Гра починається з того, що Пітер бореться з Веном (Едді) на шкільному стадіоні. Паркер веде Венома від школи. Пізніше вони борються на вулицях, де за ними приїжджає поліція. В результаті стрілянини, Веном встає ногою на провід, після чого випаровується. Проходять три місяці, Пітер забув про Веном і живе своїм звичайним життям: навчається, бореться зі злочинністю, спілкується з друзями, працює в «Daily Bugle». Але в Пітері живе частинка Венома - Карнаж. Веном не зник, а лише переховувався в парку, коли виходить на лови по ночах. Одного разу, він вривається в бар, де вступає в сутичку з Росомахою, якого і перемагає.
Людина-Павук бореться з новим ворогом - Носорогом. На його ступні він бачить напис «Trask Enterprises», що здається йому знайомим. Пізніше, він знову відчуває головний біль, що дає йому зрозуміти - Веном повернувся. Тієї ж ночі, Сільвер і її загін найманців атакують Венома, але він збігає. На наступний день, Пітер і Мері Джейн приходять в музей. Там Пітер знову відчуває біль. Він одягає костюм і відправляється на дах, де зустрічає Венома. В ході бійки, Людина-Павук скидає Венома з даху, де його тут же атакує Сільвер і найманці. Цього разу їм вдається перемогти його і забрати з собою. Едді приходить до тями, замкнений в енергетичній камері. Там він бачить Траска, який пропонує йому протестувати його костюм. Першим тестом була битва з недавно звільненим Електро. Веном наздоганяє Електро, але в справу втручається Людина-Павук. Електро завдає йому удар, від якого Людина-Павук вдаряється об землю. Тоді Веном знову атакує Електро, і на цей раз перемагає його. Прилітають агенти з організації Щ. І. Т. які забирають Електро, а Едді cбегает ... Пізніше базу Щ. І. Т.А. атакує лиходій "Жук", який випускає на свободу Зеленого Гобліна. Пізніше Жук зустрічає Людину-Павука і атакує його. Після тривалої погоні по місту слід бійка на вершині будівництва, в якій перемагає Пітер, але не піймав злодія. Жук падає з вершини будівлі і безслідно зникає. Люди, які бачили його, показують пальцем на посольство Латверіі ... Тим часом, під час перевезення Венома на повітряному судні, Сільвер втрачає над ним контроль, і він нападає на неї, невдало спробувавши поглинути. Пізніше Веном втікає від найманців ... Прибувши до посольства, герой стикається з Зеленим Гоблином, який намагається втекти від Пітера. Після погоні Людина-Павук втрачає лиходія, і раптово той кидає в Пітера вогнем. Після складного бою прибувають агенти Щ. І. т.а на чолі з Шерон Картер і забирають Озборна ... На наступний день, йдучи додому, на Пітера нападає Сільвер, і стріляє в нього дротиком зі снодійним. Паркер приходить в себе в машині, яка проїжджає по Бруклінському мосту, і починає битву проти Соболя з найманцями, згодом якої на мосту трапляються кілька аварій, і Пітер з Сільвер об'єднують зусилля, щоб врятувати людей. Після цього на них нападає Веном, і забирає Сільвер. Паркер одягає костюм Людини Павука і гоніться за лиходієм. Після йде битва біля будівлі Траска, в ході якої перемагає Пітер, але він відразу падає на землю без свідомості ... Пізніше Едді прокидається в камері і перетворюється в Венома. В камеру прийшло якесь істота схоже на Людину-Павука, але з силою Венома - Карнаж. Веном перемагає ворога. Пізніше, стає відомо, що це був сам Пітер, захоплений ТРАСКО і доставлений в його лабораторію, де йому ввели якийсь препарат, після чого він перетворився в монстра. Після битви Веном поглинає «костюм» Пітера і стає ще сильніше. Фінальна битва відбувається на даху будівлі «Trask Enterprises», звідки сам Траск, зрозумівши безвихідь ситуації, намагається полетіти на вертольоті, Веном намагається йому перешкодити, скинувши вертоліт з даху, а Людина-Павук - перешкодити монстру вбити Траска. В результаті Пітер перемагає Венома, за ним прилітають агенти Щ. І. Т.А., а Пітер отримує від них інформацію про експерименти його батька, в процесі яких і був створений "костюм".
Фінальні сцени показують Траска, який перебуває у в'язниці, де на нього нападає Едді / Веном, Пітера, який сидить на даху невеликого будинку і расмишляющего про події і знову Венома, який виходить з якогось трансу (можливо, сну) на виступі висотної будівлі, після чого він стрибає вниз і, випустивши щупальця, відправляється кудись ...
- Людина Павук (Пітер Паркер) - головний герой гри. Пітер - звичайний підліток, чиїм головним завданням є навчання. Також Пітер працює web-дизайнером в газеті «Daily Bugle». Але завдяки укусу павука-мутанта, Пітер придбав безліч корисних умінь і здібностей, що допомагають йому боротися зі злочинністю.
- Веном (Едді Брок) - головний лиходій в грі. Едді є кращим другом Пітера. Їх батьки разом працювали над проектом «Веном» - своєрідним «костюмом», який повинен був запобігати раку. Пітер намагається забрати частину костюма для вивчення, але маленька частинка потрапляє на палець Паркера і костюм повністю покриває його, в результаті давши йому підвищену силу і агресивність. Коли костюм мало не вбиває Пітера, він вирішує його знищити. Тоді, щоб перевірити, чого побоювався Пітер, використовувати наукову розробку вирішує Едді.
- Карнаж - маленька частина симбиот, що живе в тілі Пітера протягом гри. Коли Траск ловить Пітера, він прискорює ріст симбиот, який перетворюється в Карнажа. На крики приходить Веном і б'ється з Карнаж, а в сусідній кімнаті робиться новий костюм Носорога. Він б'ється з Веном. Завдавши останній удар, Веном поглинає Карнажа, відокремивши його від Пітера. У грі Карнаж використовується без носія. Іграбелен в одному рівні.
- Річард Паркер - батько Пітера, саме він створив костюм Венома, щоб вилікувати людей від раку.
- Носоріг (Олексій Михайлович Сітцевіч) - носоріг є величезним кіборгом, який явно був створений в "Trask Enterprises".
- Срібний Соболь - найманка, що працює на Щ. І. Т. для затримання Венома.
- Електро - працює на Щ. І. Т. Охороняв Венома, щоб той не втік; на жаль, не виконав свою справу.
- Шокер - вуличний бандит, невдаха.
- Зелений Гоблін - гігантське чудовисько, звільнене Жуком з ув'язнення Щ.І.Т.а. Воював з Пітером на дахах, в будівлі Бакстера, на вулицях. В результаті був переможений їм і захоплений агентами.
- Жук - суперлиходій з невідомими цілями. Протягом всієї гри намагається захопити Венома, але, в підсумку, зазнав поразки.
- Росомаха - мутант, який бився з Веном в барі. Був переможений.