Як підкреслюється в літературі, повинна бути зжита практика відмови у видачі направлення на МСЕ тільки на тій підставі, що лікарі того чи іншого закладу охорони здоров'я не бачать підстав для встановлення особі інвалідності, так само як і вирішеним ними питання про те, яка група інвалідності повинна бути встановлена МСЕК. Це неприпустимо з точки зору лікарської етики і є порушенням законних інтересів громадянина.
У разі відмови у видачі направлення на МСЕ відповідний орган чи установа видає громадянину довідку, на підставі якої громадянин (його законний представник) має право звернутися в бюро МСЕ самостійно. У цьому випадку фахівці бюро проводять огляд громадянина і за його результатами складають програму додаткового обстеження громадянина і проведення реабілітаційних заходів, після виконання якої розглядають питання про наявність у нього обмежень життєдіяльності.
Традиційно до складу експертів входять терапевт, невропатолог і хірург, що відповідає прийнятій в медицині класифікації хвороб: нервові хвороби і неврологічні стану входять в компетенцію невропатолога, порушення опорно-рухового апарату і кістково-м'язової системи - в компетенції хірурга, внутрішні хвороби - в компетенції терапевта .
Лікарі-експерти вивчають представлені медичні документи, збирають анамнез хворого (власна характеристика його стану), проводять особистий огляд, вносять відповідні записи в медичні документи. Процедура огляду відбувається в кабінеті, в якому розміщуються всі фахівці, хоча іноді такий порядок може викликати певні труднощі (наприклад, в роботі психолога необхідна атмосфера довіри між ним і оглянутих громадянином, якої набагато простіше досягти при відсутності сторонніх осіб). При необхідності лікар може запросити додаткові відомості.
У літературі звертається увага, що діяльність лікарів-експертів МСЕК істотно відрізняється від роботи лікарів. Дії лікарів МСЕК "спрямовані не стільки на виявлення наявності хвороби, дефекту, скільки на визначення залишкових можливостей особи, яка оглядається, стійкості його патологічних відхилень, що обмежують життєдіяльність".
У проведенні МСЕ громадянина на запрошення керівника бюро МСЕ можуть брати участь з правом дорадчого голосу представники державних позабюджетних фондів, Федеральної служби з праці та зайнятості, а також фахівці відповідного профілю (консультанти).
У випадках, що вимагають спеціальних видів обстеження громадянина з метою встановлення структури і ступеня обмеження життєдіяльності (в тому числі ступеня обмеження здатності до трудової діяльності), реабілітаційного потенціалу, а також отримання інших додаткових відомостей, може складатися програма додаткового обстеження, яка затверджується керівником відповідного бюро МСЕ . Зазначена програма доводиться до відома громадянина, що проходить МСЕ, в доступній для нього формі.
Після отримання даних, передбачених програмою додаткового обстеження, фахівці бюро МСЕ приймають рішення про визнання громадянина інвалідом або про відмову у визнанні його інвалідом.
Виписка з акта МСЕ громадянина, визнаного інвалідом, направляється відповідним бюро МСЕ в орган, який здійснює його пенсійне забезпечення, в 3-денний термін з дня прийняття рішення про визнання громадянина інвалідом.
Відомості про всі випадки визнання інвалідами військовозобов'язаних або громадян призовного віку представляються бюро МСЕ в відповідні військові комісаріати.
Громадянину, визнаному інвалідом, видається довідка, що підтверджує факт встановлення інвалідності, із зазначенням групи інвалідності та ступеня обмеження здатності до трудової діяльності або із зазначенням групи інвалідності без обмеження здатності до трудової діяльності, причини інвалідності, терміну, на який вона встановлена, а також індивідуальна програма реабілітації.
Громадянину, який має документ про тимчасову непрацездатність та визнаному інвалідом, група інвалідності і дата її встановлення проставляються в зазначеному документі.
Повторний огляд громадянина, інвалідність яким встановлено без зазначення строку переогляду, може проводитися за її особистою заявою (заявою його законного представника), або у напрямку організації, яка надає лікувально-профілактичну допомогу, в зв'язку зі зміною стану здоров'я, або при здійсненні головним бюро, Федеральним бюро контролю за рішеннями, прийнятими відповідно бюро, головним бюро.
Повторний огляд інваліда може провадитись завчасно, але не більше ніж за 2 місяці до закінчення встановленого терміну інвалідності.
Громадянин (його законний представник) може оскаржити рішення бюро в Головне бюро в місячний термін на підставі письмової заяви, що подається в бюро, яке проводило МСЕ, або безпосередньо до Головного бюро.
Бюро, яке проводило МСЕ громадянина, в 3-денний термін з дня отримання заяви направляє його з усіма наявними документами в Головне бюро.
Рішення бюро, Головного бюро, Федерального бюро можуть бути оскаржені до суду громадянином (його законним представником) в порядку, встановленому законодавством Російської Федерації. При цьому досить часто суди призначають судово-медичну експертизу з метою визначення стану здоров'я позивача, проведену експертами в області МСЕ з іншого регіону (наприклад, в Головному бюро МСЕ сусідній області). Така практика пояснюється тим, що для встановлення стану інвалідності необхідні не просто медичні, а вузькоспеціальні знання саме в області експертизи інвалідності.