Для нагляду за діяльністю всіх верств населення і, в першу чергу, за тодзама-дайме була створена потужна система розшуку і таємної поліції. Особливе місце в ній займали особливі чиновники, які називались "мецуке" - "чіпляють до очей". Діяльність мецуке була спрямована на виявлення порушень інтересів сьогуна. Будучи незалежними від посадових осіб і поєднуючи функції поліцейського і прокурорського нагляду, мецуке здійснювали таємну і явну стеження за служивим самурайством центрального і місцевого апарату і всіма дайме.
Мецуке сильно різнилися за своїми функціями і положенню. Так називалися і високопоставлені чиновники, які контролювали діяльність губернаторів міст або провінцій, і рядові, нікому невідомі шпигуни, зовсім не відрізнити від сірої маси городян або селян. У мирний час в низовій ланці мецуке розрізнялися Хасир-мецуке - "бігають мецуке", Сенін-мецуке - "карликові мецуке", сенте-гумі-но досін - "стражники загону попередження", про-нівабан - "садівники", тайоку-Кейко - "охорона внутрішніх покоїв" і деякі інші. Власне таємні агенти, які приховували приналежність до апарату мецуке, називалися "омміцу" - "темна таємниця".
Начальником над новоствореним відомством, або про-мецуке, був призначений знаменитий майстер кен-дзюцу школи Ягю Сінкаге-рю і особистий вчитель фехтування сьогуна Ягю Дзюбей Міцуёсі, в сім'ї якого передавалася і особлива традиція нин-дзюцу, що сягала Каторі Синто-рю. Вважають, Ягю Дзюбей був чудово знайомий з роботою мецуке на всіх рівнях, аж до низового таємного агента. У його біографії є один цікавий епізод, який відзначають всі історики нин-дзюцу. Одного разу Дзюбей несподівано зник зі столиці і не з'являвся цілих 12 років. Що він робив у цей період свого життя, одному Богу відомо, але припускають, що весь цей час він пропрацював рядовим ніндзя сьогуна. Причому для прикриття напередодні його зникнення Токугава навіть вчинив скандал, звинувативши Дзюбея в пияцтві і офіційно звільнивши його з посади о-мецуке. Цікаво, що після повернення через 12 років, Ягю Дзюбей був негайно відновлений на колишній посаді.
Першими мецуке на службі сьогунату були ніндзя з загонів Кога-гумі і Іга-гумі. Саме з них набиралися омміцу, а також охорона сьогуна. Хоча нова робота сильно відрізнялася від колишнього ремесла лазутчика, багато шпигунські навички стали в нагоді новоявленим поліцейським. Характерно, що перекваліфікувалися шпигуни продовжували зберігати багато традицій ніндзя. Наприклад, мецуке, слідуючи своєму неписаним кодексом, приховували своє ім'я, не розповідали про завдання, місці призначення, наймача і т.д.
Сьогунат мав колосальним апаратом мецуке, який дозволяв йому контролювати абсолютно всі верстви населення. Будь-яка людина міг бути шпигуном бакуфу. Існує легенда, що навіть найбільший японський поет, автор хайку Басьо Мацуо був шпигуном сьогунату. Хоча більшість істориків зі скепсисом ставляться до цієї версії, можна привести і деякі факти в її підтвердження. Відомо, наприклад, що Басьо був уродженцем м Уено провінції Іга і вільно переміщався по всіх провінціях, для чого було потрібно спеціальний дозвіл мецуке.
У перші роки після закінчення воєн великою проблемою для уряду була наявність величезної кількості безхазяйних самураїв-ронінів, сюзерени яких були страчені або втратили своїх володінь. Однак апарат мецуке і цю складну ситуацію зумів використати собі на користь. У цей час з'явилася особлива буддійська секта Фуке-сю, пов'язана з Дзен-буддизмом. Комусо, послідовники Фуке-сю, були членами закритою громади і виділялися своїм незвичайним виглядом: нестандартним чернечим шатами, плетених з тростини і повністю закриває голову і обличчя капелюхом-тенгай і довгою бамбуковою флейтою сякухаті. Членами секти могли бути тільки самураї, простолюдинів в секту не допускали. Особливим укладенням секта Фуке-сю була оголошена подподающей під юрисдикцію тільки самого сьогунського уряду. Її членам надавалася необмежена свобода пересування, вони звільнялися від повинності платити мито на митних заставах і мали можливість проникати в будь-які місця розваг. Така організація дозволяла бакуфу легше контролювати великі групи ронінів. Крім того комусо використовувалися як шпигуни і інформатори.
Ніндзя в охороні сьогуна
Воїнам з Іга-гумі крім роботи таємних агентів було довірено і охорона самого сьогуна. Існувало кілька груп ніндзя з Ярма-гумі: акіясікі-бан - "сторожа нежитлових садиб", про-хіроясікі-бан - "сторожа головних садиб", сёфусін-гата - "службовці дрібного ремонту садиби", ямадзато-Кейб - "охорона гірських сіл " і т.д.
Акіясікі-бан Іга-моно здійснювали нагляд за приїздом дайме і хатамото в столицю з метою заручництва і їх від'їздом в свої володіння. Зазвичай вони діяли трійками. Командир трійки отримував за свою службу платню трьох самураїв.
Сёфусін-гата Іга-моно підкорялися столичному префекта і наглядали за ремонтом палацових споруд, щоб вороги не могли роздобути точні плани потайних кімнат і виходів. Їх начальник отримував платню чотирьох воїнів.
Ямадзато Іга-моно охороняли заміські резиденції сьогуна і отримували оплату в розмірі 30 мішків рису кожен.
Сёдзюнін-каку правом аудієнції не мали і отримували менше, їх було 8 чоловік.
При виконанні обов'язків омміцу, о-нівабан з бамбуковою мітелкою в лівій руці падали ниць біля дороги, по якій несли паланкін з сьогуном, тим самим висловлюючи свою повагу і одночасно наглядаючи за навколишнім натовпом і заставляяее теж виявляти ознаки поваги.
При віддачі о-нівабан наказу відправитися на завдання в якості омміцу, їм або вручали на дорожні витрати столове срібло, або видавали через казначейство необхідну суму грошей. Крім того вони отримували доручення до губернатора місця призначення про сплату всіх витрат. Якщо омміцу не вистачало грошей, він мав право з'явитися до місцевого губернатора і на підставі доручення вимагати від нього сплати всіх своїх витрат. Виконавши завдання, омміцу звітував про результати своєї подорожі особисто сьогуну або його секретарю. Існує легенда, що ці доповіді проходили під час прогулянок сьогуна по внутрішньому двору замку, і що іноді сьоґун особисто відводив потрібного йому про-нівабан в зарості бамбука, щоб дати таємне доручення. Іноді омміцу діяли і за дорученням Національної ради.
Для припинення розголошення державних таємниць омміцу були розділені на кілька груп, які проживали в різних місцях: в зміцненні клану Набесіма, де знаходилася одна з садиб сьогуна, в садибі за воротами Тигра неподалік від Едо, всередині замку біля мосту "Строкатого фазана" і т. д. Їм заборонялося мати будь-які контакти з сторонніми людьми. Всього було 17 сімей о-нівабан, які служили бакуфу до самого падіння сьогунату в 1867 р
Варта внутрішніх покоїв охороняла всі входи і виходи з замку і припиняла всі можливі контакти його жителів з зовнішніми ворогами сьогуна, перешкоджаючи виникненню змови в самому замку.
Зберігся цікавий анекдот про службу Іга-моно і Кога-моно в резиденції сьогуна в Едо. У замку Район Тійода, де жив сьоґун, існував звичай в період святкування нового року влаштовувати снігові баталії між червоними і білими загонами служниць. Зазвичай на цих потішних боях був присутній сам Сьогун, його наближені і рада старійшин. Під час баталій Кога-моно шикувалися рядами віддалік, щоб охороняти свого пана. А стражники Іга стояли спиною до поля бою і, взявшись за руки, утворювали живу стіну і позначали задню кордон бойових порядків обох "армій" служниць. При цьому злонравних служниці, прийшовши в збудження від битви, нерідко приймалися гатити сніжками по головах і спинах Іга-моно. Розповідають, що сьоґун весело сміявся, спостерігаючи за кумедними здриганням тел ніндзя, коли скрижанілі сніжки потрапляли їм в спину або голову.
Остання операція ніндзя
В 1637 р в Сімабарі на о. Кюсю поблизу від Нагасакі спалахнуло селянське повстання. Викликана вона утисками місцевого дайме. Внаслідок широкого поширення християнства на Кюсю повстання проходило під християнськими гаслами. Селяни, серед яких було чимало ронінів, були озброєні вогнепальною зброєю, отриманим від місіонерів. 40000ная армія повстанців сховалася в стародавньому замку Хара, який розташовувався на південному краю півострова Симабара, і успішно оборонялася протягом 10 місяців проти 130000ной армії сьогунату. Відсутність єдності в стані дайме, низька боєздатність самураїв того часу довгий час не дозволяли бакуфу здолати ворога і привели до ряду невдач. Так під час одного із штурмів загинув головнокомандувач князь Ітакура. У тому ж бою важкі поранення отримали спеціально прислані зі столиці мецуке Іситані Дзюдзо Садакіё, Мацудайра Дзіндзабуро Юкітака і інші. Який брав участь в розробці проваленої операції мецуке Іситані Дзюдзо пізніше навіть опинився під слідством за звинуваченням у порушенні службових обов'язків.
Оскільки повстання викликало велике занепокоєння у Токуґави Іеміцу, він призначив головнокомандувачем свого вірного васала Мацудайра Ідзу-но Камі Нобуцуна. Під час поїздки в Симабара Мацудайра проїжджав через станцію Мідзугуті провінції Омі, де зібралося близько сотні ніндзя з Кога. З їх числа він відібрав 10 кращих професіоналом "плаща і кинджала": Мотідзукі Хёдаю (63 роки), Мотідзукі YOемон (33 роки), Акутагава Сейемон (60 років), Акутагава Сітіробей (25 років), Яманака Дзюдаю (24 роки), Бан Гобей (53 роки), Нацумі Какусуке (41 роки), УДАІ Кан'емон (54 роки), Іване Камбей (45 років), Іване Кандзаемон (56 років). Всі вони були представниками відомих родів з 53 кланів Кога.
На той час облога замку тривала вже 9 місяців, і продовольчі запаси обложених підходили до кінця, але захисники фортеці відчайдушно захищалися, сприймаючи це як мучеництво за віру.
Загін ніндзя розташувався в таборі Накафуси Міно-но Камі. Їм було надано дозвіл вільно переміщатися по всіх позиціях осаджуючої армії. В обов'язки ніндзя з Кога входило спостереження за ворогом з-за загороджувального вала бамбука і з наглядової вежі, а також щоночі розвідка обстановки в таборі ворога. Результати її щоранку повідомлялися безпосередньо Мацудайра Нобуцуна. Дії загону ніндзя з Кога були докладно описані в записках УДАІ Кацуяма, прямого нащадка учасника тієї операції УДАІ Кан'емона.
Вночі 5 ніндзя: Мотідзукі YOемон, Акутагава Сітіробей, Нацумі Какусуке, Яманака Дзюдаю і Бан Гобей - приступили до виконання операції. Переодягнувшись стрілками-асигару (Тепп-гумі), вони пробралися на нейтральну територію з табору Хосокава Еттю-но Камі і справили залп із мушкетів в повітря, ніж сполошили весь ворожий табір. Воєначальник повстанців Амакуса Сіро подумав, що почався ворожий штурм і наказав звісити зі стін замку ліхтарі сару-бі, які світять і вгору і вниз, і кидати факела зі стіни. Він посилив оборону так, що і мураха не міг проскочити в фортецю. В цей час п'ятеро ніндзя сховалися в чагарнику і стали чекати зручного моменту, щоб проникнути в замок. Дочекавшись поки у ворожому таборі все заспокоїлося, за допомогою спеціальних мотузкових драбин вони перелізли через стіну. Акутагава Сітіробей і Мотідзукі YOемон, які першими пробралися в замок, мали необережність звалитися в вовчу яму. Вороги, які почули шум падіння, підняли крик: "Шпигуни! Шпигуни! Вороги! Вороги!" Тоді YOемон став втягувати Сітіробея назад наверх, але як раз в цей час набігла купа ворогів. Оскільки було дуже темно, а обидва ніндзя були переодягнені у ворожу форму, вони затесалися в натовп і почали бігати разом з нею. Тому ворог ніяк не міг їх знайти. Однак, коли заколотники запалили факела, обман розкрився, і ніндзя довелося тікати. Кога-моно вирвалися з ворожого натовпу, схопили один з штандартів з хрестом, які у великій кількості майоріли на стінах замку, і кинулися через стіну. Тут ворог обрушив на них град каміння, так що ніндзя впали вниз напівживими. Ті, хто бачив це Нацумі Какусуке, Яманака Дзюдаю і Бан Гобей, колишні в резерві, негайно кинулися на допомогу, підхопили їх на плечі і винесли з поля бою.
На ранок троє ніндзя з'явилися в ставку головнокомандуючого і доповіли про результати розвідки. Мацудайра Нобуцуна був дуже задоволений і ніяк не міг натішитися на своїх шпигунів. Акутагава Сітіробей і Мотідзукі YOемон, які отримали важкі рани були передані в руки кращих лікарів.