Після падіння Софії стрільцям жилося погано.
Вирушаючи до Європи, Петро I послав чотири стрілецьких полку в Азов. Вони там зміцнювали місто, несли бойову службу. На зміну їм були послані нові полки, а колишнім з Азова повеліли йти не в Москву, а в Великі Луки - на російсько-литовський кордон. Їм-то хотілося до дружин, а їх - воїнів - послали охороняти кордон. Тут-то стрільці і проявили своє невдоволення; 175 людей при зброї покинули бойовий пост і з'явилися в Москву просити царя відпустити їх, дуже втомлених, знеможених, в Москву.
Бояри, які відповідали за вирішення подібних проблем, проявили м'якотілість (втім, виправдану). Вони заарештували чотирьох стрільців, але інші заступилися за товаришів, відбили їх і стали буянити. Їх насилу втихомирили, умовили відправитися за місцем служби. Згідно зі свідченнями слідства, виробленого пізніше, двоє стрільців побували в гостях у царівни Софії. Але прямих доказів проти неї не було видобуто.
Однак під час бунту стрільцями були висловлені, між іншим, такі скарги: «Будучи під Азовом, умисним єретика-іноземця, Францка Лефорта, щоб благочестя велике перешкоду вчинити, чин їх, московських стрільців, підвів він, Францко, під стіну передчасно, і, ставлячи в найпотрібніших в крові місцях, побито їх безліч; його ж умисним делан під їх шанці, і тим підкоп він їх же побив чоловік з 300 і більше ».
Це - дуже важливе, показове лист!

Стрільці лають в ньому улюбленця Петра I, єретика-іноземця, ні словом не згадуючи князя Голіцина, який, по-перше, з французькими єзуїтами розмовляти любив, а по-друге, обидва Кримських походу провів вкрай невдало. Чому ж стрільці забули два Кримських походу і образилися на керівників Азовських походів?
Петру I так і не вдалося відшукати листування Софії зі стрільцями, тому говорити про те, що царівна була керівником змови і заколоту не можна. Але все непрямі докази показують, що нитки бунту 1698г. ведуть в Новодівочий монастир, де перебувала Софія, і однією з непрямих доказів є лист, витяг з якого наведено вище. Стрільці не просто скаржилися царю на худе своє життя, вони говорили йому десь, побіжно, що Лефорта він даремно в дружки свої записав, що Азовські походи не такі вже вдалі.
Петро зрозумів і цілі змови, і вогнище, звідки поширювався вогонь, і причину «страху бабиного» у бояр. Він уже знав, що потрібно робити. Але Ромодановський ще сумнівався. В кінці травня був виданий указ стрільцям залишатися на місцях, а тих, хто покине службу і повернеться в столицю - посилати в Малоросію на вічне життя. Жити там в той вік було несолодко.
Стрільці не підкорилися. З Литовської кордону втекли 50 стрільців: їх заарештували, але соратники виручили друзів. Маслов, один з стрільців, зачитав лист від Софії. У ньому царівна вмовляла воїнів з'явитися в Москву і розбити табір неподалік від Новодівичого монастиря. А якщо стрільців не пустять до столиці воїни Петра, то потрібно розгромити їх. За такий лист (якби його знайшли) Софії загрожувала б страта. Маслов зачитав соратникам звернення царівни, стрільці вирішили йти на Москву. Столиця всполошилась. З міста по селах потягнулися люди, бідні і багаті. Події 1682р. пам'ятали багато. Бояри довірили військо Шеину, в помічники йому призначили генерала Гордона і князя Кольцова-Масальський. Гордон перекрив підходи до Воскресенському монастирю, куди кинулися заколотники. Стрільці побачили перед собою силу, і пиха їх згасла. Злегка. Гордон не хотів кровопролиття і намагався світом закінчити справу. Стрільці стояли на своєму: нас незаслужено кривдять, посилають в найважчі місця, не дають побачити жінок, стариків-батьків.
Гордон виявив терпіння. Він не поспішав. За час переговорів німецький артилерист полковник краги розставив гармати так, що табір стрільців опинився під перехресним вогнем.

Петро I. Гравюра П. Гунста
Генерал Гордон повернувся на свої позиції, і московські гармати дали залп - снаряди полетіли на табір супротивника. Наступні 4 залпу погубили багато стрільців, а вони не могли дати гідну відсіч Гордону. Бій тривав недовго. Бунтівників переловили і відправили в темниці Воскресенського монастиря. Почався розшук. Царю послали чергового листа. Воно застало його в Відні. Петро I, не зволікаючи, виїхав до Росії.
Намагаючись відшукати лист Софії, розшук і дізнання бояри вели за всіма правилами тодішньої «катівня» науки. Але стрільці не склали царівну: найжорстокіші тортури витримали вони, ні натяком не обмовилися про лист. Бояр це влаштувало. Вони повели повісити «всього» 56 осіб, інших уклали в темниці різних монастирів. (За даними генерала Гордона, воєвода Шеїн, який керував дізнанням, наказав повісити близько 130 осіб, відправити в монастирі 1845 осіб, з яких згодом втекло 109 осіб.)
Петро наказав катувати ще витонченішими. І тоді ті, що слабші, не винесли. Виявляється, стрілець Васька Тума отримав лист Софіїне від жебрачки. Злиденну знайшли. Васька визнав її. Вона не визнала його, і навіть під тортурами не зізналася ні в чому.
На кожному возі зі свічками в руках сиділи, похмуро озираючись, по два засуджених. За возами йшли Стрельчіхі і їхні діти, стрілчасті. І стояв бабин виття над Москвою. У перший день повісили 201 стрільця. Потім був влаштований перерву на 11 днів. Продовжилися тортури.

Страти стрільців в Москві за Петра I. Гравюра з книги І. Корба «Щоденник подорожі в Московію в 1698 році.». 1700р.
Уцілілих після страти воїнів розкидали по тюрмах, а тих, кому вже зовсім пощастило, заслали в прикордонні міста на каторжні роботи. Деякі добрі люди звинувачують в невиправданої жорстокості Великого перетворювача Петра I, але жорстокість та була виправданою, як це не сумно звучить. «Стрілець Жукова полку, Кривий, що міститься в Вологодської в'язниці, зі звірячим сказом кричав перед іншими колодниками і сторонніми людьми:« Нині нашу братію, стрільців, прируба, а інших посилають до Сибіру: тільки нашої братії у всіх країнах і в Сибіру залишилося багато. І в Москві у нас зуби є, буде в наших руках і той, хто нас ПЛАСТАЛ і вішав. Самому йому стирчати на колі ».