Надходять в духовні школи і з інших країн СНД. Кількість вступників з тих регіонів, в яких переважають нехристиянські релігії (наприклад, із Середньої Азії) незначно. Що ж стосується областей, то провідне становище тут займає Московська область, перш за все завдяки самій Москві. Причому столицю і область відрізняє не тільки кількість вступників, а й їх високий загальноосвітній рівень.
Вихованці семінарії вивчають богословські дисципліни, церковно-практичні, історичні, стародавні і нові іноземні мови. Протягом кожного півріччя слухачі пишуть два твори, в кінці кожного півріччя складають іспити.
Після закінчення семінарії більшість слухачів, прийнявши священний сан, направляються на парафіяльне пастирське служіння. Третина випускників Московської Духовної семінарії продовжив освіту в Московській Духовній академії.
Московська Духовна Православна Академія веде свій початок від братів Лихудов. У 1685 році два грецьких ченця Іоанникій і Софроній відкрили в Богоявленському монастирі Москви школу, переїхала пізніше в сусідній Заіконоспасскій монастир. На грецькою і латинською мовами викладалися граматика, поетика, риторика, логіка і фізика. У 1694 році розпочату справу братів Лихудов продовжили їхні учні Федір Полікарпов і Микола Семенов. Школа поступово зросла в Слов'яно-греко-латинську академію. Учні набиралися з духовного стану, з дворян і різночинців. Найбільш здібні з них проходили весь курс навчання за 12 - 15 років. Бували випадки, коли слухачі вчилися по 20 років і в одному класі залишалися по 10 років.
Академія успадкувала кращі церковно-богословські та культурно-історичні традиції Православ'я. Вже перші її випускники внесли значний вклад в вітчизняне духовне просвітництво. Тут отримали освіту митрополит Платон Левшин, князі Одоєвського, Голіцини, А.Д. Кантемир і М.В. Ломоносов. Петербурзький університет при Академії наук запрошував випускників Духовної академії на службу. Після утворення Російської академії наук і Московського університету Слов'яно-греко-латинська академія була перетворена в Духовну академію.
У 1814 році Духовна академія була переведена з Москви в Троїце-Сергієву Лавру. Під академію віддали будівлю Царських палаців, з часом в цій частині монастиря склався Академічний містечко, що включає корпусу навчальних класів, бібліотек і гуртожитки для нужденних. Перебування Академії в стінах монастиря, заснованого Преподобним Сергія Радонезького, з давніх-давен особливо шанованим в Росії, сприяло подальшому розвитку академічної науки.
З другої половини XIX століття до початку ХХ століття в Академії працюють широко відомі богослови і вчені: В. О. Ключевський, Е.Е. Голубинський, М.Д. Муретов, священик Павло Флоренський та інші. У зв'язку з революційними подіями діяльність Академії в 1919 році була припинена.
Історія відродження Московської Духовної Академії в новітній період пов'язана з іменами Святіших Патріархів Сергія і Алексія. У 1943 році за рішенням Священного Синоду був затверджений проект організації вищої і середньої богословських шкіл, а в наступному році на території Новодівичого монастиря в Москві відкрилися Православний богословський інститут і Богословські пастирські курси, незабаром перейменовані відповідно до Московської духовної академії і Московську духовну семінарію, які в 1948 році розмістилися в Троїце-Сергієвій Лаврі.
Щоденні ранкові та вечірні богослужіння з обов'язковою участю слухачів академії і вихованців семінарії набувають важливого значення в справі освіти. Причому мають священний сан здійснюють службу, всі інші беруть участь в якості співочих, читців, помічників у вівтарі. Це - їх практична школа.
У Духовної академії розширюються богословські знання, отримані в семінарії. Вивчаються: патрологія, церковне право, історія Стародавньої церкви, церковна археологія - історія християнського мистецтва, візантологія, історія слов'янських і західних церков, логіка і стилістика. Під час канікул слухачі проходять послух на парафіях, в монастирях. В кінці навчального року кожен курс академії здійснює паломництво в одну з єпархій.
Після закінчення академії найздібніші захищають дисертації на ступінь кандидата богослов'я. Кращих слухачів залишають професорськими стипендіатами. Через рік-два вони стають викладачами семінарій і академій.
При Московської Духовної Академії є аспірантура. Студенти, які закінчили її трудяться на екуменічному терені.
Для вдосконалення освіти молодих богословів посилають на два-три роки в іноземні навчальні заклади, причому не тільки в православні. Деякі випускники Московської Духовної Академії проходять стажування на богословському факультеті Афінського університету, в папському Григоріанському університеті, в папському Східному інституті в Римі, в католицькому інституті в Парижі, на католицькому богословському факультеті Університету Регенсбурга в ФРН.
З давніх-давен навчання церковного співу визнавалося важливою складовою частиною духовного виховання. Володіння навичками співу було невід'ємним компонентом давньоруської освіченості, тому в 1969 році в духовних школах відкрилися регентські класи. З 1979 року, згідно з рішенням Синоду, в регентських класах можуть здобувати освіту і жінки. Регентська школа при Московській Духовній Академії являє собою якусь автономну структуру. Вливаючись в загальний єдиний організм Московських духовних шкіл, вона має в своєму розпорядженні власним штатом викладачів і вихователів, власними навчальними приміщеннями, бібліотекою, гуртожитком і їдальнею. У регентського школу можна поступити у віці з 18 до 35 років. Для вступу до школи потрібно рекомендація від парафіяльного священика.
Вступники не тільки повинні бути знайомі з церковним співом, а й жити церковним життям, бо церковний спів - це не стільки спеціалізація, скільки життєва орієнтація. Правильне спів є наслідком правильного життя і для того, щоб навчитися правильно співати, необхідно благочестиво проводити своє життя. Тому бувають випадки, коли люди, які мають навіть вищу музичну освіту, але не керуються у своєму житті християнськими моральними нормами, не приймаються до лав учнів.
Музично обдаровані учні семінарії і академії отримали можливість додатково до основної програми духовних шкіл навчатися диригування церковним хором.
Академія і Семінарія очолюється ректором, який призначається Священним Синодом Руської Православної Церкви. Цю посаду в останні десятиліття займають особи в єпископському сані. Заступником ректора є перший проректор, який здійснює поряд з ректором загальне керівництво духовними школами та виконуючий обов'язки ректора в разі його відсутності. Навчальна частина знаходиться в введенні проректора з навчальної роботи, а виховним процесом керує проректор з виховної роботи, який має своїх помічників. Ректор є головою Ради духовних шкіл. Останній обговорює і приймає постанови практично з усіх питань, що стосуються життя і діяльності Академії та Семінарії. У підготовці до засідань Ради та у сприянні виконанню його постанов безпосередню участь бере секретар Ради. Раді підзвітні комісії (біблійна, богословська, церковно-історична, церковно-практична, філологічна), які розглядають питання навчального і розумного характеру, виховне нараду, що займається проблемами поведінки і духовного розвитку учнів, і комісія з питань культурного виховання в духовних школах. Господарську діяльність в Академії і Семінарії очолює економ Троїце-Сергієвої Лаври. Крім того, ректор має помічника по зовні представницької діяльності, пов'язаної з відвідуванням Троїце-Сергієвої Лаври і Московських духовних шкіл великою кількістю вітчизняних і зарубіжних делегацій.