Скажімо так, Ваш питання злегка неосяжний. Тому я візьму за основу Вікіпедію як джерело самої базової інформації, від якої можна буде відштовхуватися для подальшого розвитку.
"Шапочки" та інші знаки.
З грецького в церковнослов'янську мову перейшла постановка наголосів. Тому тому в кожному слові якась "клякочка" так висить. Після падіння Константинополя і з твердженням концепції "Москва - Третій Рим" в оформленні текстів взяла гору навмисна орнаментальность і часом абсолютно безглузде прикрашення, в тому числі і букв. У текстах цього періоду ми зустрічаємо постановку наголосів і діакритичних знаків "для краси", просто тому, що такі ж "клякочкі" часті в грецьких текстах. Ніякої іншої функції, крім декоративної. у цих знаків немає, а читання вони ускладнюють.
Титло. ми до сих пір користуємося чимось подібним, коли пишемо риску в середині слова, наприклад: "ис-во" замість "мистецтво", що часто буває в сту-ких к-тах.
Лигатура. тобто з'єднання двох букв в одну. Те, що може здатися "шапочкою", часто є або буквою омега титли, або лігатурою омега + тврьдѻ (від)
Кирилиця змінювалася з плином століть. Деякі літери використовувалися лише для позначення цифр, інші зникли дуже рано з обігу, треті змінили звучання.
Позначення цифр - взагалі цирк з сучасної точки зору. Для них використовувалися літери, над якими стояли титла. Для позначень тисяч до позначення цифр першого десятка домальовувати справа знизу "вошку з лапками" ҂. не кажучи вже про особливі знаки, які використовувалися лише для позначення чисел. Виносять мозок подробиці - тут.
Для прикладу взято фрагмент з третьої фотографії, там, де в променях сонця написано ім'я Бога по-єврейськи:
Текст виходить такий:
Тут потрібно багато до чого звикнути. Процес цей трудомісткий, але посильний.