Прізвище Тимофєєв належить до типу російських спадкових іменувань, утворених від хрестильних імен батька або діда. Тимофій - популярне в минулому канонічне ім'я, в перекладі з давньогрецької означає «почитає Бога». В ті часи, коли ще не існувало прізвищ, до особистого імені для уточнення додавалося по батькові в присвійний формі. Діти Тимофія звалися «Тимофєєв син» і «Тимофєєва дочка», звідки прізвище Тимофєєви бере свій початок. У так званих переписних книгах збереглися ранні згадки про Тимофєєва - селянин Непитай Тимофєєв (1586 г.), дяк Ведунов Іван Тимофєєв (1509 г.), Павшин Василь Тимофєєв (1604 г.), селянин Гнат Тимофєєв (1594 г.), посадский людина з Москви Спиридон Тимофєєв (1638 г.).
Іноді з'являються висловлювання, що означає прізвище Тимофєєв приналежність предків до простолюду. Однак відомо, що на Русі саме люди з вищих верств користувалися повною формою хрестильних імен та в якості офіційних, і, як із побутовим. Селяни-кріпаки найчастіше використовували мирські імена і прізвиська. Тому в багатьох випадках не виключається аристократичне походження прізвища Тимофєєв. Це подверждает існування стародавніх дворянських родів Тимофєєва. Наприклад, орловський рід походить від Митки Васильєва сина Тимофєєва, опричника Івана Грозного. Його син уже записаний в переяславських переписах «сином боярським». Від Філіпа Ананійовича Тимофєєва, який народився в 1653 році в сім'ї дворянина, бере початок курська гілка бояр Тимофєєва.