Іноді проблеми виникають через те, що власники кішок очікують, щоб їх характер відповідав усталеним стереотипам. Люди звикли думати, що чорні кішки ласкаві і добродушні, а руді - темпераментні і хитрі, тому часто помічають випадки, що підтверджують такі стереотипи. Приклади ж, що суперечать "правилам", оголошуються нехарактерними і випадковими, викликаними винятковими обставинами. Люди не люблять хаос і безлад, тому шукають систему в усьому (може бути, тому ми і представляємо найуспішніший вид на планеті), іноді знаходячи (або придумуючи) її там, де насправді ніякої закономірності зовсім немає.
Знаючи, що черепахові кішки темпераментні і запальні, людина, швидше за все, буде звертатися з черепаховій кішки набагато обережніше. Кішка, відчуваючи нервозність і невпевненість людини, швидше за все, буде діяти набагато більш рішуче, ніж при впевненому поведінці людини. З іншого боку, вважаючи, що кіт з мармуровим малюнком або повністю чорний повинен мати спокійний характер, при недостатньо обережне поводження з вуличними кішками таких забарвлень можна отримати несподівану травму. Існує велика небезпека в пошуку закономірностей там, де їх немає. У 1958 P.M. Soderberg писав в "Pedigree Cats" - "Багато людей вважають, що червоні табби кішки набагато більш незалежні, і в той же час доброзичливі, ніж більшість кішок інших забарвлень. Це може бути просто прийняттям бажаного за дійсне, бо все кішки в значній мірі зближуються з тими, хто про них піклуватися ".
У дослідженнях, що проводилися на великій території в Баварії, чорні і чорно-білі домашні кішки зустрічалися на значній відстані від будинку. Дослідження проводилися досить довго, щоб припустити, що це не було випадковим збігом, а мало генетичну основу. Багато професійних дресирувальники вважають чорних кішок більш наполегливими і цілеспрямованими, їх важче навчити ходити на повідку. Деякі стверджують, що некастровані чорні коти настільки волелюбні, що взагалі не піддаються дресируванню, хоча з цим згодні не всі.
Точно відомо, що агресивність характеру залежить від розмірів наднирників кішки. Домашні кішки мають менші наднирники, ніж їх дикі предки, тому домашні кішки менш "примхливі" і більш поступливі. У природі більш стримані кішки, в якихось ситуаціях можуть залишатися на місці, в той час як більш активні вже втекли. Це призводить до їх вибракування в ході природного відбору. Якщо чорний колір дійсно пов'язаний з більшою толерантністю, він також повинен бути пов'язаний з розміром наднирників. В даний час доказів, що підтверджують це, не знайдено.
Наукове пояснення було запропоновано для "черепашачого темпераменту". Кішка успадковує X-хромосоми і від матері, і від батька. Щоб вийшов черепаховий забарвлення, ген "O" повинен міститися лише в одній X-хромосомі, і відсутні в другій. При формуванні ембріона. кожна клітина випадковим чином "вимикає" одну або іншу X-хромосоми (відбувається "інактивація X-хромосоми"). Шкіра кішки покривається червоними і чорними плямами, це явище відоме під назвою "мозаицизм". Таке перемикання має місце в клітинах всіх органів кішки, включаючи клітини мозку. Пустотливий характер черепахових кішок може бути пов'язаний з інактивацією Х-хромосом в тканинах мозку, адже мозок являє собою мозаїку з 2 типів клітин, що успадкували Х-хромосоми матері, і успадкували Х-хромосоми батька. Це може проявлятися в "багатогранності" характеру кішки так само, як виявляється в різнобарвності забарвлення шерсті.
Мармуровий малюнок і суцільно чорне залежать від рецесивних генів. У пари чорних кішок народяться чорні кошенята. У пари з мармуровим табби забарвленням кошенята НЕ будуть смугастими. Рецесивні гени можуть залишатися прихованими, що не проявляючись в забарвленні протягом багатьох поколінь. Якщо природний або штучний відбір сприяє кішкам з мармуровим малюнком або чорним, то кішки з домінуючими генами будуть вимирати, а кількість мармурових і чорних збільшуватися. Через те, що рецесивні гени можуть бути приховані або замасковані, смугаста таббі кішка може раптом принести мармурових кошенят, так що в умовах сприяють смугастим кішкам, для мармурових і чорних не все втрачено.
Білі кішки мають репутацію боязких і трохи некмітливі. Багато блакитноокі білі кішки, і деякі з різнокольоровими, а також кішки з помаранчевими очима схильні до спадкової глухоти. Боязкість і некмітливість іноді пов'язують з білим кольором вовни. хоча ці риси можна з тим же успіхом пояснити глухотою. Глуха кішка не реагує на звуки, наприклад, коли її кличуть по імені, і це можна інтерпретувати, як некмітливість.