Виросли ізольовані колонії відсівати бактеріологічною петлею на поверхню скошеної агаризованому середовища в пробірці. Оскільки ізольовані колонії іноді можуть формуватися не тільки з окремих клітин, обов'язковим етапом виділення чистої культури повинна бути перевірка їх однорідності. Це здійснюється декількома способами: візуальним, мікроскопічним, висівом на відповідні живильні середовища.
При візуальному контролі досліджують ріст культури по штриху на поверхні скошеної середовища; в тому випадку, якщо зростання неоднорідний, вважають, що культура забруднена і потрібно її додаткове розчищення. При описі колоній бактерій визначають їх діаметр в міліметрах, пігментацію, форму, висоту, профіль, вид краю, поверхню колоній, відзначають ступінь прозорості колоній і їх консистенцію. На характеристики колоній можуть впливати среда, вік культури, умови культивування.
Чистоту культур мікроорганізмів обов'язково потрібно контролювати шляхом мікроскопії клітин. Для цього готують препарат фіксованих забарвлених клітин, який проводять мікроскопію з иммерсионной системою. Клітини чистих культур мікроорганізмів, як правило, однорідні за розміром і забарвленням по Граму. Однак слід пам'ятати, що колонії, що виростають із чистої культури можуть бути гладкі (S) і шорсткі (R). Крім того, в чистих культурах багатьох бактерій можуть з'являтися кокковидной клітини, цисти, спори. Нарешті, багато мікроорганізми проявляють грамваріабельние.
Чистоту культури клітин перевіряють також і шляхом повторного розсівання на селективні середовища. забезпечують виборчий зростання тих чи інших мікроорганізмів. Критерієм чистоти в цьому випадку є однорідність формуються при цьому колоній.