Почати гру нам доведеться під керуванням Жінки-Кішки, а не Бетмена, як могло б здатися. Розбираємося з людьми дволикого, після чого зламуємо сейф, де весь наш успіх перериває заявив Харві.
Пінгвін жадає помсти з Уейном, тобто з Бетменом, тому викрадає його прямо на заході щодо закриття Аркхем-Сіті. Прийшовши до тями в темному приміщенні, перед нашим носом починає миготіти місцевий доктор Хьюго Стрейндж, який, мабуть, бажає отримати владу над усім містом. Недовго думаючи, розгойдуємося на стільці і звільняємося від пов'язок. Заявив солдата оглушати контрударом, після чого інший солдат викине нас на майданчик до інших ув'язнених. Встаємо в чергу «А» і проходимо в ліфт. Піднявшись нагору, виносимо ув'язнених, після чого допомагаємо Джеку Райдер встати на ноги. В цей час заявиться сам Пінгвін. Після бесіди з ним, наносимо йому контрудар в момент, коли той почне замахуватися. Розбираємося з його людьми і піднімаємося на дах по драбинці, піднятися на яку можна по контейнеру зі сміттям. Тепер потрібно змінити засмальцьований костюм на фірмову екіпіровку Бетмена. Стрибаємо на сусідню будівлю з неонової вивіскою і, пробираючись по уступах, потрапляємо на дах. Екіпірувавшись, зламуємо закодований радіосигнал, позначений помаранчевим колом. Потрібно врятувати Жінку-Кішку від дволикого. Летимо до будівлі суду, розбираємося з охороною і проникаємо всередину. Безшумно знешкоджує супротивника зі зброєю, після чого зістрибує вниз і приступаємо до мордобою з вельми сильно убившей публікою.
Потрібно знайти Джокера, щоб допитати його про те, що він знає про Протоколі-10. Шукати його лігво доведеться по радіосигналу. Якщо сигнал чіткий і позначається більш розлого, то ми йдемо в правильному напрямку. Так само в цьому допоможе вказану відстань до цілі. Добираємося до вежі, звідки зв'язуємося з Альфредом. Щоб потрапити на завод, доведеться стрибнути в димохід, який знаходиться тут же по сусідству.
Зстрибуємо з мотузки вперед на майданчик. Ковзаємо під бетоном, переповзають труби. Щоб не згоріти на вугіллі, беремо беткоготь і, з його допомогою, відкриває люк попереду. Зстрибуємо вниз, по уступу переповзає над розплавленим залізом. Залазимо на перила, звідки перестрибуємо на інші такі ж. Будучи в глухому куті, наносимо на підлогу вибуховий гель і спускаємося вниз. Дістаємо бетарангов і запускаємо його в червону кнопку над трубою, звідки виходять гарячі пари повітря. Залазимо в вузький прохід і бачимо, що не відбулася страта доктора. Коли всі ув'язнені втечуть, під гратами проповзає під залишилися клоунами і, не вступаючи з ними в контакт, пролазять далі. Щоб прибрати пар, який заважає нам пройти далі, в режимі детектива йдемо вздовж труби і за допомогою швидкого бетарангов відключаємо відразу три перемикача одночасно. Тепер можна зі спокійною душею пройти повз злощасної труби, щоб обрушитися на голови слуг Джокера. Розібравшись з ними, відкриваємо карту місцевості і прямуємо до конвеєру. Використавши режим Детектива, шукаємо інший шлях. Для цього слідуємо по конвеєру, де відкриваємо двері за допомогою кнопки знаходиться тут же. Безшумно усуваємо клоунів і стрибаємо в наступне приміщення через вікно. Усуваємо інших озброєних бандитів, після чого звільняємо доктора Стейсі. Забираємо нову зброю і продовжуємо тримати шлях до Джокеру.
Повертаємося назад в навантажувальний цех, але, запаяна людьми Куїнн двері, не випустить нас звідси. Зліва від неї є інші двері, відкрити яку можна за допомогою дистанційного електрозарядов. За нею відкриваємо точно таким же способом наступні двері і виходимо до конвеєра. Через вентиляцію виходимо до чотирьох клоунів і розкидаємо їх. Прямуємо на майданчик, де зустрічаємо Куїнн. Коли та втече до вельми побитому титаном Джокеру - дістаємо електрозарядов і використовуємо його на генератор, який знаходиться навпроти вивіски. Розгойдуючи тим самим кран, зносимо вивіску і збираємося наверх. Звідти нас скине своєї чавунної ногою однорукий накачаний клоун. Паралізуємо його електрозарядов, щоб той, розмахуючи своєю кувалдою, завдав клоунів неслабкий шкоди, тим самим не змушуючи нас сильно напружуватися. Коли все клоуни будуть на підлозі, добиваємо здорованя і збираємося наверх, де Джокер влаштував пастку для Бетмена.
Тепер нам доведеться знову грати за Селіну. Вирушаємо на її квартиру, щоб забрати деякі речі. Добираємося до даху, відкриваємо грати, розкидаємо непрошених гостей і забираємо предмети. Тепер, коли ми у всеозброєнні, прямуємо до Плющу. Знищуємо її бой-френдів, поступово піднімаючись по рівням все вище, щоб не задихнутися в її отруйному хмарі.
Тим часом Джокер отруїв Бетмена і вимагає ліки, щоб врятувати і себе. Так само ліки потрібно і самому Бетмену, тому доведеться розшукати Фріза. Він знаходиться в будівлі поліції, найхолоднішою точки Готема, що на березі затоки. Біля входу вирубувати двох клоунів і, за допомогою електрозарядов, наполовину відкриваємо двері. Ковзанням пролітаємо всередину, забираємо у трупа чіп і розшифровуємо радіосигнал Пінгвіна. Заходимо всередину і таємно оглушати чотирьох людей Пінгвіна. Залишився п'ятого бійця допитуємо, після чого намагаємося вибратися з пастки. Для цього проповзала до панелі і зламуємо її за допомогою шифрувального секвенатор. Вийде слово «Анатомія». Виходимо назад в Готем через вихід і прямуємо до музею. Біля входу розбираємося з охороною і зламуємо панель, пароль від якої «Скам'янілість». Проникнувши всередину і навчившись ухилятися від ножів, стрибаємо в праве вікно і намагаємося зламати консоль від датчиків руху, що закривають грати попереду. Безуспішно, нам заважають військові глушилки, доведеться їх знищити. Перша знаходиться на даху музею, друга трохи північніше на даху. Остання третя розташовується в метро. Прямуємо на місце і розбираємося з охороною зовні. Проникаємо всередину і одночасно оглушати двох бійців. Спускаємося вниз і виходимо в старі тунелі метро. Ковзаємо по вагону, висаджуємо стіну з дощок, розкидаємо трьох бандитів. Далі тут же відкриваємо двері за допомогою електрозарядов і прослизає всередину. Знищуємо озброєних бійців і обробляють з останньої глушилки. За тим же шляхом повертаємося назад в музей.
Зламуємо за новою консоль і отримуємо пароль «Динозавр». Проходимо далі і вивільняє ув'язненого. Виявляється це один з копів, які сюди прибули за завданням. Однак вони все в полоні, доведеться їх визволити разом з Фризом. Спускаємося нижче і проходимо в двері. Щоб підняти грати, використовуємо керований бетарангов на кнопку. Проходимо вперед і виходимо на арену, де Пінгвін спустить на нас просто величезний натовп в'язнів. Щоб врятуватися від цієї жадібної до плоті Бетмена натовпу, стріляємо електрозарядов з питань збройних людям, щоб ті в паралічі били своїх же соратників. Коли проти нас вилізе накачаний титаном бандит, ухиляємося від його тарана, приголомшуючий і застрибує йому на горб. Знищуємо інших ув'язнених і самого громила. Щоб пройти далі, використовуємо керований бетарангов на кнопку зліва, що за дротом під напругою. Зламуємо панель, пароль «Ярський». Залазимо в ліфт, піднімаємося, наносимо вибуховий гель на стелю, спускаємося, підриваємо і знову піднімаємося. Висаджуємо бетонну і крижану стіни. Вийшовши до великого залу, бачимо, як Пінгвін заморозив поліцейського. Рятуємо його, обережно пробираючись по льоду. Добираємося до підвішеного плоту і, за допомогою беткогтя, спускаємо його на воду, після чого рятуємо двох інших заморожених копів. Тепер залишилося врятувати ще п'ятьох поліцейських, місце розташування яких позначено на карті. Для початку ми підем до збройову, де рятуємо трьох поліцейських. Тут же знаходиться і костюм Фріза, але самого його не бачити. Прямуємо назад на лід, і йдемо вже в інше приміщення, що навпроти попереднього. Щоб пройти до трьох дражливі бандитам, зламуємо консоль з паролем «Рептилія». Встановивши їм ліхтарі під очима, проходимо вперед і знаходимо Фріза. Праворуч від нього є неукріплена стіна, мажемо на неї гелем, як раптом до нас завалюється громила. Розібравшись з ним, проходимо вперед і вивільняє Фріза, зламавши пароль «мікрохвиль». Тепер потрібно повернутися до костюму назад і забрати модуль. Отримавши деструктор крижаної гармати, прямуємо до Пінгвіну. Підбігаємо до нього в упор і використовуємо деструктор, після чого прописуємо знатний лящ лиходієві. Але, на нашу голову звалюється Соломон. Щоб його перемогти, за допомогою гелю висаджуємо три джерела енергії три рази поспіль, поки не переможемо цю ходячу машину для вбивства. Далі, ухиляючись від ракет, підбираємося до Пінгвіну і вирубувати його.
У режимі детектива скануємо кров ніндзя і, слідуючи по слідах, виходимо на вулицю. Кров нас виведе на дах будівлі, де ми виявляємо бинти. Скануємо їх і натикаємося на того ассасина. Переслідуємо її, і, коли наздоженемо, наносимо контратаку і причіплюємо на її спину жучок. В цей час до нас заявиться Робін, який дасть в подарунок тросомет. Уподобавши цей корисний гаджет, прямуємо за сигналом жучка. Він приведе нас до острова Джокера. Розбивши чотирьох клоунів біля входу в каналізацію, парируючи вниз і прямуємо по тунелях. Добравшись до обриву в воду, дістаємо тросомет і стріляємо з нього в інший кінець проходу. Але, нам потрібно повернути ліворуч, тому, коли будемо на розвилці, перестрілювалися його в іншу сторону і тим самим добираємося до потрібного нам місця. Доходимо до настінного здорового люка, внизу якого проламуємо підлогу. Розібравшись з людьми Джокера, зламуємо консоль - «Транспорт». Через відкриті ворота виходимо в старе знайоме метро. Повертаємо направо, заходимо в двері і йдемо наліво, де перелітаємо воду за допомогою тросомета.
Піднявшись нагору через люк, Бетмену стане зовсім погано, аж до галюцинацій. На щастя нас зустрічає Талія, яка готова прийняти нас до своїх лав. Для цього потрібно пройти випробування. Йдемо за колишньою подругою і п'ємо з чаші. Попереду видніється велика крижана брила - летимо до неї, використовуючи пікірування, щоб набрати висоту. Точно так же добираємося до наступної брили, на якій розбиваємо двох пісочних ніндзя. Пікіруємо в портал, який перенесе нас в інше місце. Знову добираємося до крижаної брили, і так до самого порталу. Тепер потрібно знайти самого Ра'cа. Піднімаємося наверх до Талії. Проходимо з нею всередину і зустрічаємо її батька. Прийшов час битися з 600 річним дідом. Для початку розбираємося з його пісочної армією. Далі, ухиляючись від метальних зірочок і лез, стріляємо в Ра'са електрозарядов. Після наносимо контрудар і повторюємо операцію з електрозарядов. Робимо це до тих пір, поки старий не візьме в заручники свою дочку, Талію. Вибираємо зворотний бетарангов і рятуємо бідолаху.
Вибираємося назад на вулиці по зворотному шляху через метро. Обходимо ворота по вентиляції і насамперед вирубувати броньованого клоуна. Розправляється з іншими і зламуємо консоль - «Відділення». Вибравшись під небо, вирушаємо до викраденому меру. Розкидавши його викрадачів, допомагаємо меру піднятися і викрадають його самі. Допитавши негідника, прямуємо до Фриз, щоб передати йому кров Ра'са. Зілля лікування готове, але перш ніж його сьорбнути, Фриз вимагає повернути йому його дружину. Але, мікстуру випити потрібно зараз же, тому вступаємо в битву з ученим. Щоб його перемогти, рукопашного бою недостатньо, потрібно застосовувати безліч наступних атак: підривання стін, використання електромагніта, використання електрики на розлиту калюжу з водою, застосування деструктора, використання тросомета, підкрадання ззаду, захоплення з уступу, заманювання під майданчик і атака зверху, планування ззаду , атака знизу, стрибок через вікно і стрибок зверху. Коли Фриз буде переможений, відкриваємо сейф і виявляємо відсутність ліків. Потрібно відібрати його у Джокера, Віктор в цьому нам допоможе.
Вибираємося на вулицю через інший вихід. Щоб гаряча пара не був для нас проблемою, затикаємо труби крижаним ударом. Вийшовши на вулицю, бачимо падіння вертольота з журналісткою на борту по імені Вікі Вейл. Прямуємо до місця падіння, позбавляємося від снайперів і рятуємо Вікі. Тепер пора попрямує до Джокеру. Через старий вхід, трубу, не потрапити, з неї буквально вивалюється полум'я. Прямуємо до іншого входу, де обов'язково позбавляємося від охорони. Проникнувши всередину, позбавляємося від трьох клоунів і зістрибує до води. За допомогою крижаного удару створюємо пліт і пливемо за течією, вирулюючи за допомогою беткогтя. Через вентиляцію проповзала трохи вперед і плануємо на клоуна через вікно. Проходимо далі і, знешкоджуючи двох Допитувач, що не рятуємо людину дволикого, тому що той замість «спасибі» огріє ззаду кулаком. Проламуємо стіну, створюємо пліт і припливом під стіною. Далі відпливаємо направо і перелітаємо на іншу сторону за допомогою тросомета, тому що пліт застрягне. Крижаним ударом затикаємо труби. Добравшись до сталевих дверей, помічаємо, що рубильник від неї знаходиться зліва від нас за гратами. Дістаємо керований бетарангов запускаємо його в електрику, після чого відкривається його в щиток. Створюємо крижаний пліт, пливемо за течією. Праворуч від нас під стелею є уступ, збираємося туди. Зламавши консоль з паролем «Романсіоніс», розвертається і проходимо по мосту. Підійшовши до дверей, отримуємо сталевою трубою по носі. Це доктор, все в порядку. Відкриваємо двері і потрапляємо в знайоме приміщення. Розбираємося з його мешканцями і проходимо в наступну з безліччю хв. Обходячи їх, знищуємо снайпера і виявляємо нагорі пов'язану Куїнн. Проходимо далі, скидаємо з уступу двох снайперів, так само знешкоджує трьох клоунів і йдемо до Джокеру наверх. Зараз має бути далеко не легка битва: безліч клоунів, однорукий, накачаний титаном клоун і сам Джокер. Для початку позбавляємося від клоунів, стріляючи в однорукого електрозарядов, щоб той розкидав їх своєю кувалдою. Далі позбавляємося від однорукого, методом оглушення. Точно так само чинимо і з накачаним клоуном. Тепер же залишилося добити Джокера.
Поки Бетмен приходить до тями, у нас з'являється новий епізод з життя жінки-кішки. Потрібно дістатися до складу-конфіскату. Добігаємо до каналізаційного люка і спускаємося вниз. Для злому системи безпеки нам будуть потрібні три ключа у бійців Тайгер. Шуміти заборонено, тому діяти доведеться максимально приховано. Для цього стрибаємо на стелю і крадемо три ключа у будь-яких трьох бійців. Повертаємося назад до комп'ютера і зламуємо сховище. Але бійці Тайгера не позбавлені мізків, як люди Пінгвіна. Потай знімаємо кожного солдата і заходимо в сховище. Розбираємося з підкріпленням і забираємо дипломати. Коли вийдемо зі сховища, у нас з'являться два шляхи: врятувати Бетмена або піти з видобутком. Щоб потім нас не мучила наша ж совість, йдемо наліво і, кинувши валізи, поспішаємо до Бетмену.
Тим часом Протокол-10 скоро вступить в силу, потрібно негайно його зупинити. Спершу потрібно просканувати вертольоти на програму загального управління. Скануємо всі вертольоти, поки не знайдемо основну програму. Чіпляємося на вертоліт і викачуємо дані. Тепер пора йти до чудо-вежі. Прибувши на місце, скидаємо двох снайперів і зламуємо панель - «Надихаючи». Проходимо вперед, відкриваючи двері електрозарядов, поки не зайдемо в ув'язнених і бійців Тайгера. Послухавши нотації Стрейндж, розкидаємо всіх бійців і спускаємося в каналізаційний люк. За допомогою тросомета добираємося до кімнати з годинником, де підриваємо підлогу. Зустрічаємо доктора. Розібравшись з охороною біля основи башти, зламуємо ліфт зовні і всередині - «Нав'язливий», «Медикамент». Піднявшись на самий верх, вилазимо з ліфта через люк нагорі. Через скло наносимо вирішальний удар і добиваємо інших ворогів. Розкриваємо ворота - «Бронювання». Просуваємося вперед по антені, з її кінця гаком піднімаємося на наступну точку, що вище. Так продовжуємо підніматися по балках все вище і вище. Зламуємо консоль - «Підтримка». Піднімаємося в відкрився люк, де залазимо в вентиляцію. Вибираємося до шістьом озброєним бійцям, знешкоджуючи яких, зламуємо панель до Стрейндж - «Захист Готема». Відключаємо Протокол-10 і приступаємо до пошуку Джокера.
Він знаходиться в театрі, по периметру якого розташовані снайпери. По-тихому розправляється з ними і проникаємо всередину. Виявляється, Джокер був не справжнім, його роль заміняв Глиноликий. Сам же Джокер зовсім не здоровий і все так же хворий. Але з Глиноликий доведеться все ж розібратися. Ухиляючись від його ударів, закидаємо його крижаним ударом, поки той повністю не окам'яніє. Підбігаємо в упор, дістаємо меч і месім глину. Так само можна заманювати його в кути з динамітом, щоб нанести максимум шкоди. Робити це потрібно, коли той перетвориться в кулю. Змінивши декорацію, боремося з глиняним військом, перемикаючись на Глиноликий. Відбираємо у нього ліки і зціляємося від отрути.
Але історія ще не завершена. Переключившись на Селіну, прямуємо до її дому за речами. Всередині нас чекає сюрприз у вигляді закладеної бомби. Виявляється, речі вкрав Дволикий, прямуємо до нього в музей, де розправившись з величезним натовпом його людей, забираємо те, навіщо ми прийшли.