Гра починається з ролика, в якому репортер пояснює на тлі зруйнованих обвуглені останків будівлі, що міські проблеми в електропостачанні були через вибух у лабораторії, після якого ніхто не вцілів. Серед автомобілів на сцені пригоди видно машина міністерства оборони. Потім час візуально перемотано тому, і будівля збирається з уламком назад воєдино. Далі по ролику стає ясно, що доктор Ейден Крон заклав бомбу в будівлі, напав і серйозно поранив співробітницю, вкрав Альфа-костюм і перемістився в часі до вибуху. Паралельно, герой, знаючи що Крон одягнув Альфа-костюм, після підняття тривоги насамперед біжить і одягає Бета-костюм, в надії що він допоможе йому перемогти Крона і врятувати ситуацію. Якраз в той час коли знайомий героя вривається в лабораторію до героя і бачить його в костюмі, відбувається вибух, і за долю секунди до того як вогонь наздожене гравця, вбудований в костюм копьютер приходить до вирішення по порятунку героя і він переміщається в часі. Після вступного ролика герой матеріалізується в 1939, в невідомій країні (швидше за все десь в Європі), якій диктаторски править доктор Крон. Після первинних спостережень стає очевидно, що Крон захопив владу і утримує її за допомогою технологій майбутнього. Але самі технології зазнали тимчасова зміна - суміш ультратехнологічності з механічним виглядом, тим самим 1939й виглядає часом дивно. Сам Крон, як вказує вбудований в костюм героя комп'ютер, знаходиться в гігантського чотирьох-Конечностно крокуючому апараті, тажело бронювання і збройному енергетичними тесла-гарматами, який переступає цілі будинки і знищує будь-які вогнища опору. Крім цього апарату залякування, режим Крона, або як він називається в грі, Магістрат, користується роботами-ходором (хутром), вигадливо виглядають вертольотами (в англійській версії гри вони називаються «Helo», в російській - «Вертушка», літаючими роботами-мінами , які в стані очікування підвішені на повітряних кулях, реактивні винищувачі зі зворотним крилом, дірріжаблямі з реактивними двигунами, реактивними планерами, кулеметними і ракетометнимі турелями, Скорпіон-образними танками, звичайними і гено-зміненими солдатами, хроно-с лдатамі і солдатами з ракетними ранцями для знищення своїх ворогів.
Герой гри після прибуття в Кроновское минуле примикає до бійців опору, в надії з їх допомогою дістатися до Крона. Після короткого пояснення кнопок управління гри та подання Коммандіра Кука, який відтепер буде давати героєві завдання через рацію, на позиції опору нападають і герой відчайдушно відбивається від переважаючих сил противника. В той момент коли здавалося б все втрачено, вбудований комп'ютер намагається зробити повторний, більш точний стрибок в минуле, але і він не успішний, так як пристрій тимчасового приводу пошкоджено і виходить з ладу під час стрибка. Герой не переміщається в часі далеко, на самому ділі все на кілька днів назад, неподалік від первинного місця стрибка і тепер йому доведеться відшукати Крона не тільки щоб його покарати, але і щоб дістати його тимчасової привід, який потім допоможе йому повернутися в свій час. Герою вдається знову вступити в контакт з опором. Допомагаючи опору, герой демонструє їм свої можливості по контролю над часом і проникає в головну серверну кімнату Магістрату і копіює всю інформацію Магістрату, яка тільки є в мережі. Лідери опору здивовані можливостями героя, і багато членів опору відкрито заявляють що технології світу 1939 його все разом і близько не наближаються до одного лише процесору Бета-костюма, і від цього вони бояться героя. Тепер, маючи всі плани, карти та інформацію Магістрату, опір атакує різні секретні інсталяції Магістрату. Герой присутній на одній з головних атак і одноосібно, з логістичної допомогою від Кука, звільняє полонених членів опору, знищує фабрику з виробництва зброї, броні, танків, літальних апаратів і хроно-солдат, перевантажує центральний реактор і призводить до руйнування великого гірського комплексу Магістрату. Після серій вдалих атак опору, Магістрат зломлений і залишилися сили відступають в «Район Альфа». Герой разом з членами опору, щоб швидше потрапити в район Альфа, нападають на ще одну інсталяцію Магістрату і викрадають дірріжабль. По дорозі в район Альфа у дірріжабля закінчується пальне і герой разом з членами екіпажу докуются з ще однією гірської базою Магістрату і крадуть пальне, після чого успішно прилітають в район Альфа.
Між рівнями гри і іноді посеред рівня комп'ютер костюма стимулює нервову мережу героя, після чого той бачить спогади. Через ці спогади стає ясно, що герой був засланий в групу розробки костюмів (швидше за все міністерством оборони) щоб спостерігати за проектом і зокрема Кроном. Герой вмовляє особисту помічницю Крона повідомляти йому про все, він так само вступає з нею в сексуальний контакт і швидше за все має особистий мотив проти Крона, так як він убив цю жінку бомбою в лабораторії. Так само стає ясно, що Крон вже здійснював стрибок у часі за власним бажанням в Альфа-костюмі і приховував це від усіх, що він брехав агенству замовив проект подорожі в часі, але про його стрибку і брехні дізналися і почали підозрювати в поганих намірах, тому і послали героя спостерігати за проектом. Герою стало відомо, що Крон замишляв про Путешесвіє в минуле і його зміни, що Крон намагався підготувати більш досконалий Бета-костюм для себе шляхом видалення обмежувачів подорожі в часі, обмежувачі парадоксів і т. Д. Після чого герой прийняв рішення що як тільки Крон спробує зробити стрибок, герой його вб'є. Але Крону стало відомо про істинної натурі героя і він прийняв рішення зробити стрибок на застарілому, але необмеженій Альфа-костюмі, попередньо перешкодивши герою переслідувати його шляхом закладення бомби і саботажем Бета-костюма.
Район Альфа, який показаний в грі, це той же район в якому герой воював на початку гри. Сили опору в настанні і Магістрат несе важкі втрати. Більшість техніки Магістрату знищено, але гігантського четирехконечностний апарат Крона все ще працює і вбиває, хоч і піддається постійним ракетним атакам. Поки опір відволікає Магістрат, герой пробирається на дах одного з будинків в районі і з нього знищує верхні знаряддя апарату. Під час бою Крон по гучномовцю оголошує, що він знає, що герой є людина з майбутнього, той самий чоловік, який йому завадив і змусив зробити його (Крона) все ті дії. Зрештою, герой і члени опору справляються з останньої гарматою апарату Крона і знищують сам апарат. Поранений, Крон виповзає з уламків, але герой перегороджує йому шлях і стріляє в упор в голову з пістолета, після чого він бере з його Альфа-костюма двигун зворотного переносу, прощається з вдячним Куком і здійснює стрибок в майбутнє. Прибувши в свій час герой встигає знешкодити бомбу, але тим самим створює парадокс (якщо не буде вибуху, то герой не зробить стрибок в минуле і не зробить стрибок в майбутнє і не знешкодить бомбу), про що йому повідомляє ІІ костюма, після чого комп'ютер переміщує героя в часі. На цьому гра закінчується.
Відмінною частиною гри є можливість управляти часом. Використовуючи цю здатність гравець може легко розправлятися з ворогами і вирішувати головоломки на своєму шляху. У розпорядженні гравця знаходиться: зупинка часу, уповільнення часу і інверсія часу, яку можна ефективно використовувати тільки в певних ситуаціях, в деяких ситуаціях ця опція взагалі блокується.
Хронокостюм
В рамках проекту по переміщенню в часі було створено два варіанти костюмів-Альфа і Бета. Обидві екіпіровки можуть здійснювати як активні (пряме втручання), так і пасивні (спостереження) стрибки в минуле. Однак вони відрізняються тим, що Бета екіпірування була створена в військових цілях і має більш широкий спектр можливостей.
Додаткові можливості Бета-екіпіровки
- Уповільнення часу. В цьому режимі енергія костюма витрачається повільно. Пересування прискорюється.
- Зупинка часу. В цьому режимі енергія костюма витрачається швидко. Пересування сповільнюється.
- Інверсія часу. В цьому режимі енергія костюма витрачається швидко. Пересування також сповільнюється.
При включенні останньої функції стає неможливим впливати на будь-які об'єкти, так як це може привести до парадоксу. Екіпірування захищає користувача від будь-яких впливів інверсії часу як від позитивних, так і негативних. В Бета екіпіровку включені наступне системи:
- S².A.M. - Strategy System for Adaptadle Metacognition (Стратегічна Система для Адаптації Мета інформації)
- S.A.R. - System of Auto Return (Система авто повернення)
- N.E.X.T² - Next-gen Exploration of Time Trave (Дослідження переміщення в часі Наступного покоління)
S².A.M. - це штучний інтелект, втілений в нано комп'ютерної мережі Бета екіпіровки, який контролює всі системи, в тому числі і нейро систему користувача. Підключається комп'ютер до неї за допомогою нано імплантатів проникаючих в спинний мозок. При негативних змінах в показаннях здоров'я користувача активує процес нейро стимуляції. Швидше за все цей процес протікає під час зупинки часу. ІІ костюма дає тактичні поради та вказівки, блокує інверсію часу, якщо її застосування може призвести до парадоксу. Вся інформація виводиться на високоточний визор. Енергія костюма самовідновлюється.
- Пістолет КМ33 - крупнокаліберний пістолет-кулемет з «ріжковим» магазином. Режими вогню: високоточний одиночний постріл або купчасто чергу.
- Карабін КМ2103 - автомат середньої вбивчості і влучності стрільби. Режими вогню: автоматичний вогонь або стрільба з двозарядний подствольного гранатомета (з можливістю детонації гранати по сигналу таймера).
- Дробовик «Град» - потужна зброя ближнього бою, малоефективне на далеких дистанціях. Режими вогню: одиночний постріл або постріл дуплетом.
- Арбалет «Громобой» - високоточний далекобійний напівавтоматичний арбалет з барабанної обоймою і оптичним прицілом. Стріляє стрілами, що несуть заряд вибухівки.
- Ручний кулемет «Геєнна» - кулемет з стрічковим харчуванням і вбудованим вогнеметом. Режими вогню: автоматична стрілянина запальними кулями або струменевий вогнемет.
- Електромагнітна гармата - напівавтоматичне знаряддя, що стріляє пучками енергії. Режими вогню: одиночна стрільба «розривними» енергетичними пучками з параболічної траєкторією польоту або одиночний постріл енергетичним потоком після накопичення енергії (якщо гравець не вистрілить вчасно, то накопичився заряд почне пошкоджувати гравця).
- Снайперська гвинтівка «Ехо» - великокаліберна снайперська гвинтівка з оптичним прицілом і лазерним целеуказателем. Обойма всього на чотири патрони.
- Пускова установка «Бладхаунд» (англ. Bloodhound - буквально «кривава гончак») - четирехзарядная пускова установка керованих реактивних снарядів. Володіє можливістю наведення снарядів за допомогою лазерного целеуказателя.
- Імпульсна гвинтівка - енергетична гвинтівка середньої дальності і великої потужності з вбудованим блоком живлення. Режими вогню: одиночний вогонь повільно летять сферичними згустками енергії або безперервний вогонь дуговим розрядом.
- «Граната-липучка» - протипіхотна фугасна граната. «Прилипає» до ворога при контакті.