У 1839 р на чолі з Синодальним обер-прокурором було засновано господарське управління, у віданні якого перебувало все майно і грошові кошти Синоду. У 1867 р при Святому Синоді був відкритий Навчальний Комітет. Його Голова і 9 членів призначалися Синодом: голова - неодмінно з духовних осіб, а члени - з духовних і світських. Причому світські члени затверджувалися Синодом за поданням обер-прокурора. Крім постійних членів до участі в діяльності Комітету Головою запрошувалися й інші особи (з відома Синоду або обер-прокурора) з проживають в Петербурзі вчених і педагогів. Навчальний Комітет здійснював загальне адміністративне управління та науково-методичне керівництво семінарії і духовними училищами.
У безпосередньому віданні Синоду знаходилися також дві синодальні контори: Московська і Грузино-Імеретинський. Перша з них, під головуванням Московського митрополита, а в його відсутності - першого вікарія єпархії, складалася з архієреїв, які перебувають на спокої в московських монастирях, архімандрита одного з московських ставропігійних монастирів і протопресвітера Успенського собору. Ці кандидатури затверджувалися за поданням Святійшого Синоду Найвищими наказами. Синодальна контора в Москві завідувала Успенським собором, Московськими ставропігійного монастиря, Синодальним будинком, Церквою 12 Апостолів, синодальної ризницею та бібліотекою. Крім того, вона відала приготуванням святого мира.
Грузино-Імеретинський синодальна контора під головуванням екзарха Грузії складалася з 4 членів: 3 архімандритів і 1 протоієрея. Вона мала набагато ширші повноваження, ніж Московська, будучи свого роду Синодальним відділенням з управління грузинськими єпархіями. Синодальна контора на чолі з екзархом обирала кандидатів на вакантні грузинські кафедри і представляла їх для затвердження Синоду. Єпископи Грузії, керуючи своїми єпархіями, в своїй діяльності знаходилися в залежності від екзарха і синодальної контори.