Цей термін має також інші значення див. Троя (значення).
Ряд сучасних вчених висловлювали міркування, що терміни «Троя» і «Іліон» могли позначати різні міста одного і того ж стародавнього держави, або один з цих термінів міг позначати столицю, а інший - власне держава, і «злилися» в один термін лише в «Іліаді». Така точка зору не позбавлена підстав, оскільки в «Іліаді», в свою чергу, виділяються фрагменти з паралельними сюжетами, тобто, можливо, висхідні до різних переказами одного і того ж сюжету; до того ж, «Іліада» виникла багато століть після подій Троянської війни, коли багато деталей могли забутися.
Перші цілеспрямовані розкопки Трої зробив Г. Шліман в кінці XIX століття. До теперішнього часу археологи виявили на території, що асоціюється з древньою Троєю, сліди дев'яти фортець-поселень, що існували в різні епохи.
Перше з знайдених на місці Трої поселень (так звана Троя I) являло собою фортецю діаметром менше 100 м і, очевидно, існувало протягом тривалого періоду.
Події, оспівані Гомером. в нинішньому поданні істориків, належать до крито-мікенської епохи (Троя VI). Народ, що населяв Трою, в давньогрецьких джерелах іменується Тевкр.
Дев'ять основних верств давньої Трої.
Троя I (3000-2600 рр. До н.е.): Перше Троянське поселення, діаметром 100 м, було забудовано дуже примітивними житлами з глиняної цегли. Судячи з рештою слідах, воно загинуло під час пожежі.
Троя II (2600-2300гг. До н.е.): Наступне поселення виглядає більш розвиненим і багатим. У 1873 році німецький археолог Шліман виявив в цьому шарі знаменитий троянський скарб, який складався з численного зброї, мідних дрібничок, частин дорогоцінних прикрас, золотих судин, могильних плит доісторичного і раннеісторіческого періоду. У III столітті до н.е. ця високорозвинена культура була також знищена пожежею
Троя III-IV-V (2300-1900гг. До н.е.): Ці шари свідчать про період занепаду в історії стародавнього міста.
Троя VI (1900-1300гг. До н.е.): Місто збільшився в діаметрі до 200 метрів. Поселення стало жертвою сильного землетрусу 1300 року по н.е.
Троя VII-A (1300-1200гг. До н.е.): До цього періоду відноситься знаменита Троянська війна. Пізніше афіняни розграбували і зруйнували поселення.
Троя VII-B (1200-900гг. До н.е.): Напівзруйнована Троя була захоплена фригийцами.
Троя VIII (900-350гг. До н.е.): У цей час місто населяли алеанскіе греки. Ксерксес відвідував тоді Трою і приніс тут в жертву більш ніж 1000 голів худоби.
Троя IX (350г. До н.е. - 400г. Н.е.).