Основу роману становить боротьба двох контрастують ідей - християнського добра і любові, головним носієм якої є Сонечка Мармеладова, і ідеї індивідуалізму, нелюдської за своєю суттю, носієм якої і стає Раскольников. Кожну з цих ідей уточнюють додаткові лінії, які пов'язані з «двійниками» цих двох основних героїв. Для християнської ідеї - це Дуня і Лізавета, для ідеї індивідуалізму - Лужина і Свидригайлов.
Складне переплетення і взаємодія всіх цих ліній відбувається в основній частині роману, де розказана історія злочину Раскольникова, вчиненого під впливом захопила його ідеї індивідуалізму. Найбільш повно вона проявилася в його теорії, згідно з якою всі люди діляться на два розряди - «тварюк тремтячих», які повинні підкорятися тим, хто в ім'я високих цілей має право навіть проливати кров. Моральні терзання, що охопили Раскольникова після жахливого злочину, підтверджують те, що його «проба» не пройшла: він не зміг переступити через кров. Сонечка допомагає йому знайти опору у вірі в Бога, закликає позбутися мук, покаявшись перед усіма на площі. І дійсно, в кінці основної частини роману Раскольников приходить в поліцію і зізнається у скоєному.
Здавалося б, історія вбивства і його розкриття завершилася. Але головна думка Достоєвського не в цьому. Він вважав індивідуалізм страшною хворобою, яка може привести до катастрофічних наслідків все людство. Як впоратися з нею? Адже Раскольников, йдучи з повинною, не відмовляється від своєї жахливої ідеї. Він лише стверджується в тому, що сам він «воша естетична», а аж ніяк не «володар світу». Нітрохи не кається у своїй «економічної» теорії Лужина, а Свидригайлову вже немає шляху назад - тому він і кінчає життя самогубством. Так що ж відбувається в епілозі? Чи допомагає він нам зрозуміти, як позбавити не тільки Раскольникова, але і все людство від «морової виразки» індивідуалізму?
Ми знаємо, що в натурі Раскольникова є багато хорошого: він за природою свій добрий, чуйний до страждань інших, готовий допомагати, рятувати з біди. Це відомо вже з основної частини роману (сон про коня, допомога сім'ї Мармеладових) і доповнюється новими відомостями в епілозі (допомога студенту, порятунок дітей під час пожежі). Саме тому діяльна любов Сонечки, що послідувала за Раскольниковим на каторгу, її співчуття до всіх нещасних каторжанам, які відразу полюбили її, так сильно впливає на героя. Побачивши уві сні страшну картину, яка втілила його ідеї, коли все, вважаючи себе «право мають», починають вбивати один одного, Раскольников «зцілюється». Тепер він вільний від своєї теорії і готовий відродитися, повернутися до Бога, до людей. Шлях Раскольникова пройдений: ми розуміємо, що далі він піде рука об руку з Сонею, несучи разом з нею в світ християнські ідеї любові і добра, милосердя і співчуття. Але чи готовий письменник запропонувати цей «рецепт» для всіх, уражених «хворобою» індивідуалізму? Мабуть, і в епілозі остаточної відповіді на це питання немає. Може бути, в цьому і полягає його головний сенс: показавши історію Раскольникова, письменник пропонує все новим і новим поколінням читачів замислитися над поставленими проблемами і спробувати знайти своє рішення.