Красень Дон дивує людей різноманітністю - тут і рівнинні ділянки, і перекати, і численні єрики (рукава), і притоки. Але Дон вже давно потребує захисту, оскільки перш за все діяльність людини приносить річці великої шкоди.
Найголовніше негативний вплив робить судоходство.Суда піднімають сильну хвилю (волнобой), які руйнують дно і береги річки. Основну шкоду полягає в замулювання нерестовищ, розмивання гирла проток, рукавів, невеликих річечок; риба не може спокійно пройти на нерест до своїх улюблених місцях. Більш того, судноплавство призводить до загибелі ікри і мальків таких порід риб, як оселедець і чехоня.
Суду є джерелами забруднень - з них в воду скидаються фекальні, баластових води, потрапляють у воду нафтопродукти. Все це знижує здатність річки до самоочищення.
З метою охорони екології Дона в верхній течії річки все-таки заборонили судноплавство для потужних суден, які погано впливали на стан дна і берегів. Люди розводять рибу і випускають в Дон мальків, відновлюючи цінні породи.
Проводять заходи з укріплення берегової лінії. Чистять русло річки, видаляючи зайвий мул і зарості очерету. Створені заповідники на деякий ділянках по берегах річки, де розводять тварин і птахів, які очищають водойму.
Розроблено правила для судів, які забороняють скидання неочищених стічних вод, витік нафтопродуктів. Але цього все одно недостатньо.