Для отримання гістологічних зрізів застосовують спеціальні прилади, які називаються мікротомів. Отриманий раніше парафіновий блок наклеюють на спеціальну дерев'яну колодку, зрізають зайвий парафін і встановлюють в мікротом. Мікротоми дозволяють отримати зрізи різної товщини; хорошою для светомікроскопіческого зрізу є товщина 3-4 мкм.
Отримані зрізи за допомогою суміші білка з гліцерином прикріплюють до предметних стеклах. Вся подальша робота пов'язана з підготовкою зрізів до фарбування. Метою фарбування є більш виразне виявлення компонентів клітин і тканин.
Предметні скла повинні мають товщину 1,0 - 1,2 мм. Товщина скла близько 1 мм приблизно відповідає довжин ?? е світлової хвилі, що забезпечує низькі інтерференцію і дифракцію хвиль, слабке відхилення світлового пучка. Це сприяє отриманню на подібних стеклах препаратів високої оптичної якості. Разом з тим, сталість товщини скла по вс ?? їй довжин ?? е препарату знижує до мінімуму вкрай важливо сть підстроювання фокусної відстані мікроскопа, що особливо важливо при мікроскопії на імерсійному об'єктиві. Разом з тим, предметні скла не повинні бути пофарбовані. Має забарвлення скло спотворює відтінки забарвлення клітин і клітинних елементів в препараті, що особливо не бажано, коли тонкі відтінки кольорів є найістотнішим чинником ідентифікації та діагностики.
Предметні скла відрізняються за станом бічного ребра - різані або з зашліфований краєм. Скло з зашліфований краєм використовують при мікроскопірованіі об'єктів, при якому відблиски на зрізаному бічному ребрі можуть перешкодити ідентифікації об'єкта. Також скла відрізняються наявністю або відсутністю матового віконця на поверхні скла, що використовується для маркування препарату. Розмір віконця - 26 х 20 мм.
Парафінові зрізи перед фарбуванням звільняють від парафіну за допомогою будь-якого його розчинника, як правило, це толуол. Депарафінірованіе здійснюють за наступною схемою: толуол (1 зміна), толуол (2 зміна), 100 ° спирт (1 зміна), 100 ° спирт (2 зміна), 96 ° спирт, 70 ° спирт, дистильована вода.
Депарафінізірованние зрізи готові до фарбування. При фарбуванні водними барвниками зрізи переносять в барвник з водного середовища, а при фарбуванні спиртовими - з відповідного розчину спирту. Більш докладно про барвники див. Далі.