визнані взаємозалежними особами, у даних працівників виникне об'єкт оподаткування з податку на доходи фізичних осіб у вигляді матеріальної вигоди. Податкова база при цьому буде визначатися відповідно до п.3 ст.212 НК РФ як перевищення ціни реалізації квартир стороннім покупцям за цінами реалізації квартир працівникам організації.