На сьогоднішній день в російському податковому законодавстві немає будь-яких особливостей оподаткування, властивих виключно франчайзингу. Це означає, що індивідуальний підприємець, який уклав договір комерційної концесії, як і у випадку з відкриттям власного бізнесу з нуля, може вибирати між загальною і спрощеною системами оподаткування.
При виборі звичайної (загальної) системи оподаткування підприємець буде сплачувати такі податки: податок на доходи фізичних осіб (ПДФО), податок на додану вартість (ПДВ), страхові внески (колишній ЄСП). Доходи, які отримує франчайзі-індивідуальний підприємець, обкладаються податком на доходи фізичних осіб за ставкою 13% (гл. 23 «Податок на доходи фізичних осіб» Податкового кодексу РФ). Як і в інших випадках ведення бізнесу, цим видом податку оподатковуються всі доходи, одержувані франчайзі від ведення своєї підприємницької діяльності, зменшені на суми фактично вироблених та документально підтверджених витрат, які мають безпосереднє відношення до отримання цих доходів (так звані професійні податкові відрахування). До витрат відносяться і сплачені страхові внески. Які саме витрати, прийняті до відрахування, вказувати в декларації, визначає сам платник податків в тому ж порядку, в якому визначаються витрати для цілей оподаткування відповідно до глави «Податок на прибуток організацій».
Повторимо, що враховувати такі витрати можливо лише в тому випадку, якщо, підприємець може підтвердити всі свої витрати на папері. Якщо ж у нього немає необхідних документів, які доводять суму витрат, то професійний податкове вирахування складе 20% від загальної суми доходів, отриманих Правонабувачем в ході своєї підприємницької діяльності.
Якщо ж підприємець віддає перевагу спрощеній системі оподаткування (ССО), то в цьому випадку процентна ставка по податках складе від 6 до 15% в залежності від виду спрощенки. Додаткова перевага - відсутність перерахувань до позабюджетних фондів, якщо у ІП немає найманих працівників. Податком обкладаються доходи, отримані індивідуальним підприємцем за податковий період в грошовій або натуральній формі за вирахуванням витрат, що йдуть на отримання прибутку. Витрати, які вживаються до такого відрахування, визначаються положеннями глави 25 Податкового кодексу РФ. Витратами платників податків, які обрали спрощену систему оподаткування, визнаються витрати після їх фактичної оплати, згідно п. 2 ст. 346.17 Податкового кодексу РФ. А відповідно до п. 1 ст. 252 Податкового кодексу РФ, отримані доходи можна зменшити на витрати в тому випадку, якщо останні економічно виправдані, підтверджені документами, відповідними вимогам закону, зроблені для здійснення підприємницької діяльності для отримання доходу. Якщо ж витрати не відповідають хоча б якомусь з цих вимог, то зменшити оподатковуваний дохід не вийде.
У випадку з індивідуальними підприємцями, які працюють за договором комерційної концесії, до таких витрат, що включаються до складу витрат, входять витрати на виплату паушального внеску і роялті, витрати у вигляді покупної вартості товарів, придбаних у франчайзера або інших постачальників, витрати на оплату навчання для ведення бізнесу по франчайзингу.