Перша згадка про Пардубіце відноситься до 1295 році, коли папа Боніфацій VIII заснував тут чернечий орден і костел святого Варфоломія. Згідно з легендою, вежа закладена в той час, носила ім'я Пордоби, тобто біля Пордобових. Саме вона дала назву населеному пункту - Пордобіце, яке трансформувалося в Пардубіце.
Одним з перших власників навколишніх земель був Арност з Пардубіце - перший архієпископ Праги і радник імператора Карла IV. Саме він перетворив невелике село на процвітаюче місто.
З 1491 року Пардубіце став належати Вільяму з Пернштейн, представнику найбагатшого дворянського роду Чеського Королівства. Він і його сини Войтех і Ян займалися забудовою міста, оформили його історичне ядро з баррочним (раніше готичним) замком, з ренесансної площею та вулицями. Новий вигляд був наскільки дивним, що в 30-х роках XVI століття в чеських землях ходила приказка «виблискувати, як Пардубіце». Саме Пернштейн побудували вежу висотою 59 метрів - Зелену Браму, яка в наші дні є символом Пардубіце. Зараз Зелена Брама відкрита для відвідувачів і дає можливість насолодитися чудовою панорамою міста і околиць.
Після періоду розквіту при Пернштейн, які в 1560 році продали Пардубіце архикнязем Максиміліану Габсбурзького, місто прийшов в занепад, чому також посприяла Тридцятирічна війна.
У XIX столітті в Пардубіце почала відроджуватися середньовічна традиція виготовлення солодощів, а саме пряників. Кондитери стали застосовувати різні прянощі і спеції - аніс, коріандр, чорний перець і інші, що надає пряникам неповторний смак. Кожен старовинний рецепт зберігається в найсуворішій таємниці. На початку XX століття слава про Пардубіцької пряниках зробила крок далеко за межі Чехії.
В даний час Пардубіце є одним з найбільш відвідуваних міст Чехії. Серед його пам'яток - замок епохи Відродження з експозицією Восточночешского музею, костел святого Варфоломія, вежа Зелена Брама, ренесансний будинок «У YOнаше» з барельєфами зображують китів, заглативающих пророка YOнаше, ну і звичайно ж дивовижна природа Чехії, яка притягує в Пардубіце і околиці сотні туристів з усього світу.