Залежно від технології утримання тварин одержують гній підстилковий (вологість 68-85%), напіврідкий (вологість 86-92%), рідкий (вологість до 97%) і гнойові стоки (вологість понад 97%).
При виникненні інфекційних хвороб гній знезаражують одним із таких способів: біологічним (тривале витримування). Для тривалого витримування черзі заповнені інфікованим гноєм секції гноєсховища вкривають грунтом, торфом або знезараженим гноєм шаром не менше 10 см і витримують при неспорообразующих інфекціях (крім туберкульозу) 12 міс. Гній, обсіменіння мікобактеріями туберкульозу, знезаражують протягом двох років.
Хімічним (аміаком або формальдегідом). Рідкий (до поділу на фракції), напіврідкий гній, гнойові стоки, контаміновані неспороутворюючими збудниками, дезінфікують рідким аміаком. Знешкодження досягається при витраті 30 кг аміаку на 1 м 3 маси гною і експозиції п'ять діб під поліетиленовою плівкою або шаром 1-2 мм масляного альдегіду.
Фізичним (термічна обробка або спалювання). Рідкий гній, гнойові стоки, рідку фракцію і осад з відстійників знезаражують термічним способом при температурі 130 0 С, тиску 0,2 МПа і експозиції 10 хв за допомогою мобільної установки для термічного знезараження гною.
Послід піддають термічній сушці в сушильних установках барабанного типу протягом 45-60 хв при температурі на виході з апарату 100-140 0 С.
Підстилку, виділення і гній від тварин, хворих і підозрілих на захворювання на сибірку, емфізематозний карбункул, сапом, інфекційної анемією, сказ, інфекційної ентеротоксемії, енцефалітом, епізоотичним лімфангітом, брадзоту, чумою великої рогатої худоби, на африканську чуму коней, паратуберкулезним ентеритом, а також гній, що знаходиться разом з підстилкою і виділеннями від зазначених тварин, спалюють.
Підстилковий гній, сміття, що не представляють удобрювальну цінність для сільськогосподарських угідь організацій, неблагополучних щодо туберкульозу, бруцельозу та інших інфекційних хвороб, також спалюють.