Представники прізвища Ісаченко можуть пишатися своїми предками, відомості про яких містяться в різних документах, що підтверджують слід, залишений ними в історії України і Росії.
Прізвище Ісаченко сталася від імені Ісачко - повсякденній зменшувально форми хрестильне ім'я Ісаак.
Релігійна традиція, яка утвердилась на Русі в X столітті з прийняттям християнства, зобов'язувала називати дитину на честь того чи іншого святого, легендарного або історичного обличчя, шанованого православною церквою в строго певний день року. Християнська релігія прийшла на Русь з Візантії, Візантія запозичила її у Римській імперії, в Рим же вона проникла з Близького Сходу. Тому більшість використовувалися нашими предками особистих християнських імен історично сходять до стародавніх мов - грецької, латини, староєврейської, з яких вони були запозичені. Ці незвичні за звучанням і незрозумілі за змістом церковні імена «обкатувалися» живої російської промовою, поки не починали звучати цілком по-слов'янськи.
Так, хрестильне ім'я Ісаак сходить до давньоєврейського слова yichak, що означає «вона засміялася». Це оригінальне ім'я, за переказами, отримав син Авраама і Сари, засміявся над пророкуванням, що у неї, жінки похилого віку, незабаром народиться син.
На Русі це ім'я здавна користувалося великою любов'ю. Спочатку воно набуло поширення в духовному середовищі. Однак досить скоро це ім'я стало популярним і серед представників інших станів, причому в побуті частіше використовувалася його укорочена форма - Ісак. Цим ім'ям були хрещені, наприклад, новгородський посадник Ісаак Андрійович Борецький (1428), московський піддячий Ісак Дубінін (1621), курмишскій селянин Ісачко Тетеря (1627), холоп боярина Хмарка Морозова Ісачко бризкати (тисячі чотиреста вісімдесят один), а також багато інших росіяни.
За часів Київської Русі патронімічних суфікс енко у південних слов'ян означав «маленький» або «син такого-то». У XIII-XV століттях чимала частина фамільних прізвиськ, записаних на Україні, в південних землях Білої Русі і на південному заході Московської Русі, була утворена за участю цього суфікса. З цим і пов'язана поширеність прізвищ з суфіксом-енко на Україні, а також півдні Білорусії і Росії. Пізніше древній суфікс енко перестав розумітися буквально і зберігся лише в якості фамільного, а в XVII столітті прізвища на -енко стали переважати на території всієї Східної України. Так на основі повсякденній форми хрестильне ім'я Ісаак, популярної в південно-західних землях Росії - Ісачко, з'явилося прізвище Ісаченко.
Після возз'єднання України з Росією в 1654 році багато українців виїхали на проживання в Російські землі, в результаті чого українське прізвище Ісаченко можна зустріти в самих різних історичних областях. Сьогодні це сімейне іменування носять багато відомих і шановні в суспільстві люди.
Аналіз походження прізвища Ісаченко підготовлений
фахівцями Центру досліджень «Аналіз Прізвища»