Сучасні археологічні дослідження дозволили встановити, як саме було зроблено фундамент храму. Спочатку був закладений стрічковий фундамент з каменів на вапняному розчині, глибиною 1,6 м. Доходив до шару материкової глини. На ньому звели основу стін з добре обтесані і щільно приганяє каменю висотою 3.7 м. Ці камені з двох сторін засипали глинистим грунтом, який щільно утрамбували. А вже зверху на фундаменті, що минає на глибину більше 5 м. Звели видиму, наземну частину церкви. Цей унікальний фундамент, зроблений в ХII ст. до цих пір дозволяє успішно протистояти підйому води при розливі Нерлі.
Після Російської Революції, в 1919 р деякі древні білокам'яні храми, в тому числі і Покровська церква, були прийняті під охорону Володимирській губернської колегією у справах музеїв як пам'ятники архітектури. А в 1923 р Боголюбов монастир, разом з приписаної до нього церквою Покрова на Нерлі, були закриті для віруючих.
Письмові джерела не донесли до нас імена будівельників церкви Покрова на Нерлі, але є всі підстави припускати, що вона створена російськими зодчими. Взявши за основу візантійський тип храму, російські майстри зуміли втілити в ньому абсолютно новий художній образ. В даному образі все було направлено на досягнення ефекту максимальної стрункості і спрямованості вгору. Від більш ранніх володимирських церков, які будувалися під керівництвом іноземних майстрів, храм Покрова відрізняється досконалістю пропорцій, простотою і ясністю композиції. У ньому немає царственности кафедрального Успенського собору, мужньої величавості Дмитрівського собору. Покровський храм, світлий і легкий, немов ширяє над річкою, невагоме прямуючи вгору. Вчинені пропорції дозволили зодчим створити витончену і гармонійну церква, яку часто називають найкрасивішим російським храмом.
Незважаючи на зовнішню простоту храму, його можна віднести до так званих «парадним церквам», так як для побудови використовувався білий вапняк найвищої якості. Такий же камінь застосовувався і при будівництві кафедрального Успенського собору (прибудовані до собору пізніше «Всеволодова галереї» були зроблені з вапняку набагато нижчої якості).
Цікаві факти і події, пов'язані з храмом
Дивовижні терміни будівництва церкви Покрова на Нерлі. Подібні храми будувалися на Русі зазвичай за 3 - 4 роки, але «ону церква єдиним влітку зроби і обитель чернецтву при ній Содель», т. Е храм був зведений за один літній будівельний сезон. При зведенні стін церкви використовувалася будівельна техніка «opus inсertum», відома ще з античних часів. Вона характерна тим, що внутрішня і зовнішня стіни будуються паралельно один одному, їх лицьова сторона обробляється, а міжстінний простір заповнюється бутовим каменем на вапняному розчині.
Вельми незвично і посвячення храму Покрову Пресвятої Богородиці. Цього свята, заснованого на Русі в 60-ті роки XII століття, не було ні у Візантії, ні на католицькому Заході. Поява свята Покрова пов'язано безпосередньо з ім'ям князя Андрія Боголюбського. У сучасних дослідників є всі підстави припускати, що першою Покровською церквою на Русі став саме храм на Нерлі, побудований у 1165 р
Ми вже відзначали, що місце, де був побудована Покровська церква, мала стратегічне значення, як «річкові ворота» Володимиро-Суздальського князівства. Але не менше значення мало й те обставина, що храм, зведений неподалік від княжої резиденції - Боголюбово, було добре видно звідти. Князь Андрій, часто буваючи в своєму замку, міг милуватися цією прекрасною церквою. Саме в Боголюбове князь прийняв смерть від рук змовників, і білокам'яний храм Покрова на Нерлі став своєрідним пам'ятником видатного державного діяча Русі.