До основних методів вакцинації ставляться: внутрішньошкірний, підшкірний, внутрішньом'язовий, безголкового, аерозольний і пероральний.
Як відомо, інфекція може проникати в організм кількома способами: через шкіру, слизову дихальних шляхів і шлунково-кишкового тракту, а також через кров. Імунітет до будь-якого збудника інфекційного захворювання можна отримати при будь-якому способі вакцинації. Так що при виборі способу введення вакцини слід враховувати лише безпеку, простоту, а також намагатися уникати травмування пацієнта (фізичної і психологічної).
Пероральний і аерозольний способи відрізняються від інших тим, що при використанні не порушується цілісність шкіри. Більшість вакцин вводиться підшкірно, адсорбовані препарати - внутрішньом'язово. Процес імунізації починається в місці ін'єкції. Обсяг вакцини, що вводиться підшкірно, може бути менше обсягу вакцини, що вводиться внутрішньом'язово. Майже всі сорбованих препарати вводяться внутрішньом'язово у верхній зовнішній квадрат сідниці і в передньо-зовнішню ділянку стегна. Хворим на гемофілію через можливість кровотечі внутрішньом'язово спосіб замінюють на підшкірний.
При підшкірній вакцинації вакцину вводять в подлопаточную область або в зовнішню поверхню плеча на рівні межі верхньої і середньої третини плеча. При підшкірному введенні в інші ділянки тіла зовнішня реакція може бути виражена сильніше. Метод підшкірної вакцинації застосовується для несорбірованних вакцин, які зберігаються в підшкірній клітковині близько 5-ти днів, в той час як сорбованих препарати зберігаються місяць і більше.
Приклад внутрішньошкірного методу - введення БЦЖ. Вакцина вводиться в область зовнішньої поверхні плеча. Накожний спосіб вакцинації використовується для імунізації живими вакцинами проти таких інфекцій, як чума, сибірка, лихоманка Ку, бруцельоз, туляремія. Медперсонал повинен пам'ятати про дотримання правил асептики і необхідності використання одноразових шприців.
Пероральний і аерозольний способи вакцинації за ефективністю не поступаються іншим методам. Історія розробки перорального методу вакцинації налічує не один десяток років. Однак в практиці цей метод застосовується досить вузько: жива поліомієлітної вакцина, вакцина для профілактики сказу у диких тварин; в стадії розробки знаходяться оральні вакцини проти кору, менінгококової інфекції, черевного тифу, грипу, набутого імунодефіциту. Причина цього - висока (в порівнянні з іншими) вартість вакцин, адже для оральної вакцинації необхідні дози вакцини, які набагато перевищують дози тієї ж вакцини при, скажімо, внутрішньом'язовомувведенні. Антиген в багатьох випадках повинен бути захищений від впливу шлункового соку, що також збільшує вартість оральної вакцини. Багато вакцини, введені перорально, впливають на хімічний склад і властивості травних соків. До безперечних достоїнств перорального способу введення вакцини слід віднести слабку алергенність пероральних вакцин, простоту введення, відсутність травматизації пацієнта, стійкість придбаного імунітету (контакт збудника зі слизовими важливий для початкової стадії розвитку інфекції і процесу природної імунізації). При пероральної вакцинації розвивається як загальний, так і місцевий імунітет.
Аерозольна вакцинація (введення вакцин у вигляді аерозолів) дозволяє досягти підвищеної стійкості легких через короткий проміжок часу, що дуже цінно в умовах екстреної імунізації. Крім того, напруженість імунітету збільшується за рахунок того, що вакцина, введена у вигляді аерозолю, потрапляє не тільки в легені, але і частково в шлунково-кишковий тракт. Н. В. Медуніцин вказує, що на людях були проведені випробування, які довели високу ефективність аерозольних вакцин проти грипу, дифтерії, кору, коклюшу, краснухи, туберкульозу, черевного тифу, паротиту В, дизентерії, ботулізму, правця, газової гангрени, чуми, сибірської виразки, туляремії та бруцельозу.