Ілюстрація принципу гомології на прикладі передньої кінцівки ссавців. Кінцівки складаються з одного і того ж набору кісток, але при цьому виконують найрізноманітніші функції. Третя кістка п'ястка відзначена червоним кольором.
П'ятипала кінцівку, характерна для чотириногих хребетних - приклад гомології органів. Більш того, простежується гомологія пятипалой кінцівки і плавників деяких викопних видів кистеперих риб, від яких відбулися перші земноводні.
Кістки передніх кінцівок девонських кистеперих риб (ліворуч) і найдавніших чотириногих (праворуч). Умовну межу між рибами і чотириногими найчастіше проводять між тіктаалік і акантостега (див. Як риби навчилися ходити).
Кінцівки чотириногих розрізняються за формою і пристосовані до виконання найрізноманітніших функцій в самих різних умовах. На прикладі ссавців:
· У мавп передні кінцівки витягнуті, кисті пристосовані для хапання, що полегшує лазіння по деревах.
· У свині перший палець відсутній, а другий і п'ятий - зменшені. Решта два пальці довші і твердіше інших, кінцеві фаланги покриті копитами.
· У коня також замість кігтів копито, нога подовжена за рахунок кісток середнього пальця, що сприяє великій швидкості пересування.
· Кроти мають укорочені і потовщені пальці, що допомагає при копанні.
· Муравьед використовує збільшений середній палець для розкопування мурашників і гнізд термітів.
· У кита передні кінцівки представляють собою плавники.
· У кажана передні кінцівки розвинулися в крила за рахунок значного подовження чотирьох пальців, а гачкоподібний перший палець використовується, щоб висіти на деревах.
При цьому всі ці кінцівки містять один і той же набір кісток з одним і тим же відносним розташуванням. Єдність структури не може бути пояснено з точки зору корисності, так як кінцівки використовуються для абсолютно різних цілей. Жоден "розумний дизайнер" ніколи не став би проектувати крило кажана і лапу-лопату крота на основі одного і того ж набору кісток (плечова, ліктьова, променева, зап'ястя, пясть, 5 пальців). Жоден біолог і жоден інженер не зміг би довести, що саме такий набір кісток є ідеальною основою для цих "проектів". А значить, єдину структуру кінцівки чотириногі хребетні успадкували від загального предка. В ході еволюції гомологічні частини кінцівок "підганялися" природним відбором до виконання різних завдань, що і забезпечує здається "досконалість" цих кінцівок, їх відповідність виконуваних функцій. Але це - явно не робота розумного проектувальника, що шукає найкраще з можливих інженерних рішень. Це - результат сліпого природного процесу, який не здатний заглядати на крок вперед і може тільки потроху підправляти вже наявні деталі, "підганяючи" їх до нових завдань.