Незадоволеність станом сцени в кінці 19 ст. бажання сценічних реформ, заперечення сценічної рутини провокувало пошуки А.Антуана і О.Брама, Южина в московському Малому театрі і Немировича-Данченка в Філармонійному училище. У 1897 останній запросив Станіславського зустрітися і обговорити ряд питань, що стосуються стану театру. Станіславський зберіг візитну картку, на звороті якої олівцем написано: «Я буду в годину в Слов'янському базарі - не побачимося чи що?» На конверті він підписав: «Знамените перше побачення-сидіння з Немировичем-Данченко. Перший момент заснування театру ».
Найвизначніші спектаклі Художнього театру, такі, як Цар Федір Іоаннович А.К.Толстого, Чайка, Дядя Ваня, Три сестри, Вишневий сад А.П.Чехова ставилися Станіславським і Немировичем-Данченко спільно. У наступних постановках Чехова відкриття Чайки були продовжені і приведені до гармонії. Принцип безперервного розвитку об'єднував на сцені розсипалися, розрізнену життя. Був розвинений особливий принцип сценічного спілкування ( «об'єкт поза партнера»), неповного, напівзамкненого. Глядача на чеховських виставах МХТ радувало і млоїло впізнавання життя, в її немислимою перш подробиці.
У спільній роботі над п'єсою Горького На дні (1902) позначилися протиріччя двох підходів. Для Станіславського поштовхом було відвідання нічліжок Хитрова ринку. У його режисерському плані маса гостро помічених подробиць: брудна сорочка Медведєва, черевики, загорнуті в хустку, на яких спить Сатин. Немирович-Данченко шукав на сцені «бадьору легкість» як ключ п'єси. Станіславський визнавав, що саме Немирович-Данченко знайшов «справжню манеру грати п'єси Горького», але сам цю манеру «просто доповідати роль» - не прийняв. Афіша На дні не була підписана ні тим, ні іншим режисером. З початку театру за режисерським столом сиділи обидва керівники. З 1906 «кожен з нас мав свій стіл, свою п'єсу, свою постановку», - бо, пояснює Станіславський, кожен «хотів і міг йти тільки по своїм самостійним лінії, залишаючись при цьому вірним загальному, основним принципом театру». Першим спектаклем, де Станіславський працював окремо, був Брандт. В цей час Станіславський разом з Мейєрхольдом створює експериментальну Студію на Кухарський (1905). Досліди пошуків нових театральних форм Станіславський потім продовжить в Життя Людини Л.Андрєєва (1907): на тлі чорного оксамиту з'являлися схематично зображені фрагменти інтер'єрів, в яких виникали схеми людей: гротесково загострені лінії костюмів, гриму-маски. У Синьому птаху М. Метерлінка (1908) ефект чорного оксамиту і освітлювальна техніка були використані для чарівних перетворень.
При створенні МХТ Станіславський повірив Немировичу-Данченко, що ролі трагічного складу - не його репертуар. На сцені МХТ догравав тільки кілька колишніх своїх трагічних ролей в спектаклях з репертуару Товариства мистецтв і літератури (Генріх з потоплений дзвони, Імшін). У постановках першого сезону зіграв Тригоріна (Чайка) і Левборг (Едда Габлер). За відгуками критики, його шедеврами на мхатовской сцені стали ролі: Астров (Дядя Ваня), Штокман (Доктор Штокман), Вершинін (Три сестри), Сатин (На дні), Гаєв (Вишневий сад), Шабельский (Іванов, 1904). Дует Вершиніна - Станіславського і Маші - Кніппер увійшов до скарбниці сценічної лірики.
Станіславський продовжує ставити перед собою все нові і нові завдання в акторській професії. Він вимагає від себе створення системи, яка могла б дати артистові можливість публічного творчості за законами «мистецтва переживання» у всяку хвилину перебування на сцені, можливість, яка відкривається геніям в хвилини найвищого натхнення. Свої шукання в області театральної теорії та педагогіки Станіславський переніс у створену ним Першу студію (публічні покази її вистав - з 1913).
Слідом за циклом ролей в сучасній драмі (Чехов, Горький, Л. Толстой, Ібсен, Гауптман, Гамсун) приходить цикл ролей в класиці (Ракітін в Місяці в селі 1909; Крутицький На всякого мудреця досить простоти, 1910; Арган в уявно хворі, 1913 ; засланні в Лихо з розуму, 1906; граф Любін в Провінціалці; Кавалер в Господині готелю Гольдоні, 1914).
Першою постановкою Станіславського після революції став Каїн Байрона (1920). Репетиції тільки почалися, коли Станіславський був узятий заручником при прориві білих на Москву. Загальна криза збільшувався в МХТ тим, що значна частина трупи на чолі з Качаловим, яка виїхала в 1919 в гастрольну поїздку, виявилася відрізаною військовими подіями від Москви. Безумовною перемогою стала постановка Ревізора (1921). На роль Хлестакова Станіславський покликав Михайла Чехова, який нещодавно перейшов з МХАТ (театр вже був оголошений академічним) в 1-ю студію. У 1922 МХАТ під керівництвом Станіславського відправляється в тривалі закордонні гастролі по Європі та Америці, яким передує повернення (не в повному складі) Качалівської трупи.
Найгострішою стає питання зміни театральних поколінь у МХАТі. Після довгих коливань самостійними театрами в 1924 стають 1-а і 3-я студії Художнього театру, в трупу театру вливаються студійці 2-й студії: А.К.Тарасова, О.Н.Андровская, К.Н.Еланская, А.П .Зуева, В.Д.Бендіна, В.С.Соколова, Н.П.Баталов, Н.П.Хмелев, М.Н.Кедров, Б.Н.Ліванов, В.Я.Станіцин, М.І.Прудкін , А.Н.Грібов, М.М.Яншін, В.А.Орлов, І.Я.Судаков, Н.М.Горчаков, І.М.Кудрявцев і ін. Станіславський болісно переживає «зраду» учнів, давши студіям МХАТ імена шекспірівських дочок з Короля Ліра: Гонерилья і Регана - 1-а і 3-я студії, Корделія - 2-я.
Після приходу в трупу МХАТ молоді з 2-й студії і зі школи 3-й студії Станіславський вів з ними заняття і випускав на сцену їх роботи, виконані з молодими режисерами. У числі цих робіт, далеко не завжди підписаних Станіславським, - Битва життя по Діккенсу (1924), Дні Турбіних (1926), Сестри Жерар (п'єса В.Масса по мелодрамі Деннері і Кормона Дві сирітки) і Бронепоїзд 14-69 (1927); Розтратники Катаєва та Унтіловск Леонова (1928).
Після важкого серцевого нападу, що трапився в ювілейний вечір в МХАТ в 1928, лікарі назавжди заборонили Станіславському виходити на підмостки. Станіславський повернувся до роботи тільки в 1929, зосередившись на теоретичних пошуках, на педагогічних пробах «системи» і на заняттях у своїй Оперної студії, що існувала з 1918 (Оперний театр ім. К. С. Станіславського).
Серед робіт МХАТ цих років - Страх Афіногенова (1931), Мертві душі по Гоголю (1932), Таланти і шанувальники Островського (1933), Мольєр Булгакова (1936), Тартюф Мольєра (1939) (експериментальна робота, підготовлена для сцени після смерті Станіславського М .Н.Кедровим). У 1935 відкрилася остання - Оперно-драматична - студія Станіславського (серед робіт - Гамлет). Практично не покидаючи своєї квартири в Леонтійовськомупровулку, Станіславський зустрічався з акторами у себе вдома, перетворивши репетиції в акторську школу по розробляється їм методу психо-фізичних дій.
Продовжуючи розробку «системи», слідом за Моїм життям в мистецтві (американське видання - 1924, російське - 1926) Станіславський встиг відправити до друку перший том Роботи актора над собою (1938, посмертно).