Під час війни Куйбишев фактично став другою столицею СРСР, тут зібрався весь цвіт медицини. Там виступали з доповідями, консультували пацієнтів у лікарнях і госпіталях академік С. І. Спасокукоцький, заслужені діячі науки В. Н. Виноградов, М. П. Кірєєв, М. П. Кончаловський, Р. М. Фронштейн, професора М. М. Гінзберг, М. Б. Коган, Б. В. Огнев, Б. С. Преображенський. Під керівництвом С. І. Спасокукоцького був організований міський інститут переливання крові.
Частина співробітників Центральної поліклініки залишилися в Москві. З 1942 по 1944 р професора і лікарі більше 80 разів виїжджали на фронт. На базі Кремлівської лікарні і Центральної поліклініки в 1941 р створюється Лікарняно-поліклінічне відділення Ліксанупру в Москві.
На початку 1942 р колектив Центральної поліклініки Лікувально-санітарного управління Кремля взяв шефство над військовим госпіталем № 4634. Професори й лікарі проводили там консультації, нянечки та медсестри приходили в госпіталь на денні та нічні чергування. Тільки в Протягом 1943 року було проведено 1 685 консультацій, організовано 626 чергувань.
Поступово евакуйований персонал Поліклініки разом з обладнанням повертався в Москву, де починалося відновлення діяльності медичних закладів. Сильно постраждали будівлі на вулиці Грановського і на Воздвиженці. Їх відремонтували в рекордно короткі терміни - до середини 1942 р
До кінця 1943 р Центральна поліклініка повністю відновлює свою діяльність. Чи не припинялася в роки війни і наукова робота, що проводиться радянськими медиками, в тому числі професорами і консультантами системи Ліксанупру Кремля. Багато результатів наукових досліджень тут же впроваджувалися в практику. Так, професор І. А. Кассирский, розробив внутрігрудінний спосіб переливання крові, придумав метод транспортування консервованої крові на наддалекі відстані - до 8 тисяч кілометрів (до цього кров пересилалася всього лише на 60 кілометрів), що мало величезне значення для своєчасного лікування поранених. Головний хірург Червоної армії академік Н. Н. Бурденко і його учні запропонували методику лікування травм нервової системи. Наукові роботи Н. Н. Бурденко лягли в основу вчення про лікування ран, профілактики і лікування шоку, викликаних ранами інфекцій. На фронті і в тилу широке поширення отримав метод місцевого знеболювання, розроблений А. В. Вишневським - він застосовувався в 85-90% випадків. В організації військово-польової терапії та надання невідкладної допомоги великий внесок внесли вчені-терапевти М. С. Вовсі, А. Л. Мясников, П. І. Єгоров та інші.
У ці важкі роки багато хто з кремлівських лікарів, здебільшого люди похилого віку, встали на захист Батьківщини. Вони очолювали військові госпіталі, були головними фахівцями армій і фронтів. Деякі пішли на фронт добровольцями, воювали зі зброєю в руках, багато хто з них загинули, захищаючи незалежність Вітчизни. Всього ж за роки війни втрати медичної служби СРСР склали 210 тисяч чоловік, з них загинули або пропали безвісти понад 85 тисяч медиків (5000 лікарів, 9000 середніх медичних працівників 23 000 санітарних інструкторів, 48 000 санітарів і санітарів-носіїв).
Серед нагороджених бойовими нагородами, були і ті, хто після війни надовго пов'язав свою долю з Поліклінікою.
Сьогодні в Поліклініці пам'ятають про усіх ветеранів, розповіді про їхні подвиги під час Великої Вітчизняної війни переходять з вуст в уста, їх ставлення до роботи в мирний час було прикладом для колег. Лікар-офтальмолог Надія Лаврентіївна Кіряева, яка пропрацювала в Поліклініці з 1977 року більше 25 років, за спогадами колег, дуже чуйний, енергійний і діяльний чоловік, вже в похилому віці вона завжди ходила пішки не менше 2 км в день. За словами лікаря-офтальмолога С.А.Покровской, Надія Лаврентіївна - «висококваліфікований фахівець, блискучий діагност, який за допомогою найпростіших інструментів ставив точні діагнози і призначав ефективне лікування». Їй вторить лікар-офтальмолог Т. І. Пугачова: «Вона ні хвилини не сиділа без діла, і зараз продовжує працювати в поліклініці МФТІ р Долгопрудний».
Учасник трудового фронту, нагороджена орденом «Знак пошани», знаками «За доблесну працю у Кремлівської медицині» та «Відмінник охорони здоров'я», медаллю «За доблесну працю під час Великої Вітчизняної війни» і багатьма іншими, Н. Л. Кіряева поділилася з нами своїми спогадами: «Війну я зустріла школяркою, наша сім'я жила тоді в Смоленську, так що всі жахи війни ми випробували в повній мірі. Місто переходило з рук в руки, його безперестанку бомбили і наші, і німецькі літаки. Кожен день гинули знайомі, друзі, рідні, руйнувалися будинки. Нікому не побажаєш випробувати такого пекла. В силу віку я в бойових діях участі не брала, але всю війну пропрацювала в евакуаційному шпиталі. Допомагала лікарям, перев'язувала і годувала поранених, виносила качки, робила все, що доведеться. Кожен день після школи я йшла на свою роботу, так що саме воєнні роки визначили моє майбутнє. У мене збереглися прекрасні спогади про Поліклініці і моїх колег. До нас з великою повагою ставилися наші пацієнти. Пам'ятаю, як маршал С.Л.Соколов завжди вставав і віддавав нам честь. Ми зі свого боку дотримувалися честь нашого «мундира». Я особливо хочу відзначити відповідальність, яку ми всі усвідомлювали, і дисципліну, яка панувала в Поліклініці ».
Умови роботи тоді були екстремальні, а вимоги до лікарів - настільки ж високі, як і до війни. І люди робили неймовірне. М. А. Клюєв розповідав про один такий випадок: «У 1942 р навесні, вже в Москві, мене викликає керуючий аптекою Яків Маркович Гольденберг і каже:
- Потрібен валідол.
А де я візьму валідол в 1942-му. Київ, де перебував завод - виробник валідолу - узятий, все окуповано. Але робити нічого, треба якось виходити з положення, вивчати склад і робити валідол.
кажу:
- Потрібне добре лабораторне обладнання; в звичайному посуді валідол не зробиш.
Гольденберг мені все дістав:
- Бери і роби.
- А де? Тут, на Грановського? Все може вибухнути. Я-то ладно, так тебе посадять. Я краще поїду на хутірських. Там якраз новий аптечний склад будувався, там і електрику було. На цьому складі, на лабораторному столі, змонтував апарат. Три дні не виходив з неопалюваного приміщення і два літри валідолу «відігнав». Склад мого валідолу проаналізували в лабораторії і дали добро на застосування ».
Маршал І. Х. Баграмян, як і багато вітчизняних воєначальники, віддавав належне роботі медиків у роки війни, визнаючи їх великий внесок у спільну справу перемоги над фашизмом: «Для нас, ветеранів Великої Вітчизняної війни, образ військового медика залишиться уособленням високого гуманізму, мужності і самовідданості ».
