Церковні ієрархи, безумовно, намагалися вести боротьбу за згуртування білого духовенства і відділення його від світського суспільства. Першим кроком в цьому напрямку була реформа митрополита Алексія, продовжена потім митрополитом Кіпріану в кінці XIV - початку XV ст. До неї в єпархіях існувало церковне управління в особі «крилошан» (іменувалися також «клір») - священнослужителів кафедральних соборів, щорічно збиралися у єпископа. На зміну цьому прийшла централізована система управління церквою через світських посередників - архієрейських чиновників (бояр і дворян на службі у архієрея) і цілий штат інших службовців. Таким чином, величезна частина чисто адміністративних і господарських справ перейшла в руки мирян, які перебували на службі у духовенства. Єпархії були розділені на десятини, в яких десятільнікі - світські чиновники, щорічно призначаються єпископом, - розповідали судом над білим духовенством і фінансовими зборами. Скоро, однак, стали очевидні недоліки нового порядку. По-перше, світські начальники над духовними особами - явище, яке не відповідає церковним канонам. По-друге, ці чиновники часто призначалися лише з відома і згоди князя або царя, який, таким чином, втручався в церковні справи. По-третє, їм було байдуже до інтереси духовенства. Не випадково в Духовному регламенті (див. Ст. «Феофан Прокопович») на початку XVIII в. світським архієрейським чиновникам була дана така характеристика: «. слуги архієрейські обичне бувають ласі худоби і де бачать владу свого владики, там з великою гордістю і безстудіем
Складанню духовенства як стану заважали і інші обставини. Як видно зі слів архієпископа Геннадія про «мужика» - кандидата в священики, для представників інших верств суспільства доступ до лав священнослужителів був вільним. Канонами (правилами) передбачалася заборона на посвяту в пресвітери (священики) або диякони лише невільних людей - рабів (холопів). Для інших існувало тільки дві умови: кандидат повинен був бути грамотним і одруженим (на відміну від католицької церкви, де встановлено целібат - безшлюбність священнослужителів).
Вільний вступ до «духовний чин» суперечило інтересам держави, яке при цьому втрачало своїх платників податків. Вже на початку XV ст. великий князь Василь Дмитрович (Василь I) в договірній грамоті з митрополитом Кіпріану висував таку умову: «. а слуг моїх князя великого. в диякони і попи митрополиту не ставити ». В середині XVII ст. права надходження в духовний стан були позбавлені і все кріпаки. Таким чином, хоча вільний доступ до лав священнослужителів і зберігався до початку XVIII ст. але разом з тим поступово складається порядок спадкування від батька до сина: церковний прихід з усіма його доходами «на нащадки спадає» (т. е. переходить до нащадків).
Важливою віхою на шляху становлення духовного стану був Стоглавий собор 1551 - можливо, найвідоміший в історії Російської Православної церкви. На ньому було вирішено подбати про навчання священнослужителів, щоб попами і дияконами ставали люди «поведінки доброго, вправні і грамоті здатний», Священне писання «вкрай ведующіе і можуть будувати все пастирське (т. Е. Виконувати обов'язки священнослужителів. - Прим. Ред.) ». Собор виступив проти торгівлі священицькими місцями. Паралельно реформам Івана Грозного, спрямованим на реорганізацію системи місцевого самоврядування (див. Ст. «Іван IV: від боярського правління до опричнині»), створювалися станово-представницькі органи самоврядування і для духовенства. Відтепер всі священнослужителі вибирають по повітах попівських старост, які разом з протопопами (настоятелями соборів) відповідають за правильне і старанне ведення служб, відповідність поведінки духовенства церковним канонам, збір архієрейських податків, а також беруть участь разом з десятільніков в суді над духовенством.
У XVII ст. Російська Православна церква намагається продовжити реформи, однак при цьому їй доводиться вести боротьбу з
Андрій Рубльов. Ікона «Апостол Павло».
державою, яка прагнула взяти під свій контроль величезні земельні володіння архієреїв і монастирів, а також скоротити сферу застосування церковного суду. Для цих цілей по Укладенню 1649 р був заснований Монастирський наказ, який здійснював державний контроль над церковним судом і церковними землями (виняток було зроблено лише для Патріаршої області - земельних володінь Патріаршого будинку). Але в 1666-1667 рр. собор Російської Православної церкви, на якому були присутні грецькі ієрархи, визнав не відповідним канонам те, що світські чиновники «володіють» духовними справами і церковним судом. Монастирський наказ був скасований. Більш того, церква поступово стала відмовлятися від послуг світських архієрейських чиновників. Управління духовенством передається самому духовенству - виборним попівським старостам і призначеним архієреями «духовним управителям» з числа повітових протопопов або ігуменів (настоятелів) найбільших монастирів.