Післядипломне навчання лікарів та провізорів здійснюється в інтернатурі, магістратурі, клінічній ординатурі і на курсах вторинної спеціалізації лікарів.
Підготовка фахівців вищої кваліфікації - кандидатів і докторів наук - в Університеті проводиться через аспірантуру, докторантуру або через інституцію здобувачів.
Обов'язковим етапом в професійному післядипломній освіті лікаря і провізора є інтернатура як первинна спеціалізація, мета якої полягає в поліпшенні практичної підготовки випускників медичних університетів, підвищенні їх професійного рівня та підготовки до самостійної професійної діяльності по основними медичним і фармацевтичним спеціальностями, визначеними відповідними наказами України.
Термін навчання в інтернатурі становить 1-3 роки і визначається Міністерством охорони здоров'я України в залежності від спеціальності.
Навчання в інтернатурі проводиться шляхом поєднання очної форми навчання на кафедрах НМУ зі стажуванням в базових установах і закладах охорони здоров'я або на клінічних базах кафедр Університету.
Підготовка в інтернатурі здійснюється за спеціальностями: акушерство і гінекологія, анестезіологія та інтенсивна терапія, дерматовенерологія, загальна практика - сімейна медицина, інфекційні хвороби, спортивна медицина, медицина невідкладних станів, неврологія, нейрохірургія, клінічна онкологія, ортопедія і травматологія, отоларингологія, офтальмологія, патологічна анатомія, психіатрія, радіологія, судово-медична експертиза, внутрішні хвороби, урологія, пульмонологія і фтизіатрія, хірургія, дитяча хірургія, неонтол гія, педіатрія, гігієна загальна, епідеміологія, стоматологія, фармація загальна, медична психологія.
Після підготовки в інтернатурі фахівцю присвоюється кваліфікація «лікар» або «провізор» із зазначенням базової спеціальності, що надає йому право займати відповідну лікарську посаду згідно із затвердженим Міністерством охорони здоров'я України переліком.
Підготовка магістрів медицини (фармації) проводиться одночасно з підготовкою фахівців з певної лікарської (фармацевтичної) спеціальності в інтернатурі і спрямована на поглиблену спеціальну, науково-практичну, педагогічну і дослідницьку підготовку по цій же лікарської (фармацевтичної) спеціальності згідно з переліком лікарських (провізорських) спеціальностей, затвердженим наказом Міністерства охорони здоров'я України.
Після закінчення магістратури лікарі-магістри і провізори-магістри на вченій раді факультету захищають магістерську роботу, після чого отримують диплом про присвоєння лікаря (провізора) - інтерну освітньо-кваліфікаційного рівня «Магістр медицини (фармації)».
Лікарі (провізори) - інтерни, повністю виконали навчальні плани і програми інтернатури та магістратури, захистили магістерську роботу, мають право брати участь в конкурсі в аспірантуру на клінічні кафедри вищих навчальних закладів без відпрацювання ними за фахом двох років, необхідних для вступу в аспірантуру після закінчення інтернатури. Лікарі-магістри, які не надійшли до аспірантури, працевлаштовуються відповідно з направленням на роботу після закінчення університету.
Іноземні громадяни можуть за дозволом МОЗ України бути прийняті до клінічної ординатури безпосередньо після закінчення вищого навчального закладу і отримання кваліфікації спеціаліста "лікар".
Термін навчання в аспірантурі з відривом від виробництва не перевищує трьох, а без відриву - чотирьох років. До зазначеного терміну аспірант зобов'язаний подати до спеціалізованої вченої ради дисертаційну роботу для захисту.
Докторантура є формою підготовки науково-педагогічних і наукових кадрів вищої кваліфікації. У НМУ відкрита докторантура за 14 спеціальностями:
Заключним етапом підготовки науково-педагогічних і наукових кадрів вищої кваліфікації є їх атестація в спеціалізованих вчених радах на здобуття наукового ступеня кандидата або доктора медичних наук з тієї чи іншої спеціальності.