Холістична методологія як міждисциплінарний підхід отримує подальший розвиток в теорії автопоезіса, вперше сформульованої У. Матураной і Ф. Варела в 70-і роки.
Основним поняттям теорії автопоезіса є цілісність (або холізм). Структуру складної цілісності, статичної або динамічної, на думку І.Є. Москальова, створюють реальні елементи або реальні відносини цієї цілісності, як зв'язку між її фізичними компонентами. Структура певного складного освіти полягає в самому способі її виробництва як цілісності. Іншими словами, структура системи являє собою фізичне втілення її організації. Оскільки У. Матурана і Ф. Варела підкреслюють, що організація системи не залежить від властивостей її компонентів, то дана організація може бути здійснена (втілена) різними способами, тобто за допомогою різних компонентів. Матурана і Варела вважають автопоезіса патерном організації, загальним для всіх живих систем незалежно від природи самих цих компонентів. При цьому автопоетіческіх система визначається як мережа процесів виробництва компонентів, що створюють саму цю мережу, результатом функціонування якої є її (автопоетіческіх) організація або патерн як інваріант. Матурана і Варела виділили здатність до самопроізводству і сталого розвитку в своєму середовищі проживання в якості найбільш характерних властивостей живих систем. Відповідно до цього ними був розвинений принцип операціонально замкнутості як один з основних принципів автопоезіса. Операциональная замкнутість не має на увазі закритість, так як мова йде про автономність особливого роду, що допускає одночасно як взаємодія системи із зовнішнім світом (обмін речовин), так і безперервне саморозвиток. Незважаючи на те, що живі організми безперервно контактують з навколишнім середовищем, вони залишаються відносно стійкими по відношенню до її впливів. Щось змушує систему залишатися операционально замкнутої, тобто підтримувати незмінними основні цикли життєдіяльності і відтворювати саму себе.